AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

Contenido

• Características
• Licencia
• Tutorial
• Preguntas Frecuentes
• la Plataforma de Notas y de Instalación
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • Construcción de la Fuente
• Otro Software
• Uso
  • Resumen
  • Fichero de Configuración
  • Espacio de Búsqueda
  • Exhaustividad
  • Salida
  • Opciones Avanzadas
• Cribado Virtual
• la Historia
• Cita
• Obtener ayuda
• Informar de errores

Características

Precisión El bloqueo automático Vina mejora significativamente la precisión media de las predicciones del modo de enlace en comparación con AutoDock 4, a juzgar por nuestras pruebas en el conjunto de entrenamiento utilizado en el desarrollo de AutoDock 4. Adicionalmente e independientemente, AutoDock Vina ha sido probado contra un punto de referencia de cribado virtual llamado el Directorio de Señuelos Útiles por el grupo Watowich, y se encontró que era «un fuerte competidor contra los otros programas, y en la parte superior del paquete en muchos casos». Cabe señalar que los otros seis programas de almacenamiento, con los que se comparó, se distribuyen comercialmente. Compatibilidad de herramientas de AutoDock Para su entrada y salida, Vina utiliza el mismo formato de archivo de estructura molecular PDBQT utilizado por AutoDock. Los archivos PDBQT se pueden generar (de forma interactiva o en modo por lotes) y visualizarlos mediante MGLTools.No se necesitan otros archivos, como los archivos de parámetros de bloqueo automático y AutoGrid (GPF, DPF) y los archivos de mapa de cuadrícula.

Precisión de predicción del modo de enlace en el conjunto de pruebas. «AutoDock» se refiere a AutoDock 4, y «Viña» a AutoDock Viña 1.

Facilidad de uso

La filosofía de diseño de Vina no requiere que el usuario comprenda los detalles de su implementación, modifique los parámetros de búsqueda oscuros, los resultados del clúster o conozca álgebra avanzada (cuaterniones). Todo lo que se requiere son las estructuras de las moléculas que se acoplan y la especificación del espacio de búsqueda, incluido el sitio de enlace. No es necesario calcular mapas de cuadrícula y asignar cargas atómicas. El resumen de uso se puede imprimir con «vina --help«. El resumen permanece sincronizado automáticamente con los posibles escenarios de uso.

Calidad de implementación

• Por diseño, los resultados no deben tener un sesgo estadístico relacionado con la conformación de la estructura de entrada.
• Se presta atención a comprobar la corrección sintáctica de la entrada y a informar de los errores al usuario de una manera lúcida.
• La invariancia de las longitudes de enlace covalentes se verifica automáticamente en las estructuras de salida.
• Vina evita imponer restricciones artificiales, como el número de átomos en la entrada, el número de torsiones, el tamaño del espacio de búsqueda, la exhaustividad de la búsqueda, etc.

Cadenas laterales flexibles

Al igual que en AutoDock 4, algunas cadenas laterales de receptores se pueden elegir para ser tratadas como flexibles durante el acoplamiento.

Velocidad AutoDock Viña tiende a ser más rápido que AutoDock 4 órdenes de magnitud. Múltiples CPU/núcleos Además, Vina puede aprovechar múltiples CPU o núcleos de CPU en su sistema para acortar significativamente su tiempo de ejecución. Rejilla de la Comunidad Mundial Los proyectos calificados pueden ejecutar cálculos de Vina de bloqueo automático de forma gratuita en la Rejilla de la Comunidad Mundial paralela masiva.Los proyectos existentes que utilizan el método de bloqueo automático Vina incluyen los dirigidos al sida, la Malaria, la Leishmaniasis y la histosomiasis.Algunos de estos proyectos tienen un promedio de más de 50 años de cómputo por día.

tiempo Promedio por par ligando-receptor en el conjunto de prueba.»AutoDock» se refiere a AutoDock 4, y «Viña» a AutoDock Viña 1.

License

AutoDock Vina se publica bajo una licencia Apache muy permisiva, con pocas restricciones en el uso comercial o no comercial, o en los trabajos derivados.El texto de la licencia se puede encontrar aquí.

