Die Endodermis verhindert, dass Wasser und im Wasser gelöste Stoffe über den Apoplastenweg durch diese Schicht gelangen. Wasser kann die Endodermis nur passieren, indem es die Membran der Endodermiszellen zweimal überquert (einmal zum Eintritt und ein zweites Mal zum Austritt). Wasser, das sich in oder aus dem Xylem, das Teil des Apoplasten ist, bewegt, kann dadurch reguliert werden, da es in der Endodermis in den Symplast gelangen muss. Dies ermöglicht es der Pflanze, die Bewegung von Wasser bis zu einem gewissen Grad zu kontrollieren und den Durchtritt von Ionen oder anderen Molekülen selektiv aufzunehmen oder zu verhindern.
Die Endodermis lässt keine Gasblasen in das Xylem eindringen und verhindert das Auftreten von Embolien in der Wassersäule.Passage-Zellen sind endodermale Zellen älterer Wurzeln, die dünne Wände und kasparische Streifen behalten haben, anstatt wie die anderen Zellen um sie herum suberisiert und wasserdicht zu werden, um weiterhin einen symplastischen Fluss nach innen zu ermöglichen. Experimentelle Beweise deuten darauf hin, dass diese Zellen die Übertragung von gelösten Stoffen wie Kalzium und Magnesium in die Stele ermöglichen, um schließlich das Transpirationssystem zu erreichen. Zum größten Teil versiegeln sich jedoch alte Wurzeln an der Endodermis und dienen nur als Durchgang für Wasser und Mineralien, die von jüngeren Wurzeln „stromabwärts“ aufgenommen werden.
Endodermale Zellen können Stärkekörnchen in Form von Amyloplasten enthalten. Diese können als Nahrungsmittelspeicher dienen und haben gezeigt, dass sie in einigen Pflanzen am Gravitropismus beteiligt sind.