1874 entdeckten Bauarbeiter die Fußabdrücke. Der US-amerikanische Arzt und archäologische Sammler Earl Flint machte die Fußabdrücke 1884 auf die internationale Wissenschaftsgemeinschaft und die Medien aufmerksam.Die Carnegie Institution of Washington begann 1941 und 1942 mit der ersten wissenschaftlichen Analyse und Ausgrabung des Gebiets. Sie bauten auch ein Museum und ein Gebäude, um die Fußabdrücke zu schützen.
Die Arbeit wurde von Joaquín Matilló, Allan L. Bryan und Jorge Espinosa in den 1960er und 1970er Jahren fortgesetzt. Bryan von der University of Alberta verwendete Radiokohlenstoffdatierungen, um das Alter von Bodenhumaten zu bestimmen, von einem vergrabenen Boden direkt unter den Fußabdrücken bis zu 5.945 ± 145 Radiokohlenstoffjahren vor der Gegenwart. Basierend auf diesem Datum schätzte er, dass die Fußabdrücke auf etwa 5.000 vor der Gegenwart datiert. Aber die spätere Datierung der vulkanischen Ablagerungen, in denen sie vorkommen, bekannt als die Masaya-Dreifachschicht, zeigte, dass die fossilen Spuren nur etwa 2.120 ± 120 Jahre alt sind. 1978 setzte der nicaraguanische Forscher Jorge Espinosa die Ausgrabung nahe dem Ende der ursprünglichen Ausgrabung fort. Er entdeckte weitere Fußabdrücke in einer Tiefe von 4 Metern. Es wird angenommen, dass die Strecke weitergeht.Exemplare dieser Fußabdrücke können sowohl im Peabody Museum of Archaeology der Harvard University als auch im United States National Museum besichtigt werden.