NIH HPC-systemer

tilgængeligheden af sekvenser af hele genomer har dramatisk øget antallet af proteinmål, hvoraf mange skal overudtrykkes i andre celler end den oprindelige kilde til DNA. Gensyntese giver ofte en hurtig og økonomisk effektiv tilgang. Det syntetiske gen kan optimeres til ekspression og konstrueres til let mutationsmanipulation uden hensyntagen til modergenomet. Alligevel kan design og konstruktion af syntetiske gener, især dem, der koder for store proteiner, være en langsom, vanskelig og forvirrende proces. Ved hjælp af PCR-baserede metoder automatiseres designet af oligonukleotider til gensyntese.

en beskrivelse af de originale DNA-værker findes i vores publikation (Hoover, D. og Lubkovsky, J., 2002).

for yderligere forbedringer i udførelsen af DNA-værker er feedback om succes eller fiasko af gensyntese ved hjælp af DNA-værker meget vigtig. Lad os vide om resultatet af dine synteseeksperimenter.

er open source og kan hentes fra https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Hvis du kan finde en A Fortran-kompilator, kan du køre DNA-værker via kommandolinje.

eksempel:

> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc