Le 17 mars 1948, Chain est nommé fellow par la Royal Society.Le 8 juillet 1969, Chain est nommé Knight Bachelor.
Il fut un ami de longue date du professeur Albert Neuberger, qu’il rencontra à Berlin dans les années 1930.
En 1948, il épousa Anne Beloff-Chain, sœur de Renee Soskin, Max Beloff, John Beloff et Nora Beloff, et elle-même biochimiste de renom. Plus tard dans sa vie, son identité juive devint de plus en plus importante pour lui. Chain était un sioniste ardent et il devint membre du conseil des gouverneurs de l’Institut Weizmann des sciences de Rehovot en 1954, puis membre du conseil exécutif. Il a élevé ses enfants en toute sécurité dans la foi juive, organisant de nombreux cours parascolaires pour eux. Son point de vue a été exprimé le plus clairement dans son discours « Pourquoi je suis Juif » prononcé lors de la Conférence des Intellectuels du Congrès Juif Mondial en 1965.
Chain est décédé à l’hôpital général de Mayo en 1979. Le bâtiment de biochimie de l’Imperial College London porte son nom, tout comme une route à Castlebar.