AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

tartalom

• jellemzők
• licenc
• bemutató
• Gyakran Ismételt Kérdések
• platform megjegyzések és telepítés
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • forrás
• egyéb szoftver
• használat
  • összefoglaló
  • konfigurációs fájl
  • keresési terület
  • teljesség
  • kimenet
  • Speciális beállítások
• virtuális szűrés
• előzmények
• Citation
• segítségkérés
• Hibabejelentés

jellemzők

pontosság AutoDock Vina jelentősen javítja a kötési mód előrejelzéseinek átlagos pontossága az Autodock 4-hez képest, az Autodock 4 fejlesztésében használt edzőkészlet tesztjeink alapján. ezenkívül és függetlenül, az AutoDock Vina-t a Watowich csoport által a hasznos csalik Könyvtárának nevezett virtuális szűrési benchmarkkal tesztelték, és megállapították, hogy”erős versenytárs a többi programmal szemben, és sok esetben a csomag tetején”. Meg kell jegyezni, hogy mind a hat másika dokkoló programokat, amelyekhez hasonlították, kereskedelmi forgalomban forgalmazzák. Autodock eszközök kompatibilitása a Vina ugyanazt a pdbqt molekulaszerkezeti fájlformátumot használja, amelyet az AutoDock használ. A PDBQT fájlok létrehozhatók (interaktívan vagy kötegelt módban), és megtekinthetők az MGLTools segítségével.Más fájlok, például az AutoDock és az AutoGrid paraméterfájlok (GPF, DPF) és a grid map fájlok nem szükségesek.

kötési mód előrejelzési pontossága a tesztkészleten. Az ” AutoDock “az AutoDock 4-re, a” Vina ” pedig az AutoDock Vina 1-re utal.

könnyű használat

A Vina tervezési filozófiája nem követeli meg a felhasználótól, hogy megértse a megvalósítás részleteit, módosítsa a homályos keresési paramétereket, a klaszter eredményeit, vagy ismerje a fejlett algebra (kvaternionok). Csak a dokkolandó molekulák szerkezetére és a keresési tér specifikációjára van szükség, beleértve a kötési helyet is. A rácstérképek kiszámítása és az atom töltések hozzárendelése nem szükséges. A használati összefoglaló nyomtatható ” vina --help“. Az összefoglaló automatikusan szinkronban marad a lehetséges használati forgatókönyvekkel.

megvalósítás minősége

• a tervezés szerint az eredményeknek nem szabad statisztikai torzítást mutatniuk a bemeneti struktúra konformációjával kapcsolatban.
• figyelmet fordítunk a bemenet szintaktikai helyességének ellenőrzésére és a hibák világos jelentésére a felhasználó számára.
• a kovalens kötéshosszak invarianciája automatikusan ellenőrizhető a kimeneti struktúrákban.
• Vina elkerüli a mesterséges korlátozások bevezetését, például a bemenetben lévő atomok számát, A torziók számát, a keresési tér méretét, a keresés teljességét stb.

rugalmas oldalláncok

az AutoDock 4-hez hasonlóan egyes receptor oldalláncok kiválaszthatók úgy, hogy a dokkolás során rugalmasak legyenek.

sebesség az AutoDock Vina nagyságrendekkel gyorsabb, mint az AutoDock 4. Több CPU/mag ezenkívül a Vina kihasználhatja a rendszer több CPU-jának vagy CPU-magjának előnyeit, hogy jelentősen lerövidítse a futási időt. World Community Grid A minősített projektek ingyenesen futtathatják az AutoDock Vina számításokat a masszívan párhuzamos világ közösségi rácson.Meglévő projektek segítségével AutoDock Vina ott vannak azok célzásaids, malária, Leishmaniasis ésschistosomiasis.Néhány ilyen projektek átlagosan több mint 50 év értékű számítás naponta.

átlagos idő receptor-ligandum páronként a tesztkészleten.Az ” AutoDock “az AutoDock 4-re, a” Vina ” pedig az AutoDock Vina 1-re utal.

licenc

az AutoDock Vina egy nagyon megengedő Apache Licenc alatt kerül kiadásra, kevés korlátozással a kereskedelmi vagy nem kereskedelmi használatra, vagy a származékos művekre.A licenc szövege itt található.

Tutorial

ha még soha nem használta az AutoDock Vina-t, kérjük, olvassa el a videó bemutatót, mielőtt megpróbálja használni.

