1904 floh Magón aus Mexiko, als die Gerichte den Druck seiner Schriften untersagten und er für den Rest seines Lebens in den Vereinigten Staaten blieb. Die Hälfte dieser Zeit verbrachte er im Gefängnis. Er nahm die Veröffentlichung von Regeneración wieder auf und führte die Partido Liberal Mexicano (PLM) (Mexikanische Liberale Partei) aus dem Ausland. 1906 ging er nach Kalifornien. Um diese Zeit kam es in Mexiko zu PLM-Aufständen, die von der mexikanischen Regierung niedergeschlagen wurden. Die USA sympathisierten mit der mexikanischen Regierung und begannen, PLM-Führer in den USA in Gewahrsam zu nehmen. Magón befürchtete, dass er gefangen genommen und nach Mexiko zurückgebracht werden würde, wo ihm die Möglichkeit einer Hinrichtung drohte.1907 wurde ein amerikanischer Detektiv namens Thomas Furlong von Enrique Creel, dem damaligen Gouverneur von Chihuahua, angestellt, um mexikanische Dissidenten in den USA ausfindig zu machen. Es gab eine große Anzahl von Expatriates, die von seinem Aufenthaltsort wussten, und infolgedessen hatte Furlong keine Schwierigkeiten, die Dissidenten in der Stadt zu lokalisieren. Magón lebte jedoch in großer Geheimhaltung in Los Angeles. Er benutzte ein Pseudonym, und nur zwei andere Personen in der Stadt kannten seine wahre Identität. Wenn sie ihn sehen wollten, taten sie es zwischen Mitternacht und Morgengrauen. Die Dissidenten in St. Louis wurden bald darauf aufmerksam, dass sie von Agenten der mexikanischen Regierung gesucht wurden. Librado Rivera verließ die Stadt, um sich der Gefangennahme zu entziehen, und obwohl er ständig auf der Hut vor Agenten war, die ihn beschatten könnten, Er konnte sich ihnen nicht entziehen. Er wurde nach Los Angeles und zu Magóns Wohnort verfolgt. Furlong hielt das Haus einige Zeit unter Beobachtung. Am 23.August 1907 wurden Magón, Rivera und Antonio Villarreal schließlich von Furlong, zwei seiner Assistenten und einigen Beamten des Los Angeles Police Department in Gewahrsam genommen.Magón und andere PLM-Mitglieder hatten in den Jahren vor seinem Umzug nach Los Angeles eine Brigade von Revolutionären in Douglas, Arizona, organisiert. Eine Expedition wurde zu den Cananea Kupferminen etwa dreißig Meilen von der südlichen Grenze von Arizona mit der angeblichen Absicht der Vernichtung aller Amerikaner in und um die Minen beschäftigt geschickt. Die Brigade war von den Arizona Rangers verfolgt worden, die sie in die Flucht schlugen und einige von ihnen gefangen nahmen. Magón und seine Gefährten wurden nach Tombstone, Arizona, ausgeliefert, wo sie wegen Verstoßes gegen die US-Neutralitätsgesetze angeklagt wurden. Obwohl sich die amerikanische und mexikanische Linke zu ihrer Verteidigung versammelten, wurden sie zu achtzehn Monaten im Yuma Territorial Prison verurteilt und später in den Arizona State Prison Complex – Florence verlegt. Sie wurden 1910 freigelassen und nahmen die Veröffentlichung von Regeneración von einem Büro in der Innenstadt von Los Angeles aus wieder auf. Der mexikanische Bürgerkrieg begann im selben Jahr, und die Magonistas, wie die PLM-Streitkräfte genannt wurden, waren zusammen mit den Streitkräften von Pancho Villa, Emiliano Zapata und Venustiano Carranza und Francisco I. Madero in ganz Mexiko an Kämpfen beteiligt.
