Daniel Jefferson Harris (alias Dirty Dan) llegó al área de la Bahía de Bellingham en 1853 o 1854, y se hizo amigo de John Thomas, quien había presentado una reclamación de tierras a lo largo de Padden Creek. Ayudó a Thomas a abrir una cabaña allí, pero Thomas murió antes de que la cabaña estuviera terminada. Dan terminó la reclamación de la tierra y la patente se emitió en 1871. También adquirió varias propiedades circundantes y nombró a esta área Fairhaven, del nombre nativo see-see-lich-em, que significa puerto seguro o refugio justo (posiblemente también de una ciudad en Maine que puede o no haber sido su lugar de nacimiento). Plateó la ciudad en 1883, y comenzó a vender lotes. A medida que su fortuna mejoraba también su apariencia y reputación, lo que le permitió casarse en 1885. En 1888, vendió la mayor parte de su propiedad en Fairhaven a Nelson Bennett y se fue a California. Nelson Bennett, junto con Charles Larrabee, que llegó en 1890, formaron la Fairhaven Land Company, financiada en su mayoría por Larrabee, decidida a convertir Fairhaven en una ciudad importante. Promovieron la tierra rica en recursos naturales, buen clima e infinitas posibilidades, haciendo que la población creciera de alrededor de 150 en 1889 a 8000 a finales de 1890. Parte de ese aumento se debió a la compra por la Fairhaven Land Company de un pequeño asentamiento llamado Bellingham, escondido entre Sehome y Fairhaven, que tenía una oficina de correos a partir de 1883.
Fairhaven, al igual que muchas otras ciudades costeras de Washington, compitió con otras ciudades de Washington por la posición de ciudad terminal del Great Northern Railroad, pero ese título finalmente recayó en Seattle. Durante este período de competitividad, que duró desde finales de la década de 1870 hasta mediados de la década de 1880, Fairhaven adoptó su icónico estilo del siglo XIX y adquirió un atractivo estético para la arquitectura y el diseño. Incluso después de que se decidiera que Seattle albergaría la Gran terminal del Ferrocarril del Norte, la población y la construcción con mentalidad estética continuaron en auge hasta finales de la década de 1890. Fairhaven fue incorporada oficialmente el 13 de mayo de 1890.
Durante el frenesí especulativo de la década de 1890, el grand Fairhaven Hotel fue construido para atraer a magnates del ferrocarril a elegir Fairhaven como la terminal de la costa oeste de los ferrocarriles transcontinentales. Los ferrocarriles nunca llegaron, pero el imponente remanente del antiguo hotel se mantuvo hasta un incendio y demolición en 1953.
El 27 de octubre de 1903, los ciudadanos de Fairhaven y los ciudadanos de una ciudad vecina en la bahía de Bellingham, Whatcom City, votaron para consolidarse en una ciudad llamada Bellingham. El 28 de diciembre de 1903, se estableció oficialmente la nueva ciudad de Bellingham.
En 1903, Fairhaven recibió una subvención para construir la primera biblioteca financiada por Carnegie en la calle 12. La biblioteca continúa funcionando como una rama del sistema de Bibliotecas Públicas de Bellingham.
Fairhaven también es conocida por sus vínculos históricos con el enlatado de salmón, y desde finales de 1800 hasta la década de 1940 fue el hogar de numerosas operaciones de enlatado de salmón, empleando hasta 4.500 trabajadores en el área. En la década de 1940, Pacific American Fisheries tenía su sede en Fairhaven, y era conocida como la operación de enlatado de salmón más grande del mundo.