Japans besættelse af Malaya og Borneo (1942-45) under Anden Verdenskrig skabte enorme ændringer i disse territorier. Deres økonomier blev forstyrret, og de kommunale spændinger blev forværret, fordi malajer og kinesere reagerede forskelligt på japansk kontrol. Japanerne havde desperat brug for adgang til naturressourcerne i Sydøstasien; de invaderede Malaya i December 1941 efter at have neutraliseret Amerikansk militærmagt gennem Pearl Harbor angreb og i Filippinerne gennem angreb på Manila. Kort efter kontrollerede japanerne halvøen, Singapore og Borneo. Pro-kommunistiske, overvejende kinesiske guerillaer førte modstand i Malaya, og en kort Kinesisk-ledet oprør brød også ud i det nordlige Borneo. Mange steder udviklede stigende politisering og konflikt inden for og blandt etniske grupper sig som et resultat af økonomisk modgang og selektiv undertrykkelse; i det nordlige Borneo blev Brookes og North Borneo Company ‘ s styre permanent undermineret, mens kineserne og malayserne i Malaya også indså, at britisk dominans ikke var evig. Ikke desto mindre glædede de fleste sig over det japanske nederlag i 1945.efter krigens afslutning blev Saravak og Nordborneo, som begge havde været britiske protektorater indtil den japanske besættelse, Britiske kronkolonier. Saravak stod imidlertid over for en turbulent politisk situation. Mange malajer modsatte sig afslutningen af Brooke-reglen og Saravaks afståelse til Storbritannien, og de deraf følgende sociopolitiske splittelser varede i årevis. Med etableringen af den britiske North Borneo colony blev hovedstaden flyttet fra Sandakan til Jesselton (nu Kota Kinabalu). Nogle lokale selvstyre blev indført i Malaya. Den største katalysator for politisk organisation var imidlertid et britisk forslag om at danne en enkelt malaysisk Union, der inkorporerer alle de malaysiske territorier undtagen Singapore, der ville mindske statens autonomi og give lige politiske og statsborgerskabsrettigheder til ikke-Malaysiske. En enorm stigning i malaysisk politisk følelse mod denne plan, ledet af Dato’ Onn bin Jaafar, resulterede i oprettelsen i 1946 af United Malays National Organisation (UMNO) som et middel til Malaysisk nationalisme og politisk selvsikkerhed. Strejker, demonstrationer og boykotter dømte den foreslåede Malaysiske Union, og briterne begyndte at forhandle med UMNO om den malaysiske fremtid.forhandlingerne resulterede i oprettelsen i 1948 af Federation of Malaya, som forenede territorierne, men gav særlige garantier for Malaysiske rettigheder, herunder sultanernes position. Denne udvikling foruroligede de mere radikale og fattige sektorer i det kinesiske samfund. I 1948 Det Kommunistiske Parti i Malaya—en for det meste Kinesisk bevægelse dannet i 1930, der havde leveret rygraden i den anti-japanske modstand—gik ind i junglen og begyndte en gerillaoprør for at besejre den koloniale regering og udløste en 12-årig periode med uro kendt som malaysisk nødsituation. Kommunisterne førte en voldelig og i sidste ende forgæves kamp støttet af kun et lille segment af det kinesiske samfund. Briterne tog foranstaltninger for at undertrykke oprøret med militære midler, som omfattede en strategi, der med magt flyttede mange landlige kinesere til tæt kontrollerede nye landsbyer beliggende nær eller langs vejene. Selvom denne politik isolerede landsbyboere fra guerillaer, øgede den også regeringens upopularitet. Briterne opnåede endelig succes, da de under ledelse af den britiske højkommissær Sir Gerald Templer aktivt begyndte at tackle politiske og økonomiske klager såvel som oprøret, som yderligere isolerede oprørerne.lovende uafhængighed indledte britiske embedsmænd forhandlinger med de forskellige etniske ledere, herunder UMNO og Malayan Chinese Association (MCA), dannet i 1949 af velhavende kinesiske forretningsmænd. En koalition bestående af UMNO (ledet af den aristokratiske moderate Tunku Abdul Rahman), MCA og den malaysiske indiske kongres bestred det nationale lovgivningsvalg, der blev afholdt i 1955 og vandt alle undtagen et sæde. Dette etablerede et permanent politisk mønster for en herskende koalition-først kendt som Alliancepartiet og senere som National Front (Barisan Nasional; BN) – der forenede etnisk baserede, for det meste elite-ledede partier med moderat til konservativ politisk tilbøjelighed, med UMNO som den største styrke.
