Fujiwara fue la primera capital de Japón construida en un patrón de cuadrícula sobre el modelo chino (条坊制 jōbō-sei); investigaciones recientes han revelado que la ciudad cubría un área de aproximadamente 5 km, mucho más grande de lo que se pensaba. El palacio ocupaba una parcela de aproximadamente 1 km2, y estaba rodeado por muros de aproximadamente 5 m de altura. Cada una de las cuatro paredes tenía tres puertas; Suzakumon, la puerta principal, estaba en el centro de la pared sur. El Daigokuden (大.) y otros edificios palaciegos fueron las primeras estructuras palaciegas en Japón en tener un techo de tejas al estilo chino.
El área había sido anteriormente dominio del clan Nakatomi, que supervisaba la observación de rituales y ceremonias sintoístas en nombre de la corte imperial. La ciudad se incendió en 711, un año después del traslado a Nara, y no fue reconstruida. Las excavaciones arqueológicas comenzaron en 1934, y algunas partes del palacio fueron reconstruidas. Se han encontrado cerca de 10.000 tablillas de madera, conocidas como mokkan, con inscripciones en caracteres chinos.
Este waka, escrito por la emperatriz Jitō, y que describe a Fujiwara en el verano, es parte de la famosa antología de poemas, el Hyakunin Isshu:
春すぎて夏来にけらし白妙の衣ほすてふ天の香具山haru sugite natsu ki ni kerashi shirotae no koromo hosu chō ama no kaguyama
Que se traduce como la Primavera ha pasado, parece, y ahora ha llegado el verano; Para esto, dicen, es cuando túnicas de color blanco puro se emiten en celestial Monte Kagu.
La capital fue trasladada de Fujiwara-kyo debido al hedor extremo causado por un sistema de alcantarillado abierto. La alcantarilla estaba obstruida con excrementos y otros desechos humanos, lo que hacía que se acumulara y no se arrastrara al río. El hedor se hizo tan fuerte que la gente comenzó a quejarse del hedor del palacio. Finalmente, la capital se trasladó a Nara debido al olor horrible.