Die Besetzung von Malaya und Borneo durch Japan (1942-45) während des Zweiten Weltkriegs führte zu enormen Veränderungen in diesen Gebieten. Ihre Volkswirtschaften wurden gestört, und die Spannungen zwischen den Gemeinden verschärften sich, weil Malaien und Chinesen unterschiedlich auf die japanische Kontrolle reagierten. Die Japaner brauchten dringend Zugang zu den natürlichen Ressourcen Südostasiens; Sie fielen im Dezember 1941 in Malaya ein, nachdem sie die amerikanische Militärmacht in Hawaii durch den Angriff auf Pearl Harbor und auf den Philippinen durch Angriffe auf Manila neutralisiert hatten. Kurz darauf kontrollierten die Japaner die Halbinsel, Singapur und Borneo. Prokommunistische, überwiegend chinesische Guerillas leisteten in Malaya Widerstand, und auch in Nordborneo brach ein kurzer von China angeführter Aufstand aus. Vielerorts entwickelten sich infolge wirtschaftlicher Not und selektiver Repression zunehmende Politisierungen und Konflikte innerhalb und zwischen ethnischen Gruppen; In Nordborneo wurde die Herrschaft der Brookes und der North Borneo Company dauerhaft untergraben, während in Malaya auch die Chinesen und Malaien erkannten, dass die britische Herrschaft nicht ewig währte. Dennoch begrüßten die meisten Menschen die japanische Niederlage 1945.Nach dem Ende des Krieges wurden Sarawak und Nordborneo, die beide bis zur japanischen Besatzung britische Protektorate waren, britische Kronkolonien. Sarawak sah sich jedoch einer turbulenten politischen Situation gegenüber. Viele Malaien widersetzten sich der Beendigung der Kolonialherrschaft und der Abtretung Sarawaks an Großbritannien, und die daraus resultierenden gesellschaftspolitischen Spaltungen hielten jahrelang an. Mit der Gründung der britischen Kolonie Nordborneo wurde die Hauptstadt von Sandakan nach Jesselton (heute Kota Kinabalu) verlegt. In Malaya wurde eine lokale Selbstverwaltung eingeführt. Der Hauptkatalysator der politischen Organisation war jedoch ein britischer Vorschlag, eine einzige malaiische Union zu bilden, die alle malaiischen Territorien außer Singapur umfasste, was die staatliche Autonomie verringern und Nicht-Malaien gleiche politische und staatsbürgerliche Rechte einräumen würde. Ein enormer Aufschwung des malaiischen politischen Gefühls gegen diesen Plan, angeführt von Dato ‚Onn bin Jaafar, führte 1946 zur Gründung der United Malays National Organization (UMNO) als Vehikel für malaiischen Nationalismus und politisches Durchsetzungsvermögen. Streiks, Demonstrationen und Boykotte verurteilten die vorgeschlagene malaiische Union, und die Briten begannen mit UMNO über die malaiische Zukunft zu verhandeln.Die Verhandlungen führten 1948 zur Gründung der Föderation Malaya, die die Gebiete vereinte, aber besondere Garantien für malaiische Rechte, einschließlich der Position der Sultane, bot. Diese Entwicklungen alarmierten die radikaleren und verarmteren Sektoren der chinesischen Gemeinschaft. Im Jahr 1948 ging die Kommunistische Partei von Malaya — eine überwiegend chinesische Bewegung, die 1930 gegründet wurde und das Rückgrat des antijapanischen Widerstands bildete – in den Dschungel und begann einen Guerilla—Aufstand, um die Kolonialregierung zu besiegen, was eine 12-jährige Periode der Unruhen auslöste bekannt als der malaiische Notfall. Die Kommunisten führten einen gewalttätigen und letztlich vergeblichen Kampf, der nur von einem kleinen Teil der chinesischen Gemeinschaft unterstützt wurde. Die Briten ergriffen Maßnahmen, um den Aufstand mit militärischen Mitteln zu unterdrücken, einschließlich einer Strategie, die viele ländliche Chinesen gewaltsam in streng kontrollierte neue Dörfer in der Nähe oder entlang der Straßenränder verlegte. Obwohl diese Politik die Dorfbewohner von Guerillas isolierte, erhöhte sie auch die Unbeliebtheit der Regierung. Die Briten erzielten schließlich Erfolg, als sie unter der Führung des britischen Hochkommissars Sir Gerald Templer aktiv begannen, politische und wirtschaftliche Missstände sowie den Aufstand anzugehen, der die Rebellen weiter isolierte.Britische Beamte versprachen die Unabhängigkeit und begannen Verhandlungen mit den verschiedenen ethnischen Führern, darunter mit denen von UMNO und der Malayan Chinese Association (MCA), die 1949 von wohlhabenden chinesischen Geschäftsleuten gegründet wurde. Eine Koalition aus UMNO (angeführt vom aristokratischen gemäßigten Tunku Abdul Rahman), MCA und dem malaiisch-indischen Kongress bestritt die nationalen Parlamentswahlen von 1955 und gewann alle bis auf einen Sitz. Dies etablierte ein permanentes politisches Muster einer Regierungskoalition – zuerst als Allianzpartei und später als Nationale Front (Barisan Nasional) bekannt; BN) – das vereinigte ethnisch basierte, meist elitär geführte Parteien moderater bis konservativer politischer Ausrichtung mit UMNO als Hauptkraft.
