|
Automatisches Oligonukleotiddesign für die PCR-basierte Gensynthese
|
Hilfe
|
Die Verfügbarkeit von Sequenzen ganzer Genome hat die Anzahl der Proteinziele dramatisch erhöht, von denen viele in anderen Zellen als der ursprünglichen DNA-Quelle überexprimiert werden müssen. Die Gensynthese bietet oft einen schnellen und wirtschaftlich effizienten Ansatz. Das synthetische Gen kann für die Expression optimiert und für eine einfache Mutationsmanipulation ohne Rücksicht auf das Elterngenom konstruiert werden. Das Design und die Konstruktion synthetischer Gene, insbesondere solcher, die für große Proteine kodieren, können jedoch ein langsamer, schwieriger und verwirrender Prozess sein. DNAWorks automatisiert das Design von Oligonukleotiden für die Gensynthese durch PCR-basierte Methoden.
Eine Beschreibung der ursprünglichen DNAWorks finden Sie in unserer Publikation (Hoover, D. und Lubkowski, J., 2002).
Für weitere Leistungsverbesserungen von DNAWorks ist die Rückmeldung über den Erfolg oder Misserfolg der Gensynthese mit DNAWorks sehr wichtig. Bitte teilen Sie uns das Ergebnis Ihrer Syntheseversuche mit.
DNAWorks ist Open Source und kann von https://github.com/davidhoover/DNAWorks heruntergeladen werden. Wenn Sie einen Fortran-Compiler finden, können Sie DNAWorks über die Befehlszeile ausführen.
Beispiel:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc