Diego Colón war der erstgeborene Sohn von Christoph Kolumbus (Cristobal Colón). Er wurde vermutlich in Lissabon oder Porto Santo, Portugal, geboren. Felipa Perestrello e Moniz, Diegos Mutter, starb, als er 4 Jahre alt war.
Schon in jungen Jahren gehörte Diego als Page des Prinzen Don Juan zum spanischen Hof und später war er Page der Königin. Diego heiratete Maria de Toledo im Jahre 1508. María de Toledo y Rojas o María Álvarez de Toledo war die Enkelin des Ersten Herzogs von Alba, Nichte des Zweiten Herzogs von Alba, Cousin von König Ferdinand II. Da sie von edler Abstammung war und ihre Familie großen Einfluss auf den spanischen Hof hatte, ermöglichte dies Diego die offizielle Anerkennung und gewährte ihm somit viele Privilegien.
Gouverneur von Indien
1509 wurde Diego Columbus zum Gouverneur von Indien ernannt, als er in Hispaniola ankam, um Nicholas de Ovando zu ersetzen. Er wurde von seiner Frau begleitet, Onkel, ihr Bruder Fernando und eine große Anhängerschaft.
Während der Regierung von Diego Columbus in Hispaniola wurden Kuba, Puerto Rico und Jamaika ebenfalls von den Spaniern erobert.
Sobald Diego sich in der Kolonie niederließ und seine Residenz, Den Columbus Palace/ Alcazar de Colon, baute, begann er, den Menschen, die mit Ihm ankamen, Privilegien zu gewähren ihn. Alle erhielten Häuser und Eigentum und viele erhielten Sitze in der Regierung. Diese Bevorzugung verursachte viel Diskurs unter vielen Bewohnern der Insel. Diese Bewohner beschwerten sich vor Gericht und forderten eine bessere Behandlung durch den Gouverneur. Der Schatzmeister hatte die Sonderbehandlung Miguel de Pasamonte satt und bildete eine Gruppe namens Diener des Königs. Sie bildeten sich, um der Regierungsgruppe entgegenzutreten. Um die Kämpfe zwischen den beiden Gruppen zu stoppen, schuf der Monarch das Real Audience, ein Gericht, das die Befugnisse des Gouverneurs einschränkte.Eines der vielen Probleme, mit denen der Gouverneur konfrontiert war, war, wie die dominikanischen Priester die Indianer verteidigten. Die Verteidigung der Indianer wurde von Fray Antón de Montecinos initiiert. Er hielt eine Predigt, die eine bessere Behandlung der Eingeborenen forderte. Der Gouverneur und andere Behörden waren alle anwesend, als Montecinos 1511 seine berühmte Rede hielt. Montecinos wurde im Mai 1511 zum Vizekönig von Indien ernannt und blieb bis 1518 im Amt.
Diego kehrt nach Spanien zurück
Die vielen Konflikte in Hispaniola zwangen den König, Diego Columbus zu ersetzen, und er kehrte nach Spanien zurück. Nachdem er einige Jahre in Spanien war, erlangte er erneut die Gunst des Königs. Diego kehrte 1520 zu seinem Gouverneursamt zurück.
Zwei Jahre später fand der erste Aufstieg der schwarzen Sklaven statt. Diese neue Regierung war ruhiger als die vorherige. Dennoch suspendierte König Carlos V. zum zweiten Mal den Sohn von Christoph Kolumbus von der Regierung von Hispaniola.Kolumbus kehrte 1523 nach Spanien zurück. Nach den Kapitulationen von Santa Fe, die von Columbus und katholischen Königen unterzeichnet wurden, würden alle Titel, die Christopher gewährt wurden, von Diego geerbt. Doch als Diego 1526 starb, erhielt er nie die versprochene Anerkennung der ererbten Rechte, die ihm sein Vater versprochen hatte.