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Diseño automático de oligonucleótidos para la síntesis génica basada en PCR
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La disponibilidad de secuencias de genomas enteros ha aumentado drásticamente el número de dianas proteicas, muchas de las cuales necesitarán sobreexpresarse en células que no sean la fuente original de ADN. La síntesis de genes a menudo proporciona un enfoque rápido y económicamente eficiente. El gen sintético puede optimizarse para la expresión y construirse para una fácil manipulación mutacional sin tener en cuenta el genoma padre. Sin embargo, el diseño y la construcción de genes sintéticos, especialmente aquellos que codifican para proteínas grandes, puede ser un proceso lento, difícil y confuso. DNAWorks automatiza el diseño de oligonucleótidos para la síntesis de genes mediante métodos basados en PCR.
Una descripción de las DNAWorks originales se puede encontrar en nuestra publicación (Hoover, D. y Lubkowski, J., 2002).
Para mejoras adicionales en el rendimiento de DNAWorks, la retroalimentación sobre el éxito o el fracaso de la síntesis génica utilizando DNAWorks es muy importante. Por favor, háganos saber sobre el resultado de sus experimentos de síntesis.
DNAWorks es de código abierto y se puede descargar desde https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Si puede encontrar un compilador Fortran, puede ejecutar DNAWorks a través de la línea de comandos.
Ejemplo:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc