La ocupación de Malasia y Borneo por Japón (1942-45) durante la Segunda Guerra Mundial generó enormes cambios en esos territorios. Sus economías se vieron perturbadas y las tensiones comunales se exacerbaron porque los malayos y los chinos reaccionaron de manera diferente al control japonés. Los japoneses necesitaban desesperadamente acceso a los recursos naturales del sudeste asiático; invadieron Malasia en diciembre de 1941, habiendo neutralizado el poder militar estadounidense en Hawái a través del ataque a Pearl Harbor y en Filipinas a través de ataques a Manila. Poco después, los japoneses controlaron la península, Singapur y Borneo. Guerrilleros pro-comunistas, predominantemente chinos, libraron resistencia en Malasia, y una breve revuelta liderada por chinos también estalló en el norte de Borneo. En muchos lugares, la creciente politización y el conflicto dentro y entre los grupos étnicos se desarrollaron como resultado de las dificultades económicas y la represión selectiva; en el norte de Borneo, el gobierno de los Brookes y de la Compañía de Borneo del Norte fue socavado permanentemente, mientras que en Malaya los chinos y malayos también se dieron cuenta de que la dominación británica no era eterna. Sin embargo, la mayoría de la gente dio la bienvenida a la derrota japonesa en 1945.
Después del final de la guerra, Sarawak y Borneo del Norte, ambos protectorados británicos hasta la ocupación japonesa, se convirtieron en colonias de la corona británica. Sarawak, sin embargo, se enfrentó a una situación política turbulenta. Muchos malayos se opusieron a la terminación del gobierno de Brooke y la cesión de Sarawak a Gran Bretaña, y las divisiones sociopolíticas resultantes persistieron durante años. Con el establecimiento de la colonia británica de Borneo del Norte, la capital se trasladó de Sandakan a Jesselton (ahora Kota Kinabalu). En Malasia se introdujo un gobierno autónomo local. El principal catalizador de la organización política, sin embargo, fue una propuesta británica de formar una única Unión malaya, incorporando todos los territorios malayos excepto Singapur, que disminuiría la autonomía del Estado y otorgaría derechos políticos y de ciudadanía iguales a los no malayos. Un tremendo aumento del sentimiento político malayo en contra de este plan, dirigido por Dato’ Onn bin Jaafar, dio lugar a la creación en 1946 de la Organización Nacional Malaya Unida (UMNO) como vehículo para el nacionalismo malayo y la asertividad política. Huelgas, manifestaciones y boicots condenaron la Unión Malaya propuesta, y los británicos comenzaron a negociar con la UMNO sobre el futuro malayo.
Las negociaciones dieron lugar a la creación en 1948 de la Federación Malaya, que unificó los territorios pero proporcionó garantías especiales de los derechos malayos, incluida la posición de los sultanes. Estos acontecimientos alarmaron a los sectores más radicales y empobrecidos de la comunidad china. En 1948, el Partido Comunista de Malasia, un movimiento en su mayoría chino formado en 1930 que había proporcionado la columna vertebral de la resistencia antijaponesa, se adentró en las selvas y comenzó una insurgencia guerrillera para derrotar al gobierno colonial, desatando un período de 12 años de disturbios conocido como la Emergencia Malaya. Los comunistas libraron una lucha violenta y finalmente inútil apoyada por solo un pequeño segmento de la comunidad china. Los británicos tomaron medidas para reprimir la insurgencia por medios militares, que incluyeron una estrategia que movió a la fuerza a muchos chinos rurales a nuevas aldeas estrechamente controladas ubicadas cerca o a lo largo de los bordes de las carreteras. Aunque esta política aisló a los aldeanos de las guerrillas, también aumentó la impopularidad del gobierno. Los británicos finalmente lograron el éxito cuando, bajo el liderazgo del alto comisionado británico Sir Gerald Templer, comenzaron activamente a abordar las quejas políticas y económicas, así como la insurgencia, que aisló aún más a los rebeldes.