Tutorial

Si nunca antes ha utilizado el bloqueo automático de Vina, estudie el Tutorial en vídeo antes de intentar usarlo.

Este video tutorial muestra de acoplamiento molecular de imatinib uso de Viña con AutoDock Herramientas y PyMOL

Preguntas Frecuentes

Cómo empezar a aprender a utilizar Viña?

Ver el video tutorial puede ser la mejor manera de hacerlo.

¿Cuál es el significado o significado del nombre «Viña»? ¿Por qué se desarrolló?

Por favor, consulte esta publicación de la lista de correo.

¿Qué tan preciso es el bloqueo automático de Vina?

Características

cabe señalar que la precisión predictiva varía mucho dependiendo del lugar de destino, así que tiene sentido para evaluar AutoDock Viña en contra de su objetivo primero,si usted ha conocido activos, o un obligado nativo ligando estructura, antes de ordenar compuestos. Al evaluar cualquier motor de acoplamiento en una pantalla virtual retrospectiva, podría tener sentido seleccionar señuelos de tamaño similar, y tal vez otras características físicas,a sus activos conocidos.

¿Cuál es la diferencia entre AutoDock Vina y AutoDock 4?

AutoDock 4 (y versiones anteriores) y AutoDock Vina se desarrollaron en el Laboratorio de Gráficos Moleculares del Instituto de Investigación Scripps. AutoDock Vina hereda algunas de las ideas y enfoques de AutoDock 4, como tratar el acoplamiento como una opimización global estocástica de la función de puntuación, precalcular mapas de cuadrícula (Vina lo hace internamente) y algunos otros trucos de implementación, como calcular la interacción entre cada par de tipos de átomos a cada distancia. También utiliza el mismo tipo de formato de estructura (PDBQT) para una compatibilidad máxima con el software auxiliar.

Sin embargo, el código fuente,la función de puntuación y los algoritmos reales utilizados son completamente nuevos, por lo que es más correcto pensar en AutoDock Vina como una nueva «generación» en lugar de una «versión» de AutoDock. El rendimiento se comparó en la publicación original , y en promedio, el bloqueo automático de Vina fue considerablemente mejor, tanto en velocidad como en precisión. Sin embargo, para cualquier objetivo dado, cualquiera de los programas puede proporcionar un mejor resultado, a pesar de que es más probable que el bloqueo automático de Vina lo haga.Esto se debe al hecho de que las funciones de puntuación son diferentes y ambas son inexactas.

¿Cuál es la diferencia entre las herramientas de bloqueo automático Vina y AutoDock?

AutoDock Tools es un módulo dentro del paquete de software MGL Tools específicamente para generar entradas (archivos PDBQT) para AutoDock o Vina. También se puede utilizar para ver los resultados.

puedo acoplar dos proteínas con AutoDock Viña?

Es posible que pueda hacer eso, pero el Vina de bloqueo automático está diseñado solo para acoplamiento de receptor-ligando. Hay mejores programas para acoplar proteína-proteína.

¿Se ejecutará Vina en mi máquina de 64 bits?

Sí. Por diseño, las máquinas modernas de 64 bits pueden ejecutar binarios de 32 bits de forma nativa.

Por qué obtengo » no se puede abrir la configuración.txt » error? Existe el archivo!

A menudo, los navegadores de archivos ocultan la extensión de archivo, por lo que, si bien cree que tiene un archivo «conf.txt«, en realidad se llama «conf.txt.txt«.Esta configuración se puede cambiar en el panel de control o en las preferencias del sistema.

También debe asegurarse de que la ruta del archivo que está proporcionando es correcta con respecto al directorio (carpeta) en el que se encuentra, por ejemplo, si se refiere simplemente a conf.txt en la línea de comandos, asegúrese de que está en el mismo directorio (carpeta)que este archivo. Puede usar comandos ls o dir en Linux/macOS y Windows, respectivamente, para listar los contenidos de su directorio.

¿Por qué recibo «errores de uso» cuando intento seguir el tutorial en vídeo?

