En 1874, los trabajadores de la construcción descubrieron las huellas. El médico y coleccionista arqueológico de los Estados Unidos, Earl Flint, llamó la atención de la comunidad científica internacional y de los medios de comunicación en 1884.
La Institución Carnegie de Washington comenzó el primer análisis científico y excavaciones de la zona en 1941 y 1942. También construyeron un museo y un edificio para proteger las huellas.
El trabajo fue continuado por Joaquín Matilló, Allan L. Bryan y Jorge Espinosa en las décadas de 1960 y 1970. Allan L. Bryan, de la Universidad de Alberta, utilizó la datación por radiocarbono para determinar la edad de los humatos del suelo, de un suelo enterrado directamente debajo de las huellas, a 5,945±145 años de radiocarbono Antes del Presente. Basándose en esta fecha, estimó que las huellas databan de unas 5.000 antes del presente. Sin embargo, la datación posterior de los depósitos volcánicos en los que se producen, conocidos como la Triple Capa de Masaya, demostró que las huellas fósiles tienen solo unos 2.120 ± 120 años de antigüedad. En 1978, el investigador nicaragüense Jorge Espinosa continuó la excavación cerca de la terminación de la excavación original. Descubrió más huellas a una profundidad de 4 metros. Se cree que la pista continúa más lejos.
Los especímenes de estas huellas se pueden ver tanto en el Museo de Arqueología Peabody de la Universidad de Harvard como en el Museo Nacional de los Estados Unidos.