Antes de llegar a Harbor Boulevard, la SR 39 continuó hacia el norte desde Whittier Boulevard a lo largo de Hacienda Road hasta la línea de Los Ángeles/Condado de Orange, luego hacia el norte por Hacienda Boulevard y Glendora Avenue hasta la US 60, 70 y 99 (Garvey Avenue, ahora Interestatal 10) en West Covina. Luego continuó hacia el este con US 60, 70 y 99 hasta la Avenida Azusa, donde giró hacia el norte para seguir la alineación actual como se describe a partir del cuarto párrafo de la sección anterior. El segmento de Hacienda Glendora todavía se puede ver como la Ruta 39 en algunos mapas.
Antes de 1991, Harbor Boulevard se convertiría en Fullerton Road dirigiéndose hacia el norte en la línea de Los Ángeles/Condado de Orange, y continuaría hacia el norte como Fullerton Road a través de Puente Hills como una carretera sinuosa de un carril hacia Rowland Heights. Sin embargo, debido a las quejas de los residentes cercanos debido al aumento del volumen de tráfico, se construyó un trozo más recto y ancho ligeramente hacia el este, y se llamó Harbor Boulevard. Esta ruta está en consideración para formar parte de la SR 39 para completar la brecha.
El new Harbor Boulevard se abrió al público a principios de 1992 y ahora sirve como el paso principal entre el Condado de Orange y Rowland Heights. El segmento original de Fullerton Road todavía existe, pero ya no sirve como el pasaje principal. Ahora es estrictamente una calle residencial.
El 10 de julio de 2006, el Pasadena Star-News informó que el estado proporcionó fondos para un Informe de Impacto Ambiental (EIR) en junio de 2006 para evaluar la viabilidad de reabrir la Carretera 39 en el Bosque Nacional de Los Ángeles.
A 4,5 millas (7.2 km) el tramo de la carretera, desde Snow Springs al norte de Azusa hasta la autopista 2, ha estado cerrado al público desde 1978 debido a un deslizamiento de rocas y barro masivo. Si bien la carretera es transitable para vehículos de emergencia durante toda la longitud cerrada, las secciones cerca de deslizamientos de roca recurrentes se convierten en caminos de tierra estrechos que no son adecuados para vehículos de pasajeros. El EIR tardará tres años en completarse, según funcionarios del Departamento de Transporte de California (Caltrans).
La carretera se abrió a los equipos de emergencia en febrero de 2003 después de que un estudio de Caltrans mostrara que su reapertura no dañaría los humedales, la calidad del aire y el agua, la vegetación natural o las plantas y animales amenazados.
De acuerdo con el boletín informativo de Caltrans District Seven «Inside Seven», el trabajo debía continuar durante 2009 y 2010 en la reconstrucción e instalación de características para evitar que las diapositivas futuras dañen la carretera:
«Dos proyectos que abordarán esos problemas y harán que la carretera vuelva a abrir están programados para su construcción pronto. La primera, la construcción de dos muros de contención cerca de la ciudad de Azusa desde Old San Gabriel Canyon Road hasta aproximadamente cuatro millas al sur de la SR-2, podría comenzar a mediados de 2009. El segundo, un proyecto de 4 45 millones para reconstruir la carretera, construir muros de contención de pilotes de soldados, reparar sistemas de drenaje, instalar protección contra caídas de rocas y proporcionar revestimiento de concreto asfáltico y líneas de tráfico, debería comenzar en el otoño de 2010.»
Sin embargo, debido a problemas presupuestarios, en 2012 Caltrans estaba tratando de transferir la responsabilidad de la totalidad de la SR 39 al norte de postmile LA 17.81 (incluida la sección cerrada) al Servicio Forestal de los Estados Unidos o al Condado de Los Ángeles, ambos declinaron, también por razones financieras, a pesar de que tanto el USFS como el condado consideran que la ruta es «esencial». El abandono de la ruta tampoco sería rentable para Caltrans debido, entre otras razones, a los requisitos federales de restauración ambiental relacionados con la presencia de borregos cimarrones. La propuesta fue abandonada después de la oposición de los residentes locales y el condado, así como de la considerable presión legal del Servicio Forestal, que amenazó con hacer cumplir un viejo contrato que requiere que Caltrans deconstruya completamente la carretera si se niega a mantenerla. Hay propuestas para mover la puerta cerrada al norte dos millas a un comienzo de sendero popular.
Las personas que se dirigen a Mount Waterman actualmente deben viajar al oeste a Pasadena y unirse a la Autopista Angeles Crest (Autopista 2) en La Cañada Flintridge, un viaje de casi dos horas. La reapertura de la autopista 39 reduciría a la mitad el tiempo de viaje a la zona de esquí de Waterman y acortaría el viaje al este a Wrightwood.