Daniel Jefferson Harris (alias Dirty Dan) kam 1853 oder 1854 in der Bellingham Bay Area an und freundete sich mit John Thomas, der einen Landanspruch entlang Padden Creek eingereicht hatte. Er half Thomas, dort eine Hütte zu bauen, aber Thomas starb, bevor die Hütte fertig war. Dan beendete den Anspruch auf das Land und das Patent wurde 1871 erteilt. Er erwarb auch mehrere umliegende Grundstücke und nannte dieses Gebiet Fairhaven, von dem einheimischen Namen see-see-lich-em, was sicheren Hafen oder fairen Hafen bedeutet (möglicherweise auch von einer Stadt in Maine, die möglicherweise sein Geburtsort war oder nicht). 1883 kaufte er die Stadt und begann, Grundstücke zu verkaufen. Als sich sein Vermögen verbesserte, verbesserte sich auch sein Ansehen und sein Ruf, so dass er 1885 heiraten konnte. 1888 verkaufte er den größten Teil seines Eigentums in Fairhaven an Nelson Bennett und ging nach Kalifornien. Nelson Bennett gründete zusammen mit Charles Larrabee, der 1890 ankam, die Fairhaven Land Company, die größtenteils von Larrabee finanziert wurde und entschlossen war, Fairhaven zu einer Großstadt auszubauen. Sie förderten das Land, das reich an natürlichen Ressourcen, gutem Wetter und endlosen Möglichkeiten war, was dazu führte, dass die Bevölkerung von etwa 150 im Jahr 1889 auf 8000 Ende 1890 wuchs. Ein Teil dieses Anstiegs war auf den Kauf einer winzigen Siedlung namens Bellingham zwischen Sehome und Fairhaven durch die Fairhaven Land Company zurückzuführen, die ab 1883 ein Postamt hatte.Fairhaven, wie viele andere Küstenstädte Washingtons, konkurrierte mit anderen Städten Washingtons um die Position der Terminalstadt der Great Northern Railroad, aber dieser Titel fiel letztendlich auf Seattle. Während dieser Zeit der Wettbewerbsfähigkeit, die von Ende der 1870er bis Mitte der 1880er Jahre dauerte, übernahm Fairhaven seinen ikonischen Stil des 19. Selbst nachdem beschlossen wurde, dass Seattle das Great Northern Railroad Terminal beherbergen würde, boomten die Bevölkerung und der ästhetisch gesinnte Bau bis in die späten 1890er Jahre. Fairhaven wurde am 13.Mai 1890 offiziell eingemeindet. Während der spekulativen Raserei der 1890er Jahre wurde das Grand Fairhaven Hotel gebaut, um Eisenbahnmagnaten anzuziehen, Fairhaven als Endpunkt der transkontinentalen Eisenbahnen an der Westküste zu wählen. Die Eisenbahn kam nie, aber der imposante Rest des alten Hotels stand bis zu einem Brand und Abriss im Jahr 1953.Am 27. Oktober 1903 stimmten die Bürger von Fairhaven und die Bürger einer benachbarten Stadt an der Bellingham Bay, Whatcom City, dafür, sich zu einer Stadt namens Bellingham zusammenzuschließen. Am 28.Dezember 1903 wurde die neue Stadt Bellingham offiziell gegründet.1903 erhielt Fairhaven einen Zuschuss für den Bau der ersten Carnegie-finanzierten Bibliothek in der 12th Street. Die Bibliothek arbeitet weiterhin als Zweigstelle des Bellingham Public Library Systems.Fairhaven ist auch für seine historischen Verbindungen zur Lachskonservenherstellung bekannt und war von den späten 1800er bis in die 1940er Jahre die Heimat zahlreicher Lachskonserven, die bis zu 4.500 Arbeiter in der Region beschäftigten. In den 1940er Jahren hatte die Pacific American Fisheries ihren Hauptsitz in Fairhaven und war als größter Lachskonservenbetrieb der Welt bekannt.