En 1697, dos parientes de Galdan Boshugtu Khan, Danjila y Rabdan, se rindieron al emperador Qing Kangxi. Su pueblo fue entonces organizado en dos banderines Oolod y reasentado en la moderna provincia de Bayankhongor, Mongolia. En 1731, quinientas familias huyeron de regreso al territorio de Dzungar, mientras que los Oolods restantes fueron deportados a Hulun Buir. Después de 1761, algunos de ellos fueron reasentados en la provincia de Arkhangai.
Los dzungares que vivían en un área que se extendía desde el extremo oeste de la Gran Muralla China hasta el actual Kazajstán oriental y desde el actual norte de Kirguistán hasta el sur de Siberia (la mayor parte de la cual se encuentra en el actual Xinjiang), fueron el último imperio nómada en amenazar a China, lo que hicieron desde principios del siglo XVII hasta mediados del siglo XVIII. Después de una serie de conflictos militares inconclusos que comenzaron en la década de 1680, los dzungares fueron subyugados por la dinastía Qing dirigida por manchúes (1644-1911) a finales de la década de 1750.Clarke argumentó que la campaña Qing en 1757-58 «representó la destrucción completa no solo del estado Dzungar, sino de los Dzungares como pueblo.»Después de que el emperador Qianlong liderara a las fuerzas Qing a la victoria sobre los mongoles Dzungar Oirat (Occidentales) en 1755, originalmente iba a dividir el Kanato Dzungar en cuatro tribus encabezadas por cuatro Kanes, la tribu Khoit iba a tener al líder Dzungar Amursana como su Kan. Amursana rechazó el acuerdo Qing y se rebeló ya que quería ser líder de una nación unida Dzungar. Qianlong luego emitió sus órdenes para el genocidio y la erradicación de toda la nación y el nombre Dzungar, los bandereros manchúes Qing y los mongoles Khalkha (Orientales) esclavizaron a mujeres y niños Dzungar mientras asesinaban a los otros Dzungars.
El emperador Qianlong ordenó el genocidio de los Dzungares, trasladando al resto del pueblo Dzungar al continente y ordenando a los generales que mataran a todos los hombres en Barkol o Suzhou, y dividió a sus esposas e hijos a las fuerzas Qing, que estaban hechas de Banderines manchúes y mongoles Khalkha. El erudito qing Wei Yuan estimó que la población total de Dzungars antes de la caída era de 600.000 personas, o 200.000 hogares. El oficial de Oirat Saaral traicionó y luchó contra los Oirat. En un relato ampliamente citado de la guerra, Wei Yuan escribió que alrededor del 40% de los hogares dzungar murieron a causa de la viruela, el 20% huyeron a Rusia o a tribus kazajas, y el 30% fueron asesinados por el ejército Qing de Banderines manchúes y mongoles Khalkha, sin dejar yurtas en un área de varios miles de li, excepto las de los rendidos. Durante esta guerra, los kazajos atacaron Oirats y Altays dispersos. Basado en este relato, Wen-Djang Chu escribió que el 80% de los 600.000 o más Dzungares (especialmente Choros, Olot, Khoid, Baatud y Zajchin) fueron destruidos por enfermedades y ataques que Michael Clarke describió como «la destrucción completa no solo del estado Dzungar, sino de los Zungares como pueblo. El historiador Peter Perdue atribuyó el diezmo de los Dzungars a una política explícita de exterminio lanzada por Qianlong, pero también observó signos de una política más indulgente después de mediados de 1757. Mark Levene, un historiador cuyos intereses de investigación recientes se centran en el genocidio, ha declarado que el exterminio de los dzungars fue «posiblemente el genocidio del siglo XVIII por excelencia.»El genocidio Dzungar se completó con una combinación de una epidemia de viruela y la matanza directa de Dzungares por fuerzas Qing hechas de Bannermen manchúes y mongoles (Khalkha).
Los rebeldes uigures anti-Dzungar de los oasis Turfan y Hami se habían sometido al gobierno Qing como vasallos y pidieron ayuda Qing para derrocar el gobierno Dzungar. A los líderes uigures como Emin Khoja se les otorgaron títulos dentro de la nobleza Qing, y estos uigures ayudaron a abastecer a las fuerzas militares Qing durante la campaña anti-Dzungar. Los Qing emplearon a Khoja Emin en su campaña contra los Dzungares y lo usaron como intermediario con los musulmanes de la Cuenca del Tarim para informarles que los Qing solo tenían como objetivo matar a los Dzungares y que dejarían a los musulmanes en paz, y también para convencerlos de matar a los Dzungares ellos mismos y del lado de los Qing, ya que los Qing notaron el resentimiento de los musulmanes por su experiencia anterior bajo el gobierno de los Dzungares a manos de Tsewang Araptan.