Las opciones de la línea de comandos cambiaron un poco desde que se grabó el tutorial. En particular, «--out» reemplaza «--all«.

Vina funciona bien en mi máquina, pero cuando lo corro en mi clúster de Linux exótico, obtengo un error de «boost thread resource». ¿Por qué?

Su clúster de Linux está configurado de tal manera que no permite los subprocesos de generación. Por lo tanto, Vina no puede correr. Póngase en contacto con el administrador del sistema.

¿Por qué mi conformación acoplada es diferente de lo que obtienes en el video tutorial?

El algoritmo de acoplamiento no es determinista. A pesar de que con este par receptor-ligando, el mínimo de la función de puntuación corresponde a la conformación correcta,el algoritmo de acoplamiento a veces falla en encontrarlo. Inténtalo varias veces y compruébalo por ti mismo. Tenga en cuenta que la probabilidad de no encontrar el mininum puede ser diferente con un sistema diferente.

Mi conformación acoplada es la misma, pero mis energías son diferentes de las que obtienes en el video tutorial. ¿Por qué?

La función de puntuación ha cambiado desde que se grabó el tutorial, pero solo en la parte que es independiente de la conformación:la penalización específica del ligando por flexibilidad ha cambiado.

¿Por qué mis resultados se ven extraños en PyMOL?

PDBQT no es un formato de estructura molecular estándar. La versión de PyMOL utilizada en el tutorial (0.99rc6) lo muestra bien (porque PDBQT es algo similar a PDB).Es posible que este no sea el caso de las versiones más recientes de PyMOL.

¿Alguna otra forma de ver los resultados?

También puede ver archivos PDBQT en PMV (parte de las Herramientas MGL), o convertirlos en un formato de archivo diferente (por ejemplo, utilizando herramientas de bloqueo automático, o con «guardar como» en PMV)

¿Qué tamaño debe tener el espacio de búsqueda?

Lo más pequeño posible, pero no más pequeño. Cuanto más pequeño sea el espacio de búsqueda, más fácil será para el algoritmo de acoplamiento explorarlo.Por otro lado, no explorará las posiciones de ligandos y átomos de cadenas laterales flexibles fuera del espacio de búsqueda. Probablemente debería evitar espacios de búsqueda mayores que 30 x 30 x 30 Angstrom, a menos que también aumente «--exhaustiveness«.

¿Por qué veo una advertencia de que el volumen del espacio de búsqueda es superior a 27000 Angstrom^3?

Esto se debe probablemente a la intención de especificar los tamaños de espacio de búsqueda en «puntos de cuadrícula» (0,375 Angstrom), como en AutoDock 4.Los tamaños de espacio de búsqueda de Vina de bloqueo automático se dan en Angstroms en su lugar. Si realmente pretendía utilizar un espacio de búsqueda inusualmente grande, puede ignorar esta advertencia, pero tenga en cuenta que el trabajo del algoritmo de búsqueda puede ser más difícil.Es posible que tenga que aumentar el valor de exhaustiveness para compensarlo. Esto llevará a un tiempo de ejecución más largo.

La conformación enlazada parece razonable, excepto por los hidrógenos. ¿Por qué?

AutoDock Vina en realidad utiliza una función de puntuación de átomos unidos, es decir, una que solo involucra a los átomos pesados.Por lo tanto, las posiciones de los hidrógenos en la salida son arbitrarias.Los hidrógenos en el archivo de entrada se utilizan para decidir qué átomos pueden ser donantes o aceptadores de enlaces de hidrógeno,por lo que la protonación correcta de las estructuras de entrada sigue siendo importante.

¿Qué controla realmente la «exhaustividad», bajo el capó?

