With one click, MAXIMIZE the chance to obtain functional proteins
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Patent Number: WO2020024917A1
Als führender Anbieter von synthetischer DNA widmet sich GenScript der Nutzung der neuesten Fortschritte, um bestehende Algorithmen zur Verbesserung der Genexpression zu aktualisieren. Unsere neueste Entwicklung ist GenSmart ™ Codon Optimization; ein kostenloses, benutzerfreundliches Online-Tool, mit dem Sie das Design von Wildtyp- oder rekombinanten Gensequenzen für eine höhere Expression in prokaryotischen und Säugetier-Expressionssystemen optimieren können.
GenSmart™ Codon Optimization verwendet einen neu entwickelten Algorithmus, der auf dem „Population Immune Algorithm“ basiert und sowohl populationsgenetische als auch immunologische Theorien nutzt. Bei diesem Ansatz werden mehr als 200 Faktoren, die an der Genexpression beteiligt sind, einschließlich GC-Gehalt, Codonverwendung und Inhaltsindex, RNase-Spleißstellen und cis-wirkende mRNA-Destabilisierungsmotive, gescreent und validiert. Anstatt eine Einzelfaktor-Simulation auf die Berechnung anzuwenden, wird ein Multifaktor-Ansatz verwendet, um sicherzustellen, dass alle Schlüsselfaktoren in einer bestimmten Zielgensequenz Gewicht haben. Infolgedessen wird jede Genoptimierung vollständig angepasst, um die Chance zu maximieren, ein funktionelles und aktives Protein zu erhalten.
Im Vergleich zu ähnlichen Tools ist GenSmart™ Codon Optimization zugänglicher und benutzerfreundlicher. Alle Parameter sind in den Algorithmus integriert und erfordern keine Eingabe von Ihnen. Alles, was benötigt wird, ist Ihre Sequenz und der gewünschte Wirtsorganismus; Der Rest wird vom Optimierungstool erledigt. Darüber hinaus können Ihre optimierten Sequenzen einfach über das GenSmart ™ Instant Quote System bestellt oder für die zukünftige Verwendung archiviert werden.
Aktualisiert! Die GenSmart ™ -Codonoptimierung wurde jetzt auf 50 Wirtsorganismen angewendet, darunter CHO, Mensch, E.coli, T-Zelle, Hefe, Insekt, Arabidopsis, Mais, Reis, Sojabohne, Fruchtfliege usw.!
Warum GenSmart™ Codon Optimization
- Zugänglichkeit: Kostenloses Online-Tool; mit nur einem Klick zu Ihrer optimalen Sequenz
- Umfassende Faktorenanalyse: Über 200 Faktoren überprüft und validiert
- Advanced Computing: Patentierter Populations-Immun-Algorithmus zur Gewährleistung der besten Ausgabe
- Individuelle sequenzbasierte: Hochgradig angepasstes Computing, um Verzerrungen bei der Gewichtsverteilung auf Schlüsselfaktoren zu vermeiden
- Einfache Bestellung: Nahtlose Integration mit dem GenSmart ™ Instant Quote System
Was die Daten sagen
GenScript-Daten
Ziel: Bewertung der Leistung des GenSmart ™ Codon Optimization Tools bei der Erhöhung der Expression von JNK3- und GFP-Proteinen.Ansatz: Klonierte die Wildtyp- und sequenzoptimierten Sequenzen jedes Gens in einem Expressionsvektor und bewertete die Proteinexpression von drei verschiedenen Klonen in CHO 3E7-Zellen durch Western-Blotting.
Ergebnisse: Alle drei GFP- und JNK3-Klone aus durch GenSmart ™ optimierten Sequenzen zeigten einen signifikanten Anstieg der Proteinexpression um das 18- bzw. ~ 8-fache im Vergleich zu nicht optimierten nativen Gensequenzen.
Unabhängige Daten
Ziel: Bewertung der Bearbeitungseffizienz von BE4-Basiseditorvarianten, die durch verschiedene Codon-Optimierungswerkzeuge im Rahmen des Projekts optimiert wurden übergeordnetes Ziel der Untersuchung des Effekts der Genexpression auf die Geneditierung
Ansatz: Optimierte das nukleare Lokalisierungscodon von BE4 mit Werkzeugen von IDT, Coller, GeneArt und GenScript und bewertete dann die Genexpression und Editiereffizienz in HEK293-Zellen
Ergebnisse: Während Codons, die mit Werkzeugen von GenScript (GS), GeneArt (GA) und Coller (JC) optimiert wurden, die Editiereffizienz im Vergleich zu IDTs verbesserten, übertrafen chimäre Varianten, die allein durch die Codonoptimierung von GenScript optimiert wurden, andere, indem sie eine 1,8-fach höhere Editiereffizienz induzierten