den Aug. 31, 1957, Federation of Malaya opnået uafhængighed under en Alliance regering ledet af Tunku Abdul Rahman som premierminister. Singapore, med sin overvejende kinesiske befolkning, forblev uden for føderationen som en britisk kronkoloni. Arrangementet havde en tendens til at favorisere malayserne politisk, hvor UMNO-ledere havde de fleste føderale og statslige kontorer og kongedømmet roterende blandt de forskellige Malaysiske sultaner, men kineserne fik liberale statsborgerskabsrettigheder og opretholdt en stærk økonomisk magt. Kuala Lumpur blev den føderale hovedstad.
nye strømme opstod også i Borneo. Kolonistyret lykkedes at genopbygge og udvide økonomierne i de to kolonier, med gummi og træ, der danner grundlaget for økonomisk vækst efter krigen. Sundheds-og uddannelsesfaciliteter nåede langsomt ud over byerne. Den politiske bevidsthed begyndte at sprede sig, da der blev afholdt valg til lokale råd. I løbet af 1950 ‘ erne blev det Kadasanske samfund, især stimuleret af udviklingen af radioudsendelser og aviser, involveret i nordborneo—politik, mens kinesiske og Malaysiske ledere dannede Saravaks første politiske partier—nogle går ind for multietniske identiteter-i forventning om uafhængighed. Politisk aktivitet accelererede med mooting i 1961 af forslaget fra malaysiske og britiske embedsmænd om en fødereret stat, der ville omfatte Malaya, Saravak, Nordborneo, Bruneiog Singapore. Nye partier dannet i Nordborneo repræsenterer Kadasan, kinesisk, og forskellige muslimske samfund. Der blev afholdt valg i Nordborneo og i Saravak, hvor de fleste af partierne i begge kolonier accepterede uafhængighed ved at fusionere med den nye Føderation, kaldet Malaysia; tilbøjeligheden til at slutte sig til Malaysia steg, efter at Filippinerne hævdede Nordborneo, baseret på tidligere Sulu overherredømme.britiske ledere foreslog en malaysisk Føderation som en måde at afslutte deres nu byrdefulde kolonistyre over Singapore, Saravakog Nordborneo, selvom disse stater historisk og etnisk adskiller sig fra Malaya og fra hinanden. Det var på mange måder at være et ægteskab af bekvemmelighed. Malaya var tæt forbundet økonomisk med travle Singapore, og malayserne følte et slægtskab til de forskellige muslimske grupper i Borneo. Tunku Abdul Rahman mente, at føderationen kunne afbøde potentiel venstreorienteret kinesisk aktivitet, mens den afbalancerede Det Kinesiske flertal i Singapore med de ikke-kinesiske flertal i Borneo-staterne. Malaya indeholdt allerede et kinesisk mindretal på næsten 40 procent, med malaysere næppe i flertallet der. Derfor, den Sept. 16, 1963, blev den Federation of Malaysia dannet, med Nordborneo-omdøbt Sabah-og Saravak udgør Øst Malaysia. Brunei, som var blevet inviteret til at deltage, valgte at forblive et britisk protektorat og blev senere uafhængigt som et lille, olierigt Malaysisk sultanat.
Craig A. Lockard