En la implementación actual, el cálculo de acoplamiento consiste en un número de corridas independientes, a partir de conformaciones aleatorias.Cada una de estas ejecuciones consta de una serie de pasos secuenciales. Cada paso implica una perturbación aleatoria de la conformación seguida por una optimización local (utilizando el algoritmo Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno) y una selección en la que el paso es aceptado o no. Cada optimización local implica muchas evaluaciones de la función de puntuación, así como sus derivadas en las coordenadas posición-orientación-torsiones.El número de evaluaciones en una optimización local se guía por la convergencia y otros criterios.El número de pasos en una carrera se determina heurísticamente, dependiendo del tamaño y la flexibilidad del ligando y las cadenas laterales flexibles. Sin embargo, el número de ejecuciones se establece mediante el parámetro exhaustiveness. Dado que las ejecuciones individuales se ejecutan en paralelo, cuando corresponda, exhaustiveness también limita el paralelismo.A diferencia de AutoDock 4, en AutoDock Vina, cada tirada puede producir varios resultados: se recuerdan los resultados intermedios prometedores.Estos se fusionan, refinan, agrupan y ordenan automáticamente para producir el resultado final.

¿Por qué no obtengo la conformación encuadernada correcta?

Puede ser cualquiera de varias cosas:

• Si viene de AutoDock 4, un error muy común es especificar el espacio de búsqueda en «puntos» (0.375 Angstrom), en lugar de Angstroms.
• Es posible que su ligando o receptor no estén correctamente protonados.
• Mala suerte (el algoritmo de búsqueda podría haber encontrado la conformación correcta con buena probabilidad, pero simplemente tuvo mala suerte). Inténtalo de nuevo con una semilla diferente.
• El mínimo de la función de puntuación corresponde a la conformación correcta, pero el algoritmo de búsqueda tiene problemas para encontrarla. En este caso, una mayor exhaustividad o un espacio de búsqueda más pequeño deberían ayudar.
• El mínimo de la función de puntuación simplemente no es donde está la conformación correcta. Intentarlo una y otra vez no ayudará, pero en ocasiones puede dar la respuesta correcta si dos errores (búsqueda y puntuación inexactos) aciertan. El atraque es un acercamiento aproximado.
• Relacionado con lo anterior, el culpable también puede ser la calidad de la estructura del receptor de rayos X o RMN.
• Si no está haciendo redocking, es decir, utilizando la forma de ajuste inducida correcta del receptor, tal vez los efectos de ajuste inducidos sean lo suficientemente grandes como para afectar el resultado del experimento de acoplamiento.
• Los anillos solo pueden ser rígidos durante el acoplamiento. Tal vez tengan la conformación equivocada, afectando el resultado.
• Está utilizando un ligando 2D (plano) como entrada.
• La conformación real del ligando puede ser ocasionalmente diferente de lo que muestra la estructura de rayos X o RMN.
• Otros problemas

¿Cómo puedo ajustar la función de puntuación?

Puede cambiar los pesos fácilmente, especificándolos en el archivo de configuración o en la línea de comandos. Por ejemplo,

vina --weight_hydrogen -1.2 ...

duplica el strenth de todos los enlaces de hidrógeno.La funcionalidad

que permitiría a los usuarios crear nuevos tipos de átomos y pseudo-átomos, y especificar sus propias funciones de interacción está planeada para el futuro.

Esto debería facilitar la adaptación de la función de puntuación a objetivos específicos,modelar el acoplamiento covalente y la flexibilidad de macrociclos,experimentar con nuevas funciones de puntuación y,utilizando pseudo átomos, crear modelos de interacción direccional.

Manténgase atento a la lista de correo de AutoDock, si desea ser notificado de cualquier lanzamiento de prueba beta.

¿Por qué no obtengo tantos modos de enlace como especifique con «--num_modes«?

Esta opción especifica el número máximo de modos de enlace a la salida. El algoritmo de acoplamiento puede encontrar menos modos de enlace «interesantes» internamente.El número de modos de enlace en la salida también está limitado por el «energy_range«, que puede que desee aumentar.

¿Por qué no cambian los resultados cuando cambio los cargos parciales?

El bloqueo automático de Vina ignora los cargos parciales suministrados por el usuario. Tiene su propia manera de lidiar con las interacciones electrostáticas a través de los términos hidrofóbicos y de enlace de hidrógeno. Consulte la publicación original para obtener detalles de la función de puntuación.

