Das Dikaryon ist ein Kernmerkmal, das für bestimmte Pilze einzigartig ist. Die Grünalge Derbesia galt lange als Ausnahme, bis die heterokaryotische Hypothese durch spätere Studien in Frage gestellt wurde. Kompatible Zelltypen können Zytoplasmen verschmelzen (Plasmogamie). Wenn dies geschieht, paaren sich die beiden Kerne zweier Zellen und leben zusammen, ohne zu verschmelzen (Karyogamie). Dies kann für alle Zellen der Hyphen aufrechterhalten werden, indem sie sich synchron teilen, so dass Paare an neuere Zellen weitergegeben werden. In der Ascomycota wird dieses Attribut am häufigsten in den ascogenen Hyphen und Ascocarp gefunden, während der Großteil des Myzels monokaryotisch bleibt. In der Basidiomycota ist dies die dominierende Phase, wobei die meisten Basidiomycota-Monokaryonen schwach wachsen und kurzlebig sind.
Die Bildung eines Dikaryon ist ein plesiomorpher Charakter für das Subkingdom Dikarya, das aus der Basidiomycota und der Ascomycota besteht. Die Bildung von Croziers in der Ascomycota und von Klemmverbindungen in der Basidiomycota erleichtert die Aufrechterhaltung der Dikaryonen. Jedoch haben einige Pilze in jedem dieser Phyla andere Methoden entwickelt, um die Dikaryons aufrechtzuerhalten, und deshalb sind weder croziers noch Klemmverbindungen in jedem Phylum allgegenwärtig.