Ez a videó bemutató bemutatja molekuláris dokkoló Imatinib segítségével Vina Autodock eszközök és PyMOL

Gyakran Ismételt Kérdések

hogyan kell használni kezdje el a Vina használatának megtanulását?

a videó bemutató megtekintése lehet a legjobb módja ennek.

mi a jelentése vagy jelentősége a “Vina”névnek? Miért fejlesztették ki?

kérjük, olvassa el ezt a Levelezőlista bejegyzést.

mennyire pontos az AutoDock Vina?

lásd jellemzők

meg kell jegyezni, hogy a prediktív pontosság nagyban változik a céltól függően,ezért érdemes először értékelni az AutoDock Vina-t az adott célhoz képest, ha ismert aktív vagy kötött natív ligandumszerkezet, a vegyületek megrendelése előtt. Miközben a dokkolómotort egy retrospektív virtuális képernyőn értékeli, érdemes lehet olyan csalikat választani,amelyek hasonló méretűek, és talán más fizikai jellemzőkkel rendelkeznek, mint az ismert aktívak.

mi a különbség az AutoDock Vina és az AutoDock 4 között?

az AutoDock 4-et (és a korábbi verziókat) és az AutoDock Vina-t egyaránt a Scripps Kutatóintézet molekuláris Grafikai laboratóriumában fejlesztették ki. AutoDock Vina örökli az AutoDock 4 néhány ötletét és megközelítését, például a dokkolást a pontozási funkció sztochasztikus globális opimizálásaként kezeli, előre kiszámítja a rácstérképeket (a Vina ezt belsőleg teszi), és néhány más megvalósítási trükköt, például az egyes atomtípus-párok közötti kölcsönhatás kiszámítását minden távolságban. Ugyanazt a típusú struktúraformátumot (PDBQT) is használja a kiegészítő szoftverekkel való maximális kompatibilitás érdekében.

azonban a forráskód, a pontozási funkció és a ténylegesen használt algoritmusok teljesen újak, így helyesebb az AutoDock Vina-ra úgy gondolni, mint az AutoDock új “generációjára”, nem pedig “verziójára”. A teljesítményt az eredeti kiadványban hasonlították össze, és átlagosan az AutoDock Vina tettenyhén jobb, mind a sebesség, mind a pontosság szempontjából. Bármely adott cél esetében azonban bármelyik program jobb eredményt adhat, annak ellenére, hogy az AutoDock Vina nagyobb valószínűséggel teszi ezt meg.Ez annak köszönhető, hogy a pontozási funkciók eltérőek, és mindkettő pontatlan.

mi a különbség az AutoDock Vina és az AutoDock eszközök között?

AutoDock Tools egy modul az MGL Tools szoftvercsomag kifejezetten generáló bemenet (PDBQT fájlok) forAutoDock vagy Vina. Az eredmények megtekintésére is használható.

dokkolhatok két fehérjét az AutoDock Vina-val?

lehet, hogy ezt megteheti, de az AutoDock Vina csak receptor-ligandum dokkoláshoz készült. Vannak jobb programok a fehérje-fehérje dokkoláshoz.

futni fog a Vina a 64 bites gépemen?

Igen. Tervezés szerint a modern 64 bites gépek natív módon futtathatják a 32 bites bináris fájlokat.

Miért kapok “nem lehet megnyitni conf.txt ” hiba? Az akta létezik!

gyakran a Fájlböngészők elrejtik a fájlkiterjesztést, így miközben úgy gondolja, hogy van egy fájlja “conf.txt“, valójában “conf.txt.txt“.Ez a beállítás megváltoztatható a vezérlőpulton vagy a rendszerbeállításokban.

azt is meg kell győződnie arról, hogy a megadott fájl elérési útja helyes-e a könyvtárhoz (mappához) képest, amelyben van, például ha egyszerűen a conf.txt parancssorban, győződjön meg arról, hogy ugyanabban a könyvtárban (mappában)van, mint ez a fájl. Als vagydir parancsokkal Linux/MacOS, illetve Windows rendszeren felsorolhatja a könyvtár tartalmát.

Miért kapok “Használati hibákat”, amikor megpróbálom követni a videó bemutatóját?

a parancssori beállítások némileg megváltoztak az oktatóanyag rögzítése óta. Különösen a “--out“helyettesítve”--all“.

A Vina jól fut a gépemen, de amikor az egzotikus Linux klaszteremen futtatom, “boost thread resource” hibát kapok. Miért?

a Linux klaszter úgy van konfigurálva, hogy letiltja az ívási szálakat. Ezért Vina nem tud futni. Lépjen kapcsolatba a rendszergazdával.

miért különbözik a dokkolt konformációm attól, amit a videó bemutatóban kapsz?

a dokkoló algoritmus nem determinisztikus. Annak ellenére, hogy ezzel a receptor-ligand párral a pontozási funkció minimális értéke megfelel a helyes konformációnak,a dokkoló algoritmus néha nem találja meg. Próbáld ki többször, és nézd meg magad. Vegye figyelembe, hogy a mininum megtalálásának valószínűsége eltérő lehet egy másik rendszerrel.