Cambié algo, y ahora los resultados de acoplamiento son diferentes. ¿Por qué?

En primer lugar, si no hubiera cambiado nada, algunos resultados podrían haber sido diferentes de todos modos, debido a la naturaleza no determinista del algoritmo de búsqueda.La reproducibilidad exacta se puede asegurar suministrando el mismo valor aleatorio seed a ambos cálculos, pero solo si todas las demás entradas y parámetros también son los mismos. Incluso los cambios menores en la entrada pueden tener un efecto similar a una nueva semilla aleatoria.Lo que tiene sentido discutir son las propiedades estadísticas de los cálculos:por ejemplo, «con el nuevo estado de protonación, es mucho menos probable que Vina encuentre la conformación acoplada correcta».

¿Cómo uso cadenas laterales flexibles?

Se divide el receptor en dos partes: rígida y flexible, con esta última representada de manera similar a como se representa el ligando. Consulte la sección «Archivos PDBQT de receptores flexibles» de la Guía del usuario AutoDock4.2 (página 14) para saber cómo hacerlo en las herramientas de AutoDock.A continuación, puede emitir este comando: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Véase también este artículo sobre este tema.

¿Cómo hago la proyección virtual?

Consulte la sección correspondiente del manual.

Tenga en cuenta que existe una variedad de aplicaciones de administración de puertos para ayudarlo en esta tarea.

No tengo suficientes recursos informáticos para ejecutar una pantalla virtual. ¿Cuáles son mis opciones?

Puede ejecutar su proyecto en la Red de la Comunidad Mundial, o usar DrugDiscovery @ TACC. Ver Otro Software.

Tengo ideas para nuevas funciones y otras sugerencias.

Para las nuevas características propuestas, nos gusta que haya un amplio consenso, resultante de una discusión pública,sobre su necesidad.Considere comenzar o unirse a una discusión en la lista de correo AutoDock.

¿Responderás a mis preguntas sobre Vina si te envío un correo electrónico o te llamo?

No. Vina cuenta con el apoyo de la comunidad. Los autores no tienen la obligación de ayudar a otros con sus proyectos.Consulte esta página para obtener ayuda.

Notas de la plataforma e instalación

Compatibilidad de Windows

Se espera que Vina funcione en Windows XP y sistemas más nuevos.

Instalación

Haga doble clic en el archivo MSI descargado y siga las instrucciones

Ejecución

Abra el símbolo del sistema y, si instaló Vina en la ubicación predeterminada, escriba

 " \Archivos de programa\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" help help

Si está utilizando Cygwin, el comando anterior sería

/cygdrive/c/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina help help

Consulte el Tutorial en vídeo para obtener más detalles.No olvide consultar otro Software para GUI, etc.

Linux

Compatibilidad

Se espera que Vina funcione en sistemas Linux x86 y compatibles de 64 bits.

Instalación

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

Opcionalmente, puede copiar los archivos binarios donde quieras.

Ejecutar

./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/viña --help

Si el ejecutable es en el PATH, sólo se puede escribir «vina --help» en su lugar.Consulte el Tutorial en vídeo para obtener más detalles.No olvide consultar otro Software para GUI, etc.

Mac

Compatibilidad

Se espera que la versión de 64 bits funcione en Mac OS X 10.15 (Catalina) y versiones posteriores.Se espera que la versión de 32 bits de Vina funcione en Mac OS X desde 10.4 (Tiger) hasta 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in your PATH, you can just type «vina --help» instead.Consulte el Tutorial en vídeo para obtener más detalles.No olvide consultar otro Software para GUI, etc.

Construir desde la fuente

Atención: Construir Vina desde la fuente NO está destinado a ser hecho por usuarios regulares!(estas instrucciones pueden estar desactualizadas)

Paso 1: Instale un conjunto de compiladores de C++

En Windows, es posible que desee instalar Visual Studio; en OS X, Xcode; y en Linux, el conjunto de compiladores de GCC.