No fue hasta generaciones más tarde que los Dzungarios se recuperaron de la destrucción y la casi liquidación de los Dzungares después de los asesinatos en masa de casi un millón de Dzungares. El historiador Peter Perdue ha demostrado que la aniquilación de los Dzungars fue el resultado de una política explícita de exterminio lanzada por Qianlong, Perdue atribuyó la eliminación de los Dzungars a un «uso deliberado de la masacre» y la describió como un «genocidio étnico».
La «solución final» Qing del genocidio para resolver el problema de los Dzungares hizo posible el asentamiento patrocinado por los Qing de millones de chinos Han, Hui, personas de los Oasis Turquestaníes (Uigures) y Bannermen Manchúes en Dzungaria, ya que la tierra ahora estaba desprovista de Dzungares. La cuenca dzungaria, que solía estar habitada por dzungares, está actualmente habitada por kazajos. En el norte de Xinjiang, los Qing trajeron colonos Han, Hui, Uigur, Xibe y kazajos después de exterminar a los mongoles Dzungar Oirat en la región, con un tercio de la población total de Xinjiang compuesta por Hui y Han en el área norte, mientras que alrededor de dos tercios eran uigures en la Cuenca Tarim del sur de Xinjiang. En Dzungaria, los qing establecieron nuevas ciudades como Urumqi y Yining. Los Qing fueron los que unificaron Xinjiang y cambiaron su situación demográfica.
La despoblación del norte de Xinjiang después de la matanza de los Oirats budistas, llevó a los Qing a asentarse en Manchú, Sibo (Xibe), Dauros, Solones, Chinos Han, Musulmanes Hui y Taranchis musulmanes turcos en el norte, con los inmigrantes chinos Han y Hui que constituían el mayor número de colonos. Dado que fue el aplastamiento de los Öölöd budistas (Dzungars) por los Qing lo que llevó a la promoción del Islam y el empoderamiento de los mendigos musulmanes en el sur de Xinjiang, y la migración de Taranchis musulmanes al norte de Xinjiang, Henry Schwarz propuso que «la victoria Qing fue, en cierto sentido, una victoria para el Islam». Xinjiang como una identidad geográfica definida unificada fue creada y desarrollada por los Qing. Fueron los Qing los que llevaron al aumento del poder musulmán túrquico en la región, ya que el poder mongol fue aplastado por los Qing, mientras que la cultura y la identidad musulmana túrquica fueron toleradas o incluso promovidas por los Qing.
Qianlong conmemoró explícitamente la conquista Qing de los Dzungars por haber agregado un nuevo territorio en Xinjiang a «China», definiendo a China como un estado multiétnico, rechazando la idea de que China solo significaba áreas Han en» China propiamente dicha», lo que significa que según los Qing, tanto los pueblos Han como los no Han formaban parte de» China», que incluía Xinjiang que los Qing conquistaron a los Dzungars. Después de que los Qing acabaran de conquistar Dzungaria en 1759, proclamaron que la nueva tierra que anteriormente pertenecía a los Dzungars, ahora fue absorbida por la «China» (Dulimbai Gurun) en un memorial en idioma manchú. Los Qing expusieron su ideología de que estaban reuniendo a los chinos no Han «externos» como los Mongoles Interiores, los Mongoles Orientales, los Mongoles Oirat y los tibetanos junto con los chinos Han «internos», en «una familia» unida en el estado Qing, mostrando que los diversos sujetos de los Qing eran parte de una familia, los Qing usaron la frase «Zhong Wai Yi Jia» 中一一家 o «Nei Wai Yi Jia «一一家 («interior y exterior como una sola familia»), para transmitir esta idea de» unificación «de los diferentes pueblos. En el relato oficial manchú de Tulisen de su reunión con el líder Torghut Ayuka Khan, se mencionó que mientras que los Torghuts eran diferentes a los rusos, el «pueblo del Reino Central» (dulimba-i gurun 中 中, Zhongguo) eran como los mongoles Torghut, y el «pueblo del Reino Central» se refería a los Manchúes.
Los Oolods de Hulun Buir formaron una bandera administrativa a lo largo de los ríos Imin y Shinekhen. Durante la dinastía Qing, un cuerpo de ellos se reasentó en la ciudad de Yakeshi. En 1764 muchos oolods emigraron a la provincia de Khovd en Mongolia y suministraron servicios de corvee para la guarnición de Khovd del Qing. Su número llegó a 9.100 en 1989. Exigieron una unidad administrativa unida.
Los Dzungars que quedaban en Xinjiang también fueron renombrados Oolods. Dominaron 30 de las 148 sumas mongolas durante la era de la dinastía Qing y ascendieron a 25.000 en 1999.