With one click, MAXIMIZE the chance to obtain functional proteins
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Patent Number: WO2020024917A1
Como proveedor líder de ADN sintético, GenScript se dedica a utilizar los últimos avances para actualizar los algoritmos existentes para mejorar la expresión génica. Nuestro desarrollo más reciente es la optimización de codones GenSmart™, una herramienta en línea gratuita y fácil de usar que le permite optimizar el diseño de secuencias de genes recombinantes o de tipo salvaje hacia una mayor expresión en sistemas de expresión procariótica y de mamíferos.
La optimización de Codones GenSmart™ utiliza un algoritmo de nuevo diseño basado en el» Algoritmo Inmune de Población», que aprovecha las teorías de genética de poblaciones e inmunología. En este enfoque, se examinan y validan más de 200 factores involucrados en la expresión génica, incluido el contenido de CG, el uso de codones y el índice de contenido, los sitios de empalme de RNasas y los motivos desestabilizadores del ARNm de acción cis. En lugar de aplicar una simulación de un solo factor a la computación, se emplea un enfoque multifactor para garantizar que todos los factores clave en una determinada secuencia de genes diana tengan peso. Como resultado, la optimización de cada gen se personaliza completamente para maximizar la posibilidad de obtener una proteína funcional y activa.
En comparación con herramientas similares, la optimización de codones GenSmart™ es más accesible y fácil de usar. Todos los parámetros están integrados en el algoritmo y no requieren ninguna entrada de usted. Todo lo que se requiere es su secuencia y el organismo huésped deseado; el resto se encarga de la herramienta de optimización. Además, sus secuencias optimizadas se pueden pedir fácilmente a través del Sistema de cotización Instantánea GenSmart™ o archivarse para su uso futuro.
Actualizado! La optimización de codones GenSmart™ se ha aplicado ahora a 50 organismos huéspedes, incluidos CHO, Humanos, E. coli, células T, Levadura, Insectos, Arabidopsis, Maíz, Arroz, Soja, Mosca de la fruta, etc.!
Por qué Optimización de codones GenSmart™
- Accesibilidad: Herramienta gratuita en línea; a solo un clic de su secuencia óptima
- Análisis factorial completo: Más de 200 factores examinados y validados
- Computación avanzada: Algoritmo inmune de población patentado para garantizar la mejor salida
- Basado en secuencias individuales: Cálculo altamente personalizado para evitar el sesgo de asignación de peso en factores clave
- Fácil pedido: Integración perfecta con el Sistema de Cotización instantánea GenSmart™
Qué dicen los datos
Datos GenScript
Objetivo: Evaluar el rendimiento de la herramienta de Optimización de Codones GenSmart™ para aumentar la expresión de proteínas JNK3 y GFP.
Enfoque: Clonó el tipo salvaje y las secuencias optimizadas de cada gen en un vector de expresión y evaluó la expresión de proteínas de tres clones diferentes en células CHO 3E7 a través de Western blotting.
Resultados: Los tres clones GFP y JNK3 de secuencias optimizadas por GenSmart™ mostraron un aumento significativo en la expresión de proteínas de 18 y ~8 veces, respectivamente, en comparación con las secuencias de genes nativos no optimizadas.
Datos independientes
Objetivo: Evaluar la eficiencia de edición de las variantes del editor base BE4 optimizado por diferentes herramientas de optimización de codones como parte del objetivo general de investigar el efecto de la expresión génica en el enfoque de edición de genes
: Se optimizó el codón de localización nuclear de BE4 con herramientas de IDT, Coller, GeneArt y GenScript, y luego se evaluó la expresión génica y la eficiencia de edición en células HEK293
Resultados: Mientras que los codones optimizados por herramientas de GenScript (GS), GeneArt (GA) y Coller (JC) mejoraron la eficiencia de edición en relación con los IDT, las variantes quiméricas optimizadas por la optimización de codones de GenScript superaron a los demás al inducir una eficiencia de edición 1,8 veces mayor