Paso 2: Instalar Boost

Instalar Boost.(La versión 1.41.0 se utilizó para compilar los binarios oficiales. Con otras versiones, su suerte puede variar) Luego, compile y ejecute uno de los programas de ejemplo, como el ejemplo de expresiones regulares, para confirmar que ha completado este paso. Si no puedes hacer esto, busca ayuda en la comunidad de Boost.

Paso 3: Construir Vina

Si está utilizando Visual Studio, puede crear tres proyectos: libmain y split, con el código fuente de los subdirectorios apropiados. lib debe ser una biblioteca de la que dependan los demás proyectos, y main y split deben ser aplicaciones de consola. Para un rendimiento óptimo, recuerde compilar usando el modo Release.

En OS X y Linux, es posible que desee navegar al subdirectorio build, personalizar el Makefileconfigurando las rutas y la versión de Boost, y luego escriba

make dependmake

Otro software

Descargo de responsabilidad: Esta lista es solo para fines informativos y no constituye un respaldo.

• Herramientas diseñadas específicamente para su uso con Vina de bloqueo automático (sin ningún orden en particular):
  • MGLTools, que incluye herramientas de AutoDock (ADT) y Visor Molecular de Python (PMV). Se requiere ADT para generar archivos de entrada para AutoDock Vina, y PMV se puede usar para ver los resultados
  • PyRx se puede usar para configurar el acoplamiento y la detección virtual con AutoDock Vina y para ver los resultados
  • El nuevo complemento Autodock/Vina para PyMOL se puede usar para configurar el acoplamiento y la detección virtual con AutoDock Vina y para ver los resultados
  • Reducir y DESLIZAR.
  • AutoGrow utiliza AutoDock Vina en su procedimiento de diseño racional de fármacos
  • NNScore volverá a puntuar los resultados de Vina utilizando una red neuronal artificial entrenada en Encuadernación MOAD y PDBBind
  • Se puede utilizar una capa de interfaz gráfica de usuario de Vina para Windows de Biochem Lab Para facilitar el cribado virtual con AutoDock Vina
  • VSDK se puede utilizar para facilitar el cribado virtual con AutoDock Vina
  • Se puede utilizar PaDEL-ADV para facilitar el cribado virtual con AutoDock Vina
  • DrugDiscovery@TACC le permite hacer cribado virtual con AutoDock Vina a través de su sitio web
  • NBCR CADD Pipeline proporciona acceso al cribado virtual con AutoDock Vina en ordenadores NBCR
  • MOLA es un sistema de arranque y configuración automática para cribado virtual mediante AutoDock4/Vina en clústeres de ordenadores
  • SMINA es una modificación de Vina que enlaza con OpenBabel para E/S y admite ajustes adicionales de la función de puntuación
  • Off-Target Pipeline es una plataforma destinada a llevar a cabo la identificación y acoplamiento de proyección virtual con AutoDock Vina
  • La red de comunidad Mundial puede ser utilizada por personas cualificadas proyectos para ejecutar cálculos de Vina de bloqueo automático de forma gratuita en la red paralela masiva de computadoras, donde los voluntarios donan su tiempo de CPU inactivo.
  • DockoMatic es una interfaz gráfica de usuario destinada a facilitar la proyección virtual con AutoDock y AutoDock Vina.
  • VinaLC es una modificación de Vina por el Laboratorio Nacional Lawrence Livermore que aprovecha MPI en clústeres de computadoras
• Otras herramientas que es probable que encuentre útiles al acoplar o realizar una proyección virtual con AutoDock Vina:
  • PyMOL es uno de los programas más populares para la visualización molecular y se puede usar para ver los resultados de acoplamiento
  • OpenBabel se puede usar para convertir entre varios formatos de archivos de estructura, asignar los estados de protonación, etc.
  • ChemAxon Marvin se puede utilizar para visualizar estructuras, convertir entre varios formatos de archivos de estructura, asignar los estados de protonación, etc.

