i 343 f. kr. havde Artakser ud over sine 330.000 persere nu en styrke på 14.000 grækere indrettet af de græske byer Lilleasien: 4.000 under Mentor, bestående af de tropper, som han havde bragt Tennes til hjælp fra Egypten; 3.000 sendt af Argos; og 1.000 fra Theben. Han delte disse tropper i tre kroppe og placerede i spidsen for hver en perser og en Græker. De græske ledere var Lacrates of Theben, mentor for Rhodos og Nicostratus af Argos, mens perserne blev ledet af Rhossaces, Aristasanes og Bagoas, chef for eunukkerne. Nectanebo II modstod med en hær på 100.000, hvoraf 20.000 var græske lejesoldater. Nectanebo II besatte Nilen og dens forskellige grene med sin store flåde. Landets karakter, krydset af adskillige kanaler og fuld af stærkt befæstede Byer, var til hans fordel, og Nectanebo II kunne have været forventet at tilbyde en langvarig, hvis ikke engang en vellykket modstand. Men han manglede gode generaler og var overbevist om sine egne kommandomagter, han var i stand til at blive manøvreret af de græske lejesoldatgeneraler, og hans styrker blev til sidst besejret af de kombinerede persiske hære.efter hans nederlag flygtede Nectanebo II hurtigt til Memphis og efterlod de befæstede Byer for at blive forsvaret af deres garnisoner. Disse garnisoner bestod dels af græske og dels egyptiske tropper; mellem hvilke jalousi og mistanke let blev sået af de persiske ledere. Som et resultat var perserne i stand til hurtigt at reducere adskillige byer over Nedre Egypten og rykkede frem mod Memphis, da nectanebo II besluttede at forlade landet og flygte sydpå til Etiopien. Den persiske hær dirigerede egypterne fuldstændigt og besatte Nilens nedre Delta. Efter at Nectanebo II flygtede til Etiopien, underkastede hele Egypten sig Artrakser. Jøderne i Egypten blev sendt enten til Babylon eller til Det Kaspiske Havs sydkyst, det samme sted, som jøderne i Fønikien tidligere var blevet sendt.
efter denne sejr over egypterne, Artakser havde Bymurene ødelagt, startede en rædselsregime, og i gang med at plyndre alle templerne. Persien fik en betydelig mængde rigdom fra denne plyndring. Artakser hævede også høje skatter og forsøgte at svække Egypten nok til, at det aldrig igen kunne gøre oprør mod Persien. I de 10 år, som Persien kontrollerede Egypten, blev troende i den indfødte religion forfulgt, og hellige bøger blev stjålet. Før han vendte tilbage til Persien, udnævnte han Pherendares til satrap af Egypten. Med den rigdom, der blev opnået ved hans generobring af Egypten, var Artakser i stand til rigeligt at belønne sine lejesoldater. Derefter vendte han tilbage til sin hovedstad efter at have afsluttet sin invasion af Egypten.