Inokuleringredit
laboratorieteknikere inokulerer prøven på visse faste agarplader med streak plate-metoden eller i flydende dyrkningsmedium, afhængigt af hvad formålet med isolationen er:
- hvis man kun ønsker at isolere en bestemt gruppe bakterier, såsom gruppe A Streptococcus fra en halspind, kan man bruge et selektivt medium, der vil undertrykke væksten af samtidige bakterier, der forventes i blandingen (af antibiotika, der er til stede i agaren), så man kan kun streptokokker er “udvalgt”, dvs.synligt skiller sig ud. For at isolere svampe kan Sabouraud agar anvendes. Alternativt, dødelige tilstande for streptokokker og gramnegative bakterier som høje saltkoncentrationer i Mannitolsaltagar favoriserer overlevelse af eventuelle stafylokokker, der er til stede i en prøve af tarmbakterier, og phenolrød i agaren fungerer som en ph-indikator, der viser, om bakterierne er i stand til at fermentere mannitol ved at udskille syre i mediet. I andre agar tilsættes stoffer for at udnytte en organismes evne til at producere et synligt pigment (f. eks. granada medium til gruppe B Streptococcus), der ændrer bakteriekoloniens farve eller for at opløse blodagar ved hæmolyse, så de lettere kan ses. Nogle bakterier som Legionella-arter kræver særlige næringsstoffer eller toksinbinding som i trækul for at vokse, og derfor skal medier som bufret kulgærekstrakt agar anvendes.
- hvis man ønsker at isolere så mange eller alle mulige stammer, skal forskellige næringsmedier såvel som berigede medier, såsom blodagar og chokoladeagar og anaerobe kulturmedier såsom thioglycolat bouillon inokuleres. For at opregne væksten kan bakterier suspenderes i smeltet agar, før det bliver fast, og derefter hældes i petriskåle, den såkaldte ‘hældplademetode’, der bruges i miljømikrobiologi og fødevaremikrobiologi (f.eks. mejeriprøvning) for at etablere det såkaldte ‘aerobe pladetælling’.
Inkubationedit
efter at prøven er inokuleret i eller på choice-medierne, inkuberes de under passende atmosfæriske indstillinger, såsom aerobe, anaerobe eller mikroaerofile forhold eller med tilsat kulsyre (5%), ved forskellige temperaturindstillinger, for eksempel 37 liter C i en inkubator eller i et køleskab til kold berigelse, under passende lys, for eksempel strengt uden lys indpakket i papir eller i en mørk flaske til scotochromogen mykobakterier, og i forskellige længder af tid, fordi forskellige bakterier vokser med en anden hastighed, varierende fra timer (Escherichia coli) til uger (f.eks.mykobakterier).
med regelmæssige serielle intervaller inspicerer laboratorieteknikere og mikrobiologer medierne for tegn på synlig vækst og registrerer det. Inspektionen skal igen ske under forhold, der favoriserer isolatets overlevelse, dvs.i et ‘anaerobt kammer’ for f. eks. anaerobe bakterier, og under forhold, der ikke truer den person, der ser på pladerne, fra at blive inficeret af en særlig infektiøs mikrobe, dvs. under et biologisk sikkerhedsskab for Yersinia pestis (pest) eller Bacillus anthracis (miltbrand) for eksempel.
Identifikationredit
når bakterier er synligt vokset, blandes de ofte stadig. Identifikationen af en mikrobe afhænger af isoleringen af en individuel koloni, da biokemisk test af en mikrobe for at bestemme dens forskellige fysiologiske træk afhænger af en ren culture.To lav en subkultur, man arbejder igen i aseptisk teknik inden for mikrobiologi, løfter en enkelt koloni fra agaroverfladen med en løkke og striber materialet ind i 4 kvadranter af en agarplade eller overalt, hvis kolonien var ental og ikke så blandet ud.gramfarvning den rå prøve før inkubation eller farvning af frisk dyrket kolonimateriale hjælper med at bestemme, om en koloni består af ensartet forekommende bakterier eller er blandet, og bakteriens farve og form tillader en første klassificering baseret på morfologi. I klinisk mikrobiologi anvendes adskillige andre farvningsteknikker for bestemte organismer (syrefast bakteriel plet til mykobakterier). Immunologiske farvningsteknikker, såsom direkte immunofluorescens, er udviklet til medicinsk vigtige patogener, der vokser langsomt (Auramin-rhodamin plet til mykobakterier) eller vanskelige at dyrke (såsom Legionella pneumophila arter), og hvor testresultatet ville ændre standardstyring og empirisk terapi.biokemisk test af bakterier involverer et sæt agarer i hætteglas for at adskille motile fra ikke-motile bacteria.In 1970 en miniaturiseret version blev udviklet, kaldet analytisk profilindeks.
vellykket identifikation via f. eks. genomsekventering og genomik afhænger af rene kulturer.