Der Begriff wurde von Gerard Prunier in seiner Arbeit über die Konfrontation zwischen den britischen und französischen Truppen im Südsudan im Jahr 1898 geprägt, die er auch als Ursache für dessen rasches und tiefgreifendes Eingreifen in die Ruanda-Krise anführte. Es wurde nach dem Fashoda-Vorfall benannt. Am 4. November 1898 besetzte ein Kontingent französischer Truppen das Fort in Fashoda (heute Kodok im südlichen Teil des Sudan). Sie waren jedoch gezwungen, sich zurückzuziehen, nachdem eine größere anglo-ägyptische Armee unter der Führung von Lord Kitchener übernahm und der Konflikt durch die anglo-französische Erklärung vom 21. März 1899 gelöst worden war. Der Vorfall wurde als diplomatischer Sieg für die Briten angesehen, und infolgedessen begann die französische Außenpolitik, ein aggressives Streben nach französischem Einfluss in Gebieten in Afrika zu betonen, die für britischen Einfluss anfällig sind. Diese Politik definierte das sogenannte Fashoda-Syndrom und bezeichnete nicht nur das anglo-französische Gerangel in Afrika, sondern auch das Kräfteverhältnis zwischen diesen beiden, das als realpolitisch galt.
Im afrikanischen Staat erklärte der britische Historiker Martin Meredith:
„Seit einem Vorfall im sudanesischen Dorf Fashoda … die Franzosen hatten wachsam gegen anglophone Übergriffe in ihrem eigenen Hinterhof — le pré Carré – gewacht. In seinen Memoiren listete General de Gaulle die Katastrophen auf, die Frankreich in seiner Jugend heimgesucht hatten und die ihn dazu veranlasst hatten, sich der Aufrechterhaltung der ‚Größe‘ Frankreichs zu widmen: Der erste auf der Liste war der Vorfall von Fashoda. Das sogenannte Fashoda-Syndrom bildete einen Grundbestandteil der französischen Afrikapolitik. Um sicherzustellen, dass afrikanische Themen gebührende Aufmerksamkeit erhielten, Das französische Präsidialamt umfasste eine spezielle Afrika—Einheit — Cellule Africaine – mit einem breiten Aufgabenbereich, der alles von der Geheimdienstarbeit bis zur Bestechung abdeckt. Meredith kam auch zu dem Schluss, dass die französische Intervention in Ruanda 1990 Ausdruck des „Syndroms“ war. Ruanda liegt an der Grenze zwischen dem „frankophonen“ und dem „anglophonen“ Afrika. 1990 kam es zu einer kurzlebigen Invasion der Ruandischen Patriotischen Front (RPF), einer Koalition von Tutsi-Exilanten und Befürwortern demokratischer Reformen. Viele der RPF waren in Tutsi-Flüchtlingslagern im ehemals britisch kontrollierten Uganda aufgewachsen und hatten gelernt, in der ugandischen Armee zu kämpfen.Der Fashoda-Komplex wurde im Zusammenhang mit der Außenpolitik anderer Länder, insbesondere Ägyptens und des Sudan, genutzt. Es war auch die Grundlage für die französische Interpretation von Laurent-Laurent Kabilas Rebellion.