Daniel Jefferson Harris (alias Dirty Dan) est arrivé dans la région de la baie de Bellingham en 1853 en 1854, et se lia d’amitié avec John Thomas, qui avait déposé une revendication territoriale le long du ruisseau Padden. Il a aidé Thomas à démarrer une cabine là-bas, mais Thomas est décédé avant que la cabine ne soit terminée. Dan a terminé la revendication sur la terre et le brevet a été délivré en 1871. Il a également acquis plusieurs propriétés environnantes et a nommé cette région Fairhaven, du nom indigène see-see-lich-em, qui signifie port sûr ou havre de paix (peut-être aussi d’une ville du Maine qui a pu ou non être son lieu de naissance). En 1883, il fait construire la ville et commence à vendre des lots. Au fur et à mesure que sa fortune s’améliorait, ses apparences et sa réputation lui permirent de se marier en 1885. En 1888, il vend la plus grande partie de sa propriété de Fairhaven à Nelson Bennett et part pour la Californie. Nelson Bennett, avec Charles Larrabee, arrivé en 1890, forma la Fairhaven Land Company, principalement financée par Larrabee, déterminée à faire de Fairhaven une ville majeure. Ils ont promu la terre riche en ressources naturelles, beau temps et possibilités infinies, faisant passer la population d’environ 150 en 1889 à 8000 à la fin de 1890. Une partie de cette augmentation était due à l’achat par la Fairhaven Land Company d’une petite colonie appelée Bellingham, nichée entre Sehome et Fairhaven, qui avait un bureau de poste à partir de 1883.
Fairhaven, comme beaucoup d’autres villes côtières de Washington, rivalisa avec d’autres villes de Washington pour la position de ville terminale du Great Northern Railroad, mais ce titre tomba finalement sur Seattle. Pendant cette période de compétitivité, qui a duré de la fin des années 1870 au milieu des années 1880, Fairhaven a adopté son style emblématique du XIXe siècle et a pris un attrait esthétique pour l’architecture et le design. Même après qu’il a été décidé que Seattle abriterait le terminal du Great Northern Railroad, la population et la construction esthétique ont continué de croître jusqu’à la fin des années 1890. Fairhaven a été officiellement constituée le 13 mai 1890.
Pendant la frénésie spéculative des années 1890, le grand Fairhaven Hotel a été construit pour attirer les magnats du chemin de fer à choisir Fairhaven comme terminus des chemins de fer transcontinentaux sur la côte ouest. Les chemins de fer ne sont jamais venus, mais l’imposant vestige de l’ancien hôtel a résisté jusqu’à un incendie et une démolition en 1953.
Le 27 octobre 1903, les citoyens de Fairhaven et les citoyens d’une ville voisine de la baie de Bellingham, Whatcom City, ont voté pour la consolidation en une seule ville nommée Bellingham. Le 28 décembre 1903, la nouvelle ville de Bellingham a été officiellement créée.
En 1903, Fairhaven a reçu une subvention pour construire la première bibliothèque financée par Carnegie de la région sur la 12e rue. La bibliothèque continue de fonctionner comme une branche du système de bibliothèque publique de Bellingham.
Fairhaven est également connue pour ses liens historiques avec la mise en conserve du saumon et, de la fin des années 1800 aux années 1940, elle abritait de nombreuses conserveries de saumon, employant jusqu’à 4 500 travailleurs dans la région. Dans les années 1940, la Pacific American Fisheries avait son siège social à Fairhaven et était connue comme la plus grande entreprise de mise en conserve de saumon au monde.