Im Mai 1911 wurde Diaz besiegt. Madero organisierte eine Wahl, die er gewann, indem er die mexikanischen Wähler täuschte, er habe sich mit der PLM zusammengetan. Magón widersetzte sich weiterhin der enormen amerikanischen Wirtschaftspräsenz in Mexiko und Maderos fortgesetzter Enteignung von Bauernland. Er wurde erneut verhaftet. Nach zwei Jahren im Gefängnis im Bundesstaat Washington wurde er freigelassen und ließ sich mit Bruder Enrique in Edendale nördlich des Silver Lake Reservoirs nieder. Die PLM hatte zu diesem Zeitpunkt keine Mittel, und die Brüder und ihre Freunde züchteten und züchteten Hühner auf dem gemieteten Grundstück. Er veröffentlichte weiterhin Regeneración und hielt Reden in der Region. 1916 wurde er erneut verhaftet und beschuldigt, „unanständiges Material“ über die US-Post verschickt zu haben. Mit Hilfe von Emma Goldman machte er Kaution. 1918 veröffentlichte er ein Antikriegsmanifest. Darin schrieb er: „Der Tod der alten Ordnung ist nahe. Es wird in den Bars, Theatern, Straßenbahnen und Häusern geflüstert, besonders in unseren Häusern, den Häusern derer, die unten stehen. Für diese Schriften wurde er wegen Volksverhetzung nach dem Spionagegesetz von 1917 angeklagt, verurteilt und zu zwanzig Jahren wegen „Behinderung der Kriegsanstrengungen“ verurteilt, ein Verstoß gegen das Spionagegesetz von 1917. Die Wilson-Regierung führte die sogenannten Palmer-Razzien durch, ein massives Vorgehen gegen Kriegsdissidenten und Linke, das auch bemerkenswerte Sozialisten wie Eugene V. Debs erfasste. Magón starb im Leavenworth Penitentiary in Kansas. Er litt seit vielen Jahren an Diabetes und verlor zum Zeitpunkt seines Todes sein Sehvermögen.
Die Todesursache von Flores Magón ist umstritten. Einige glauben, dass er absichtlich von Gefängniswärtern ermordet wurde. Andere behaupten, dass er infolge der sich verschlechternden Gesundheit starb, die durch seine lange Haftstrafe verursacht wurde, möglicherweise verschärft durch medizinische Vernachlässigung durch Beamte und Mitarbeiter des Leavenworth Penitentiary. Magón schrieb mehrere Briefe an Freunde, in denen er sich über schwächende Gesundheitsprobleme und über das, was er als gezielte Vernachlässigung durch das Gefängnispersonal empfand, beschwerte.
Die mexikanische Abgeordnetenkammer verabschiedete eine Resolution, in der die Rückführung von Magóns Leiche gefordert wurde. Darin heißt es:
Die unterzeichneten Abgeordneten, beseelt von dem Wunsch, dem großen mexikanischen Revolutionär Ricardo Flores Magón, Märtyrer und Apostel libertärer Ideen, der gerade arm und blind in der Zelle eines Yankee-Gefängnisses gestorben ist, posthum eine Hommage zu erweisen, schlagen vor, dass diese ehrenwerte Versammlung die folgende Resolution verabschiedet: Dass dort auf Kosten der mexikanischen Regierung die sterblichen Überreste von Ricardo Flores Magón auf dem Boden seines Heimatlandes zur Ruhe gebracht werden. Wir fordern, dass unverzüglich und ohne Bezugnahme auf den Ausschuss gehandelt wird.(Signiert) Julian S. Gonzalez, Antonio G. Rivera, E. Baron Obregon, J. M. Alvarez Del Castillo, A. Diaz So’ro Y Gama und andere
— Saal des mexikanischen Kongresses, Mexiko, D.F., 22.November 1922
Die US-Behörden lehnten den Antrag ab und Magón wurde in Los Angeles begraben. Seine sterblichen Überreste wurden schließlich 1945 repatriiert und in der Rotunde berühmter Personen in Mexiko-Stadt beigesetzt.