Uso

Resumen

El resumen de uso puede ser obtenido con «vina --help

Entrada: --receptor de arg parte rígida del receptor (PDBQT) --arg flex flexible cadenas laterales, si las hubiere (PDBQT) --ligando arg ligando (PDBQT)espacio de Búsqueda (requerido): --center_x arg coordenada X del centro --center_y arg coordenada Y del centro --center_z arg de la coordenada Z del centro --size_x arg tamaño en la dimensión X (Angstroms) --size_y arg tamaño en la dimensión Y (Angstroms) --size_z arg tamaño en la dimensión Z (Angstroms)Salida (opcional): --fuera de arg modelos de salida (PDBQT), el valor predeterminado es elegido sobre la base de ligando nombre de archivo --registro arg opcionalmente, escribir el registro fileMisc (opcional): -- cpu arg el número de CPU a usar (el valor predeterminado es intentar detectar el número de CPU o, en su defecto, usar 1) seed semilla arg semilla aleatoria explícita exhaus exhaustividad arg (=8) exhaustividad de la búsqueda global (aproximadamente proporcional al tiempo): 1+ num num_modes arg (=9) número máximo de modos de enlace para generar ar rango de energía arg (=3) diferencia de energía máxima entre el mejor modo de enlace y el peor mostrado (kcal/mol)Archivo de configuración (opcional): conf config arg las opciones anteriores se puede poner aquí Información (opcional): -- resumen de uso de la pantalla de ayuda summary resumen de uso de la pantalla avanzada con opciones avanzadas version versión del programa de visualización versión

Archivo de configuración

Para mayor comodidad, algunas opciones de línea de comandos se pueden colocar en un archivo de configuración.

Por ejemplo:

receptor = hsg1/rígido.pdbqtligand = ligando.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y = 25size_z = 25energy_range=4

En caso de conflicto, la opción de línea de comandos tiene prioridad sobre el archivo de configuración.

Espacio de búsqueda

El espacio de búsqueda restringe efectivamente el lugar donde deben estar los átomos móviles, incluidos los de las cadenas laterales flexibles.

Exhaustividad

Con la configuración predeterminada (o cualquiera) deexhaustiveness, el tiempo dedicado a la búsqueda ya varía heurísticamente dependiendo del número de átomos, la flexibilidad, etc. Normalmente, no tiene sentido dedicar más tiempo a la búsqueda para reducir la probabilidad de no encontrar el mínimo global de la función de puntuación más allá de lo que es significativamente menor que la probabilidad de que el mínimo esté lejos de la conformación nativa.Sin embargo, si considera que la compensación automática entre exhaustividad y tiempo es inadecuada, puede aumentar el nivel

exhaustiveness. Esto debería aumentar el tiempo linealmente y disminuir la probabilidad de no encontrar el mínimo exponencialmente.

Salida

Energía

La afinidad de unión prevista está enkcal/mol.

RMSD

Los valores RMSD se calculan en relación con el mejor modo y utilizan solo átomos pesados móviles. Se proporcionan dos variantes de métricas RMSD,rmsd/lb(límite inferior RMSD) yrmsd/ub(límite superior RMSD), que difieren en la forma en que los átomos se corresponden en el cálculo de la distancia:

• rmsd/ub partidos de cada átomo en una conformación con sí mismo en el otro conformación, haciendo caso omiso de cualquier simetría
• rmsd' partidos de cada átomo en una conformación con el más cercano átomo del mismo tipo de elemento en el otro conformación (rmsd' no puede ser utilizado directamente, porque no es simétrica)
• rmsd/lb se define de la siguiente manera:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

Hidrógeno posiciones

Vina utiliza un united-átomo función de puntuación. Al igual que en AutoDock, se necesitan hidrógenos polares en las estructuras de entrada para escribir correctamente átomos pesados como donantes de enlaces de hidrógeno. Sin embargo, en Vina, los grados de libertad que solo mueven los hidrógenos, como las torsiones del grupo hidroxilo, son degenerados. Por lo tanto, en la salida, se puede esperar que algunos átomos de hidrógeno se coloquen aleatoriamente (pero consistentes con la estructura covalente). Para un tratamiento de átomos unidos, esto es esencialmente un problema cosmético.

