El término fue acuñado por Gerard Prunier en su trabajo sobre el enfrentamiento de 1898 entre las tropas británicas y francesas en el sur de Sudán, que también citó como la causa de la rápida y profunda intervención de este último en la crisis de Ruanda. Lleva el nombre del incidente de Fashoda. El 4 de noviembre de 1898, un contingente de tropas francesas ocupó el fuerte en Fashoda (ahora Kodok en la parte sur de Sudán). Se vieron obligados a retirarse, sin embargo, después de que un ejército anglo-egipcio más grande dirigido por Lord Kitchener se hizo cargo y el conflicto se resolvió mediante la Declaración Anglo-francesa del 21 de marzo de 1899. El incidente fue visto como una victoria diplomática para los británicos y, como resultado, la política exterior francesa comenzó a enfatizar una búsqueda agresiva de la influencia francesa en áreas de África que son susceptibles a la influencia británica. Esta política definió el llamado síndrome de Fashoda y no solo denotó la lucha anglofrancesa en África, sino también el equilibrio de poder entre estos dos, que se consideró como un reflejo de la realpolitik.
En el Estado de África, el historiador británico Martin Meredith explicó:
«Desde un incidente en la aldea sudanesa de Fashoda … los franceses habían estado vigilantes para protegerse de la invasión anglófona en lo que consideraban su propio patio trasero: le pré carré. En sus memorias, el general de Gaulle enumeró los desastres que habían afligido a Francia en su juventud y que lo habían llevado a dedicarse a defender la «grandeza» de Francia: el primero de la lista fue el incidente de Fashoda. El «síndrome de Fashoda», como se le conocía, formaba un componente básico de la política francesa en África. Para garantizar que las cuestiones africanas recibieran la debida atención, la oficina presidencial de Francia incluyó una Unidad especial para África, Cellule Africaine, con un amplio mandato para cubrir todo, desde el trabajo de inteligencia hasta el soborno. Meredith también concluyó que la intervención francesa de 1990 en Ruanda fue una expresión del»síndrome». Ruanda se encuentra en la frontera entre África» francófona «y» anglófona». En 1990, hubo una invasión de corta duración por parte del Frente Patriótico Rwandés (FPR), una coalición de exiliados tutsis y partidarios de la reforma democrática. Muchos de los miembros del FPR habían crecido en campos de refugiados tutsis en Uganda, anteriormente controlada por los británicos, y habían aprendido a luchar en el ejército ugandés, y París consideraba que Uganda estaba, en ese momento, dentro de la esfera de influencia británica.
El complejo Fashoda se ha utilizado en relación con la política exterior de otros países, en particular Egipto y Sudán. También fue la base para la interpretación francesa de la rebelión de Laurent-Desire Kabila.