Fujiwara war Japans erste Hauptstadt, die in einem Gittermuster nach chinesischem Vorbild (条坊制 jōbō-sei) erbaut wurde; Jüngste Untersuchungen haben ergeben, dass die Stadt eine Fläche von etwa 5 km umfasste, viel größer als bisher angenommen. Der Palast besetzte ein etwa 1 km2 großes Grundstück und war von etwa 5 m hohen Mauern umgeben. Jede der vier Wände hatte drei Tore; Suzakumon, das Haupttor, stand in der Mitte der Südwand. Der Daigokuden (大極殿) und andere Palastgebäude waren die ersten Palaststrukturen in Japan, die ein Ziegeldach im chinesischen Stil hatten.
Das Gebiet war zuvor die Domäne des Nakatomi-Clans, der im Auftrag des kaiserlichen Hofes die Beobachtung von Shintō-Ritualen und -zeremonien überwachte. Die Stadt brannte 711, ein Jahr nach dem Umzug nach Nara, nieder und wurde nicht wieder aufgebaut. Archäologische Ausgrabungen begannen 1934 und einige Teile des Palastes wurden rekonstruiert. Fast 10.000 Holztafeln, bekannt als Mokkan, wurden gefunden, die mit chinesischen Schriftzeichen beschriftet sind.
Dieses von Kaiserin Jitō geschriebene Waka, das Fujiwara im Sommer beschreibt, ist Teil der berühmten Gedichtsammlung Hyakunin Isshu:
春すぎて夏来にけらし白妙の衣ほすてふ天の香具山haru sugite natsu ki ni kerashi shirotae no koromo hosu chō ama no kaguyama
Was übersetzt der Frühling ist vergangen, es scheint so, und jetzt der Sommer eingetroffen ist; Denn dies, sagen Sie, ist, wenn die Roben, pure white, ausgestrahlt auf dem himmlischen Berg Kagu.
Die Hauptstadt wurde von Fujiwara-kyo wegen des extremen Gestanks eines offenen Abwassersystems verlegt. Der Abwasserkanal war mit Exkrementen und anderen menschlichen Abfällen verstopft, wodurch er sich aufbaute und nicht in den Fluss spülte. Der Gestank wurde so stark, dass sich die Leute über den Gestank des Palastes beschwerten. Schließlich wurde die Hauptstadt wegen des schrecklichen Geruchs nach Nara verlegt.