Daniel Jefferson Harris (aka Dirty Dan) ankom til Bellingham Bay area i 1853 eller 1854 og blev ven med John Thomas, der havde indgivet et jordkrav langs padden Creek. Han hjalp Thomas med at starte en hytte der, men Thomas døde, før kabinen var færdig. Dan afsluttede kravet på jorden, og den patenterede blev udstedt i 1871. Han erhvervede også flere omkringliggende ejendomme og navngav dette område Fairhaven, fra det oprindelige navn se-se-lich-em, hvilket betyder sikker havn eller fair haven (muligvis også fra en by i Maine, der måske eller måske ikke har været hans fødested). Han slog byen i 1883 og begyndte at sælge partier. Efterhånden som hans formue blev bedre, gjorde hans udseende og omdømme det, så han kunne gifte sig i 1885. I 1888 solgte han det meste af sin ejendom i Fairhaven til Nelson Bennett og rejste til Californien. Nelson Bennett sammen med Charles Larrabee, der ankom i 1890, dannede Fairhaven Land Company, hovedsagelig finansieret af Larrabee, fast besluttet på at vokse Fairhaven til en større by. De fremmede landet rig på naturressourcer, godt vejr og uendelige muligheder, hvilket fik befolkningen til at vokse fra omkring 150 i 1889 til 8000 i slutningen af 1890. En del af denne stigning skyldtes køb af Fairhaven Land Company af en lille bosættelse kaldet Bellingham, gemt mellem Sehome og Fairhaven, som havde et postkontor startende i 1883.Fairhaven konkurrerede ligesom mange andre byer ved kysten med andre byer om stillingen som terminal city Of The Great Northern Railroad, men denne titel faldt i sidste ende på Seattle. I denne periode med konkurrenceevne, der varede fra slutningen af 1870 ‘erne til midten af 1880’ erne, vedtog Fairhaven sin ikoniske stil fra det 19.århundrede og fik en æstetisk appel til arkitektur og design. Selv efter at det blev besluttet, at Seattle ville huse Great Northern Railroad terminal, fortsatte befolknings-og æstetisk-minded konstruktion til boom indtil slutningen af 1890 ‘ erne. Fairhaven blev officielt indarbejdet den 13. maj 1890. under den spekulative vanvid i 1890 ‘ erne blev grand Fairhaven Hotel bygget for at tiltrække jernbanemagnater til at vælge Fairhaven som vestkystterminal for transkontinentale jernbaner. Jernbanerne kom aldrig, men den imponerende rest af det gamle hotel stod indtil en brand og nedrivning i 1953.den 27. oktober 1903 stemte borgere i Fairhaven og borgere i en naboby på Bellingham Bay for at konsolidere sig til en by ved navn Bellingham. Den 28. December 1903 blev den nye by Bellingham officielt oprettet.i 1903 modtog Fairhaven et tilskud til at bygge områdets første Carnegie-finansierede bibliotek på 12th Street. Biblioteket fungerer fortsat som en gren af Bellingham Public Library system.Fairhaven er også kendt for sine historiske bånd til laksefarvning, og fra slutningen af 1800-tallet til 1940 ‘ erne var hjemsted for talrige laksefarvning operationer, beskæftiger så mange som 4.500 arbejdere i området. I 1940 ‘ erne havde Pacific American Fisheries hovedkontor i Fairhaven og var kendt som den største laksefarvning i verden.