A partir de 1925, los estudiosos de Harvard Henry Osborn Taylor, Alfred North Whitehead y Lawrence Joseph Henderson se reunieron varias veces para discutir su frustración con las condiciones de los estudios de posgrado en la universidad. Creían que para producir una investigación excepcional, los hombres más capaces requerían libertad de preocupaciones financieras, menos requisitos formales y la libertad de elegir cualquier objeto de estudio que los atrajera.
Pronto encontraron un aliado en el entonces presidente de Harvard, Abbott Lawrence Lowell, quien en 1926 nombró un comité, con Henderson como presidente, para estudiar la naturaleza de una institución que podría mejorar la calidad de la educación de posgrado. El comité recomendó el establecimiento de una Sociedad de Becarios en Harvard, modelada en parte en la Fondation Dosne-Thiers en París y en parte en el Premio Fellowship en el Trinity College, Cambridge, con la esperanza de que tal sociedad produjera no solo «genios aislados, sino hombres que harían el trabajo del mundo».
Después de años de tratar de atraer donaciones externas, Lowell financió la Sociedad él mismo, su último acto institucional importante antes de su renuncia en noviembre de 1932. «Al no haber una fuente visible de los fondos necesarios», escribió más tarde, » lo di yo mismo, en una especie de desesperación, aunque me costó casi todo lo que tenía.»Aunque era un secreto a voces que Lowell era la fuente de la donación anónima, esto nunca fue reconocido en su presencia. Después de la muerte de Lowell en 1943, la donación se hizo pública oficialmente; se conoce como el Fondo Anna Parker Lowell en memoria de la esposa de Lowell.
La sociedad fue inaugurada oficialmente como una alternativa al sistema de doctorado a principios del año académico 1933-34, otorgando a los becarios libertad para seguir líneas de investigación que trascendían los límites disciplinarios académicos tradicionales. Debido a la creencia fundamental en la importancia de las discusiones informales entre académicos de diferentes campos académicos, tanto los becarios Senior como los Junior se han reunido para cenar todos los lunes por la noche durante el período académico. Con frecuencia se les unen académicos visitantes y se anima a los becarios a traer invitados.
Originalmente con sede en una suite de dos habitaciones en Eliot House, uno de los doce colegios residenciales de la universidad, la sociedad estuvo cerrada a las mujeres hasta 1972, cuando Martha Nussbaum fue seleccionada como la primera becaria Junior femenina.