2001 zog Flowers zurück nach Alabama, wo sie sich als Teil der Lowndes County Commission auf die wirtschaftliche Entwicklung konzentrierte. Die Bevölkerung von Lowndes County ist zu drei Vierteln schwarz. Bis 2002 hatte sie mehrere Mängel der örtlichen sanitären Einrichtungen festgestellt; darunter Menschen, die verhaftet wurden, weil sie nicht für septische Systeme vor Ort bezahlt hatten, und Menschen, die für sanitäre Einrichtungen vor Ort bezahlt hatten, die keine angemessenen Vorkehrungen getroffen hatten. Flowers war überrascht, dass die Regierung eher auf die ärmsten Mitglieder der Gesellschaft abzielte als auf die viel reicheren Umweltverschmutzer der Unternehmen. Diese Erfahrung motivierte sie, sich auf Umweltgerechtigkeit und Klima zu konzentrieren. Sie erhielt die Bundesgenehmigung der United States Environmental Protection Agency (EPA), um einen Plan zur Behandlung von Rohabwasser in Lowndes County zu erstellen.Im Jahr 2011 arbeitete Flowers mit einem UN-Sonderberichterstatter zusammen, um Armut und ihre Auswirkungen auf die Infrastruktur in Lowndes County, Alabama, besser zu verstehen. Seit 2015 ist er Senior Fellow am Center for Earth Ethics. Sie verbrachte 2017 als Franklin Humanities Institute Practitioner in Residence an der Duke University. 2019 gründete sie das Center for Rural Enterprise and Environmental Justice.Flowers und das Columbia Law School Human Rights Institute untersuchten, wie sich strukturelle Ungleichheiten auf den Zugang zu sanitären Einrichtungen und sauberem Wasser auswirken. Sie stellte fest, dass marginalisierte, von Armut betroffene ländliche Gemeinden häufiger unter kontaminiertem Wasser und schlechten sanitären Einrichtungen leiden. Zusammen ermöglichen diese die Ausbreitung von darmparasitären Infektionen, einschließlich Hakenwurm. Im Jahr 2019 veröffentlichten JoAnn Kamuf Ward und Flowers, Flushed and Forgotten: Hygiene und Abwasser in ländlichen Gemeinden in den Vereinigten Staaten, in denen Blumen schrieb, „In Lowndes County, Alabama, und viele der umliegenden Gebiete, Mangel an grundlegenden Annehmlichkeiten, die viele Amerikaner für selbstverständlich halten, ist eine Lebensweise,“. Der Bericht enthielt eine Reihe von Empfehlungen, darunter Maßnahmen zur Verbesserung der Rechenschaftspflicht, zur Sicherstellung der Beteiligung der betroffenen Gemeinschaften an Entscheidungen und zur Gewährleistung des Zugangs zu angemessenen sanitären Einrichtungen auf der Grundlage der Gleichheit.
Im Jahr 2019 hielt sie dem Kongress der Vereinigten Staaten ein Gutachten vor, in dem sie die Regierung aufforderte, die mit Armut in den Vereinigten Staaten verbundenen Krankheiten anzugehen. Sie wurde in die Joe Biden Task Force on Climate Change berufen, deren Co-Vorsitz Alexandria Ocasio-Cortez innehat. Flowers ist das einzige schwarze Mitglied der Task Force.