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Hipogeo, hipogeo, hipogeico e hipogeo (que significa «subterráneo», del griego hypó «bajo» + gaîa «tierra») son términos biológicos que describen la actividad de un organismo debajo de la superficie del suelo.
En botánica, una semilla se describe como que muestra germinación hipógea cuando los cotiledones de la semilla germinante permanecen no fotosintéticos, dentro de la cáscara de la semilla y debajo del suelo. La inversa, donde los cotiledones se expanden, desprenden la cáscara de la semilla y se convierten en fotosintéticos sobre el suelo, es la germinación epígea.
En las obras de purificación de agua, la capa hipogea (o Schmutzdecke) es una película biológica justo debajo de la superficie de los filtros de arena lenta. Contiene microorganismos que eliminan bacterias y atrapan partículas contaminantes.
Los términos hipogeo e hipogeico se utilizan para los organismos fosioriales (madrigueras) y troglobíticos (o estigobíticos) que viven en cuevas. Los términos opuestos son epígeo y epígeo.
El término hipogeo se utiliza para los hongos con cuerpos fructíferos subterráneos, por ejemplo, las trufas. El término opuesto es epigeo.