Prometiendo la independencia, los funcionarios británicos iniciaron negociaciones con los diversos líderes étnicos, incluidos los de la UMNO y la Asociación Malaya China (MCA), formada en 1949 por ricos empresarios chinos. Una coalición formada por la UMNO (dirigida por el aristocrático y moderado Tunku Abdul Rahman), la MCA y el Congreso Indio Malayo disputaron las elecciones legislativas nacionales celebradas en 1955 y ganaron todos menos un escaño. Esto estableció un patrón político permanente de una coalición gobernante, conocida primero como el Partido de la Alianza y más tarde como el Frente Nacional (Barisan Nasional; BN)-que unía partidos de base étnica, en su mayoría dirigidos por élites de inclinaciones políticas moderadas a conservadoras, con la UMNO como la fuerza principal.
El Ago. El 31 de diciembre de 1957, la Federación de Malaya logró la independencia bajo un gobierno de Alianza encabezado por Tunku Abdul Rahman como primer ministro. Singapur, con su población predominantemente china, permaneció fuera de la federación como colonia de la corona británica. El acuerdo tendía a favorecer políticamente a los malayos, con los líderes de la UMNO ocupando la mayoría de las oficinas federales y estatales y la realeza rotando entre los diversos sultanes malayos, pero a los chinos se les otorgaron derechos de ciudadanía liberal y mantuvieron un fuerte poder económico. Kuala Lumpur se convirtió en la capital federal.
Nuevas corrientes también estaban surgiendo en Borneo. El dominio colonial tuvo éxito en la reconstrucción y expansión de las economías de las dos colonias, con el caucho y la madera como base para el crecimiento económico de la posguerra. Las instalaciones de salud y educación se extendieron lentamente más allá de las ciudades. La conciencia política comenzó a extenderse a medida que se celebraban elecciones para los consejos locales. Durante la década de 1950, la comunidad kadazan, estimulada particularmente por el desarrollo de la radiodifusión y los periódicos, se involucró en la política de Borneo del Norte, mientras que los líderes chinos y malayos formaron los primeros partidos políticos de Sarawak, algunos con identidades multiétnicas, en espera de la independencia. La actividad política se aceleró con el debate en 1961 de la propuesta de los funcionarios malayos y británicos para un estado federado que incluiría Malaya, Sarawak, Borneo del Norte, Brunéi y Singapur. Se formaron nuevos partidos en el norte de Borneo que representaban a las comunidades kadazan, china y musulmana. Las elecciones se celebraron en Borneo del Norte y en Sarawak, con la mayoría de los partidos en ambas colonias aceptando la independencia a través de la fusión con la nueva federación, llamada Malasia; la inclinación a unirse a Malasia aumentó después de que Filipinas reclamara Borneo del Norte, sobre la base de la antigua soberanía de Sulu.
Los líderes británicos propusieron una federación de Malasia como una forma de poner fin a su ahora oneroso dominio colonial sobre Singapur, Sarawak y Borneo del Norte, a pesar de que esos estados eran históricamente y étnicamente distintos de Malasia y entre sí. Era en muchos sentidos ser un matrimonio de conveniencia. Malaya estaba estrechamente vinculada económicamente con la bulliciosa Singapur, y los malayos sentían un parentesco con los diversos grupos musulmanes de Borneo. Tunku Abdul Rahman creía que la federación podría desactivar la actividad china izquierdista potencial mientras equilibraba la mayoría china en Singapur con las mayorías no chinas de los estados de Borneo. Malaya ya contenía una minoría china de casi el 40 por ciento, con los malayos apenas en la mayoría allí. Por lo tanto, en septiembre. El 16 de 1963, se formó la Federación de Malasia, con el Norte de Borneo—rebautizado Sabah—y Sarawak constituyendo Malasia Oriental. Brunéi, que había sido invitado a unirse, eligió seguir siendo un protectorado británico y más tarde se independizó como un pequeño sultanato malayo rico en petróleo.Craig A. Lockard