Modelos separados

Todos los modos de enlace previstos, incluidas las posiciones de las cadenas laterales flexibles, se colocan en un archivo PDBQT multimodelo especificado por el parámetro «out» o elegido de forma predeterminada, según el nombre del archivo ligando. Si es necesario, este archivo se puede dividir en modelos individuales utilizando un programa separado llamado «vina_split», incluido en la distribución.

Opciones avanzadas

AutoDock Las «opciones avanzadas» de Vina están destinadas a ser utilizadas principalmente por personas interesadas en el desarrollo de métodos en lugar de por los usuarios finales. El resumen de uso que incluye las opciones avanzadas se puede mostrar con

vina help help_advanced

Las opciones avanzadas permiten

• puntuación sin minimización
• realizar solo optimización local
• aleatorizar la entrada sin buscar (esto es útil para probar el software de acoplamiento)
• cambiar los pesos de sus valores predeterminados (consulte el documento para conocer el significado de los pesos)
• mostrar las contribuciones individuales a la puntuación intermolecular, antes de la ponderación (se muestran con «--score_only«; consulte el documento para conocer cuáles son los términos)

Detección virtual

Es posible que desee elegir algunas de las herramientas enumeradas en Otro Software para realizar la detección virtual. Alternativamente, si está familiarizado con los scripts de shell, puede hacer una proyección virtual sin ellos.

Los ejemplos a continuación asumen que Bash es tu shell. Tendrán que adaptarse a sus necesidades específicas.

Windows

Para realizar la proyección virtual en Windows, puede usar Cygwin y los scripts Bash a continuación o, alternativamente, adaptarlos al lenguaje de scripting de Windows.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.El script asume quevinaestá en suPATH.De lo contrario, modifíquelo en consecuencia.

Clúster de PBS

Si tiene un clúster de Beowulf de Linux, puede realizar los acoplamientos individuales en paralelo.

Continuando con nuestro ejemplo,en lugar de ejecutar todos los acoplamientos en un bucle localmente,escribiremos un script *.job por ligando, y usaremos qsub (un comando PBS)para programar que estos scripts sean ejecutados por el clúster.

Ejecute este script de shell para hacerlo.El script asume que vina y qsubestán en su PATH.De lo contrario, modifíquelo en consecuencia.

Una vez programados los trabajos, puede supervisar su estado con

qstat-u `whoami`

Seleccionando Los mejores resultados

Si está en Unix y en un directorio que contiene directorios con archivos PDBQT, todos los cuales son resultados Vina de bloqueo automático,puede encontrar este script Python útil para seleccionar los mejores resultados. Ejecutarlo como:

vina_screen_get_top.py 10

para obtener los nombres de archivo de los top 10 hits, que luego pueden ser fácilmente copiados.

Historial

Se pueden encontrar resúmenes breves de los cambios entre versiones aquí.

Cita

Si usted utiliza AutoDock Viña en su trabajo, por favor, cite:

O. Trott, A. J. Olson,AutoDock Viña: mejora de la velocidad y precisión del acoplamiento con una nueva función de puntuación, optimización eficiente y multiproceso,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Obtener ayuda

Consulte esta página si tiene preguntas sobre el bloqueo automático de Vina.

Informes de errores

Los informes de errores potenciales son muy apreciados, incluso si no está exactamente seguro de que sean errores.Sin embargo, no incluya solicitudes de asistencia junto con su informe de error.Mira esta página.

Errores probables:

• Terminación temprana
• Fallo en la terminación
• Cambios de las longitudes covalentes o de los ángulos invariantes en la salida
• Choques»obviamente incorrectos» (sin embargo, verifique su «espacio de búsqueda»)
• Desacuerdo con la documentación

Probablemente no errores:

• Cualquier cosa que suceda antes de ejecutar Vina o después de que termine
• Desacuerdo ocasional con el experimento
• La negativa de Vina a abrir un archivo que no existe (p.ej. pruebe ls conf.txt para ver si el archivo está realmente allí)

Reporting

Puede enviar sus informes a la lista de correo AutoDock. Recuerde proporcionar una línea descriptiva de «Asunto» y toda la información necesaria para reproducir el problema que está viendo.