En 1874, les ouvriers de la construction ont découvert les empreintes. Le médecin et collectionneur d’archéologie américain Earl Flint a porté les empreintes à l’attention de la communauté scientifique internationale et des médias en 1884.
La Carnegie Institution de Washington a commencé les premières analyses scientifiques et fouilles de la région en 1941 et 1942. Ils ont également construit un musée et un bâtiment pour protéger les empreintes.
Les travaux ont été poursuivis par Joaquín Matilló, Allan L. Bryan et Jorge Espinosa dans les années 1960 et 1970. Allan L. Bryan, de l’Université de l’Alberta, a utilisé la datation au radiocarbone pour déterminer l’âge des humates du sol, à partir d’un sol enterré directement sous les empreintes, à 5 945 ± 145 années au radiocarbone avant le présent. Sur la base de cette date, il a estimé que les empreintes dataient d’environ 5 000 Avant aujourd’hui. Mais, la datation ultérieure des dépôts volcaniques dans lesquels ils se trouvent, connue sous le nom de Triple couche de Masaya, a démontré que les traces fossiles n’ont qu’environ 2 120 ± 120 ans. En 1978, le chercheur nicaraguayen Jorge Espinosa a poursuivi les fouilles près de la fin des fouilles d’origine. Il a découvert plus d’empreintes à une profondeur de 4 mètres. La piste devrait continuer plus loin.
Des spécimens de ces empreintes peuvent être vus à la fois au Peabody Museum of Archaeology de l’Université Harvard et au Musée national des États-Unis.