Fujiwara a été la première capitale du Japon construite en quadrillage sur le modèle chinois (条坊制 jōbō-sei); une enquête récente a révélé que la ville couvrait une superficie d’environ 5 km, beaucoup plus grande qu’on ne le pensait auparavant. Le palais occupait un terrain d’environ 1 km2 et était entouré de murs d’environ 5 m de haut. Chacun des quatre murs avait trois portes; Suzakumon, la porte principale, se trouvait au centre du mur sud. Le Daigokuden (大極殿) et d’autres bâtiments de palais ont été les premières structures de palais au Japon à avoir un toit de tuiles de style chinois.
La région était auparavant le domaine du clan Nakatomi, qui supervisait l’observation des rituels et cérémonies Shintō pour le compte de la cour impériale. La ville a brûlé en 711, un an après le déménagement à Nara, et n’a pas été reconstruite. Les fouilles archéologiques ont commencé en 1934 et certaines parties du palais ont été reconstruites. Près de 10 000 tablettes en bois, connues sous le nom de mokkan, ont été trouvées, inscrites avec des caractères chinois.
Ce waka, écrit par l’impératrice Jitō, et décrivant Fujiwara en été, fait partie de la célèbre anthologie de poèmes, le Hyakunin Isshu:
のの天天の山山haru sugite natsu ki ni kerashi shirotae no koromo hosu chō ama no kaguyama
Ce qui se traduit par le printemps est passé, semble-t-il, et maintenant l’été est arrivé; Pour cela, disent-ils, c’est quand des robes de blanc pur sont aérées sur le mont céleste Kagu.
La capitale a été déplacée de Fujiwara-kyo en raison de l’extrême puanteur causée par un système d’égouts ouvert. L’égout était bouché avec des excréments et d’autres déchets humains, ce qui l’a fait s’accumuler et ne s’est pas déversé dans la rivière. La puanteur est devenue si forte que les gens ont commencé à se plaindre de la puanteur du palais. Finalement, la capitale a été déplacée à Nara en raison de l’odeur horrible.