El endodermis evita que el agua, y cualquier soluto disuelto en el agua, pase a través de esta capa a través de la vía de apoplasto. El agua solo puede pasar a través de la endodermis cruzando la membrana de las células endodérmicas dos veces (una para entrar y una segunda para salir). El agua que entra o sale del xilema, que forma parte del apoplasto, puede regularse de este modo, ya que debe entrar en el simplasto en el endodermis. Esto permite a la planta controlar hasta cierto punto el movimiento del agua y absorber selectivamente o evitar el paso de iones u otras moléculas.
El endodermis no permite que las burbujas de gas entren en el xilema y ayuda a evitar que se produzcan embolias en la columna de agua.
Las células de paso son células endodérmicas de raíces más antiguas que han conservado paredes delgadas y tiras casparias en lugar de convertirse en suberizadas e impermeables como las otras células a su alrededor, para continuar permitiendo un flujo simplástico hacia el interior. La evidencia experimental sugiere que las células de paso funcionan para permitir la transferencia de solutos como el calcio y el magnesio a la estela, con el fin de llegar finalmente al sistema de transpiración. En su mayor parte, sin embargo, las raíces viejas se sellan a sí mismas en el endodermis, y solo sirven como pasadizo para el agua y los minerales absorbidos por las raíces más jóvenes «aguas abajo».
Las células endodérmicas pueden contener gránulos de almidón en forma de amiloplastos. Estos pueden servir como almacenamiento de alimentos, y se ha demostrado que están involucrados en el gravitropismo en algunas plantas.