En el 343 a. C., Artajerjes, además de sus 330.000 persas, tenía ahora una fuerza de 14.000 griegos proporcionados por las ciudades griegas de Asia Menor: 4.000 bajo Mentor, que consistía en las tropas que había traído para ayudar a los Tennes desde Egipto; 3.000 enviados por Argos; y 1.000 de Tebas. Dividió estas tropas en tres cuerpos, y puso a la cabeza de cada uno un persa y un griego. Los comandantes griegos eran Lacrates de Tebas, Mentor de Rodas, y Nicostrato de Argos, mientras que los persas estaban dirigidos por Rosaces, Aristazanes y Bagoas, el jefe de los eunucos. Nectanebo II resistió con un ejército de 100.000, de los cuales 20.000 eran mercenarios griegos. Nectanebo II ocupó el Nilo y sus diversas ramas con su gran armada. El carácter del país, atravesado por numerosos canales, y lleno de ciudades fuertemente fortificadas, estaba a su favor y se esperaba que Nectanebo II ofreciera una resistencia prolongada, si no incluso exitosa. Pero carecía de buenos generales, y confiaba demasiado en sus propios poderes de mando, fue capaz de ser superado por los generales mercenarios griegos y sus fuerzas finalmente fueron derrotadas por los ejércitos persas combinados.
Después de su derrota, Nectanebo II huyó apresuradamente a Menfis, dejando las ciudades fortificadas para ser defendidas por sus guarniciones. Estas guarniciones consistían en parte de tropas griegas y en parte egipcias; entre las cuales los celos y las sospechas eran fácilmente sembrados por los líderes persas. Como resultado, los persas fueron capaces de reducir rápidamente numerosas ciudades en el Bajo Egipto y avanzaron sobre Menfis cuando Nectanebo II decidió abandonar el país y huir hacia el sur a Etiopía. El ejército persa derrotó completamente a los egipcios y ocupó el Delta Inferior del Nilo. Tras la huida de Nectanebo II a Etiopía, todo Egipto se sometió a Artajerjes. Los judíos en Egipto fueron enviados a Babilonia o a la costa sur del Mar Caspio, el mismo lugar que los judíos de Fenicia habían sido enviados anteriormente.
Después de esta victoria sobre los egipcios, Artajerjes destruyó las murallas de la ciudad, comenzó un reinado de terror y se dedicó a saquear todos los templos. Persia obtuvo una cantidad significativa de riqueza de este saqueo. Artajerjes también recaudó altos impuestos e intentó debilitar a Egipto lo suficiente como para que nunca más pudiera rebelarse contra Persia. Durante los 10 años que Persia controló Egipto, los creyentes de la religión nativa fueron perseguidos y los libros sagrados fueron robados. Antes de regresar a Persia, designó a Ferendares como sátrapa de Egipto. Con la riqueza obtenida de la reconquista de Egipto, Artajerjes fue capaz de recompensar ampliamente a sus mercenarios. Luego regresó a su capital después de haber completado con éxito su invasión de Egipto.