En 2001, Flowers regresó a Alabama, donde se concentró en el desarrollo económico como parte de la Comisión del Condado de Lowndes. La población del condado de Lowndes es de tres cuartas partes de raza negra. En 2002, la Relatora Especial había detectado varias deficiencias en el saneamiento local, incluidas las personas detenidas por no pagar los sistemas sépticos en el lugar y las personas que pagaban por el saneamiento en el lugar no recibían las provisiones adecuadas. Flowers se sorprendió de que el gobierno estuviera apuntando a los miembros más pobres de la sociedad en lugar de a los contaminadores corporativos mucho más ricos. Esta experiencia la motivó a centrarse en la justicia ambiental y el clima. Recibió la aprobación federal de la Agencia de Protección Ambiental de los Estados Unidos (EPA, por sus siglas en inglés) para producir un plan para tratar las aguas residuales sin tratar en el condado de Lowndes.
En 2011, Flowers trabajó con un Relator Especial de la ONU para comprender mejor la pobreza y sus impactos en la infraestructura en el condado de Lowndes, Alabama. Desde 2015, Flowers ha ocupado un puesto como Senior Fellow en el Centro para la Ética de la Tierra. Pasó el 2017 como practicante del Franklin Humanities Institute en Residencia en la Universidad de Duke. Fundó el Centro para la Empresa Rural y la Justicia Ambiental en 2019.
Flowers y el Instituto de Derechos Humanos de la Facultad de Derecho de Columbia investigaron cómo las desigualdades estructurales afectan el acceso al saneamiento y al agua potable. Identificó que las comunidades rurales marginadas y asoladas por la pobreza tenían más probabilidades de sufrir agua contaminada y saneamiento deficiente. Juntos, estos permiten la propagación de infecciones parasitarias intestinales, incluyendo la anquilostomiasis. En 2019, JoAnn Kamuf Ward y Flowers publicaron, Sonrojaron y olvidaron: Saneamiento y aguas residuales en Comunidades Rurales en los Estados Unidos, en el que Flowers escribió: «En el condado de Lowndes, Alabama, y en muchas de las áreas circundantes, la falta de servicios básicos que muchos estadounidenses dan por sentado es una forma de vida». En el informe se formulaban una serie de recomendaciones, entre ellas la adopción de medidas para mejorar la rendición de cuentas, asegurar la participación de las comunidades afectadas en la adopción de decisiones y garantizar el acceso a servicios de saneamiento adecuados sobre la base de la igualdad.
En 2019, dio testimonio de expertos ante el Congreso de los Estados Unidos en el que instó al gobierno a abordar las enfermedades asociadas con la pobreza en los Estados Unidos. Fue nombrada miembro del Grupo de Trabajo Joe Biden sobre el Cambio Climático, copresidido por Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers es el único miembro negro del grupo de trabajo.