Am Aug. 31, 1957, die Föderation von Malaya erlangte Unabhängigkeit unter einer Allianzregierung unter der Leitung von Tunku Abdul Rahman als Premierminister. Singapur mit seiner überwiegend chinesischen Bevölkerung blieb als britische Kronkolonie außerhalb der Föderation. Die Anordnung neigte dazu, die Malaien politisch zu begünstigen, mit UMNO-Führern, die die meisten Bundes- und Staatsämter innehatten, und dem Königtum, das unter den verschiedenen malaiischen Sultanen rotierte, Aber den Chinesen wurden liberale Staatsbürgerschaftsrechte gewährt und eine starke Wirtschaftsmacht aufrechterhalten. Kuala Lumpur wurde die Bundeshauptstadt.
Auch in Borneo entstanden neue Strömungen. Die Kolonialherrschaft gelang es, die Wirtschaft der beiden Kolonien wieder aufzubauen und auszubauen, wobei Gummi und Holz die Grundlage für das Wirtschaftswachstum der Nachkriegszeit bildeten. Gesundheits- und Bildungseinrichtungen erreichten langsam die Städte. Das politische Bewusstsein begann sich auszubreiten, als Wahlen für Gemeinderäte abgehalten wurden. In den 1950er Jahren engagierte sich die Kadazan—Gemeinschaft, die insbesondere durch die Entwicklung von Rundfunk und Zeitungen angeregt wurde, in der Politik Nordborneos, während chinesische und malaiische Führer in Erwartung der Unabhängigkeit die ersten politischen Parteien Sarawaks gründeten, von denen einige multiethnische Identitäten vertraten. Die politische Aktivität beschleunigte sich mit der Abstimmung im Jahr 1961 über den Vorschlag malaiischer und britischer Beamter für einen föderierten Staat, der Malaya, Sarawak, Nordborneo, Brunei und Singapur umfassen würde. In Nordborneo bildeten sich neue Parteien, die die Kadazan, Chinesen und verschiedene muslimische Gemeinschaften vertraten. Wahlen fanden in Nord-Borneo und in Sarawak statt, wobei die meisten Parteien in beiden Kolonien die Unabhängigkeit akzeptierten, indem sie mit der neuen Föderation, Malaysia genannt, fusionierten; Die Neigung, Malaysia beizutreten, nahm zu, nachdem die Philippinen Nord-Borneo beanspruchten, basierend auf der ehemaligen Sulu-Oberhoheit.Britische Führer schlugen eine malaysische Föderation vor, um ihre jetzt belastende Kolonialherrschaft über Singapur, Sarawak und Nordborneo zu beenden, obwohl diese Staaten historisch und ethnisch von Malaya und voneinander verschieden waren. Es war in vielerlei Hinsicht eine Zweckehe. Malaya war wirtschaftlich eng mit dem geschäftigen Singapur verbunden, und die Malaien fühlten sich mit den verschiedenen muslimischen Gruppen in Borneo verwandt. Tunku Abdul Rahman glaubte, die Föderation könnte potenzielle linke chinesische Aktivitäten entschärfen und gleichzeitig die chinesische Mehrheit in Singapur mit den nichtchinesischen Mehrheiten der Borneo-Staaten in Einklang bringen. Malaya enthielt bereits eine chinesische Minderheit von fast 40 Prozent, mit Malaien kaum in der Mehrheit gibt. Daher, am Sept. 16, 1963, die Föderation von Malaysia wurde gebildet, mit Nord—Borneo—umbenannt Sabah-und Sarawak bilden Ost-Malaysia. Brunei, das zum Beitritt eingeladen worden war, entschied sich dafür, ein britisches Protektorat zu bleiben, und wurde später als kleines, ölreiches malaiisches Sultanat unabhängig.Craig A. Lockard