a dokkolt konformációm ugyanaz, de az energiáim különböznek attól, amit a videó bemutatójában kapsz. Miért?

a pontozási funkció megváltozott az oktatóanyag rögzítése óta, de csak abban a részben, amely független a konformációtól:a rugalmasságért járó ligandum-specifikus büntetés megváltozott.

miért tűnnek furcsának az eredményeim a PyMOL – ban?

a PDBQT nem szabványos molekulaszerkezeti formátum. Az oktatóanyagban használt PyMOL verzió (0.99rc6) előfordul, hogy jól megjeleníti (mert a PDBQT némileg hasonlít a PDB-hez).Lehet, hogy nem ez a helyzet a PyMOL újabb verziói esetében.

bármilyen más módon megtekintheti az eredményeket?

megtekintheti a PDBQT fájlokat a PMV-ben (az MGL eszközök része), vagy átalakíthatja őket más fájlformátumba (pl. AutoDock eszközök használatával, vagy a “Mentés másként” a PMV-ben)

mekkora legyen a keresési terület?

a lehető legkisebb, de nem kisebb. Minél kisebb a keresési hely, annál könnyebb a dokkoló algoritmus felfedezni.Másrészt nem fogja feltárni a ligandumot és a rugalmas oldallánc atom pozícióit a keresési téren kívül. Valószínűleg kerülje a 30 x 30 x 30 Angstromnál nagyobb Keresési tereket, hacsak nem növeli a “--exhaustiveness“értéket is.

miért látok figyelmeztetést arról, hogy a keresési terület mennyisége meghaladja a 27000 Angstrom^3 értéket?

Ez valószínűleg azért van, mert a keresési terület méretét a “rácspontok” (0,375 Angstrom), mint az AutoDock 4-ben.Az AutoDock Vina Keresési helyméreteket Angstromokban adják meg. Ha valóban szokatlan módon kívánta használninagy keresési terület, figyelmen kívül hagyhatja ezt a figyelmeztetést, de vegye figyelembe, hogy a keresési algoritmus munkája nehezebb lehet.Lehet, hogy növelnie kell a exhaustiveness értékét, hogy pótolja. Ez hosszabb futási időt eredményez.

a kötött konformáció ésszerűnek tűnik, kivéve a hidrogéneket. Miért?

AutoDock Vina valójában egy egyesített atom pontozási funkciót használ, azaz olyan, amely csak a nehéz atomokat foglalja magában.Ezért a hidrogének pozíciói a kimeneten önkényesek.A bemeneti fájlban lévő hidrogéneket arra használják, hogy eldöntsék, mely atomok lehetnek hidrogénkötés-donorok vagy akceptorok,így a bemeneti struktúrák helyes protonálása továbbra is fontos.

mit jelent a “kimerültség” valójában a motorháztető alatt?

a jelenlegi megvalósításban a dokkolási számítás számos független futtatásból áll, véletlenszerű konformációkból kiindulva.Ezen futások mindegyike számos egymást követő lépésből áll. Minden lépés magában foglalja a konformáció véletlenszerű zavarását, amelyet egy helyi optimalizálás követ (a Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno algoritmus segítségével), valamint egy kiválasztást, amelyben a lépést elfogadják vagy sem. Minden helyi optimalizálás magában foglalja a pontozási funkció számos értékelését, valamintszármazékai a pozíció-orientáció-torziós koordinátákban.A helyi optimalizálás értékeléseinek számát a konvergencia és más kritériumok vezérlik.A futás lépéseinek számát heurisztikusan határozzák meg, a ligandum méretétől és rugalmasságától, valamint a rugalmas oldalláncoktól függően. A futások számát azonban a exhaustiveness paraméter határozza meg. Mivel az egyes futásokat párhuzamosan hajtják végre, adott esetben a exhaustiveness szintén korlátozza a párhuzamosságot.Az AutoDock 4-től eltérően az AutoDock Vina – ban minden futás több eredményt hozhat: az ígéretes közbenső eredmények emlékeznek.Ezek egyesítése, finomítása, csoportosítása és rendezése automatikusan a végeredmény.

miért nem kapom meg a megfelelő kötött konformációt?

számos dolog bármelyike lehet:

• Ha az AutoDock 4-ből származik, nagyon gyakori hiba az, hogy a keresési helyet a “pontok” (0,375 Angstrom), Angstromok helyett.
• lehet, hogy a ligandum vagy receptor nem lett megfelelően protonálva.
• balszerencse (a keresési algoritmus jó valószínűséggel megtalálta volna a helyes konformációt, de egyszerűen szerencsétlen volt). Próbálkozzon újra egy másik maggal.
• a pontozási függvény minimuma megfelel a helyes konformációnak, de a keresési algoritmus nehezen találja meg. Ebben az esetben a nagyobb kimerültség vagy a kisebb Keresési hely segíthet.
• a pontozási függvény minimuma egyszerűen nem ott van, ahol a helyes konformáció van. Az újra és újra próbálkozás nem segít, de alkalmanként helyes választ adhat, ha két hiba (pontatlan keresés és pontozás) helyes. A dokkolás hozzávetőleges megközelítés.
• a fentiekhez kapcsolódóan a tettes lehet a röntgen-vagy NMR-receptorszerkezet minősége is.
• ha nem redockingot végez, azaz a receptor megfelelő indukált illeszkedési alakját használja, akkor az indukált illesztési hatások elég nagyok ahhoz, hogy befolyásolják a dokkolási kísérlet eredményét.
• a gyűrűk csak dokkolás közben lehetnek merevek. Talán rossz konformációjuk van, ami befolyásolja az eredményt.
• 2d (lapos) ligandumot használ bemenetként.
• a ligandum tényleges kötött konformációja esetenként eltérhet attól, amit a röntgen vagy az NMR szerkezet mutat.
• egyéb problémák

hogyan módosíthatom a pontozási funkciót?

a súlyokat egyszerűen megváltoztathatja, ha megadja őket a konfigurációs fájlban vagy a parancssorban. Például

 vina --weight_hydrogen -1.2 ...

megduplázza az összes hidrogénkötést.

a jövőben tervezzük azokat a funkciókat,amelyek lehetővé teszik a felhasználók számára, hogy új atom-és pszeudo-atom típusokat hozzanak létre, és meghatározzák saját interakciós funkcióikat.

Ez megkönnyíti a pontozási funkció konkrét célokhoz való igazítását,a kovalens dokkolás és a makrociklus rugalmasságának modellezését,az új pontozási funkciók kísérletezését,és pszeudo-atomok felhasználásával irányított interakciós modellek létrehozását.

maradjon velünk az AutoDock levelezőlistán, ha értesítést szeretne kapni bármilyen béta-teszt kiadásról.

miért nem kapok annyi kötési módot, amennyit megadok a “--num_modes“?

Ez az opció Adja meg a kimeneti kötési módok maximális számát. A dokkoló algoritmus kevesebb “érdekes” kötési módot találhat belsőleg.A kimeneti kötési módok számát A “energy_range” is korlátozza, amelyet érdemes növelni.

miért nem változnak az eredmények a részleges díjak megváltoztatásakor?

az AutoDock Vina figyelmen kívül hagyja a felhasználó által megadott részleges töltéseket. Saját módja van az elektrosztatikus kölcsönhatások kezelésére a hidrofób ésa hidrogénkötési feltételek. A pontozási funkció részleteit lásd az eredeti kiadványban.

megváltoztattam valamit, és most a dokkolási eredmények eltérőek. Miért?

először is, ha nem változtatott volna semmit, néhány eredmény egyébként is eltérő lehetett volna, a keresési algoritmus nem determinisztikus jellege miatt.A pontos reprodukálhatóság biztosítható, ha mindkét számításhoz ugyanazt a véletlenszerű seed értéket adjuk meg, de csak akkor, ha az összes többi bemenet és paraméter is azonos. Még a bemenet kisebb módosításai is hasonló hatással lehetnek, mint egy új véletlenszerű mag.A számítások statisztikai tulajdonságai: például. “az új protonációs állapot mellett a Vina sokkal kevésbé valószínű, hogy megtalálja a helyes dokkolt konformációt”.

hogyan használhatom a rugalmas oldalláncokat?

a receptort két részre osztjuk: merevre és rugalmasra, az utóbbi kissé hasonlóan jelenik meg, mint a ligandum. Lásd az AutoDock4.2 Felhasználói útmutató “rugalmas Receptor PDBQT fájlok” című fejezetét (14.oldal), hogy ezt hogyan teheti meg az AutoDock eszközökben.Ezután kiadhatja ezt a parancsot: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Lásd még ezt a cikket erről a témáról.

hogyan végezhetem el a virtuális szűrést?

kérjük, olvassa el a kézikönyv vonatkozó részét.

Felhívjuk figyelmét, hogy számos dokkoláskezelő alkalmazás létezik, amelyek segítenek ebben a feladatban.

nincs elegendő számítási erőforrásom a virtuális képernyő futtatásához. Mik a lehetőségeim?

lehet, hogy futtathatja a projektet a World Community Grid-en, vagy használhatja a DrugDiscovery@TACC-t. Lásd Más Szoftver.

vannak ötleteim új funkciókra és egyéb javaslatokra.

a javasolt új funkciók esetében szeretnénk, ha széles körű konszenzus lenne,nyilvános vita eredményeként,azok szükségességéről.Kérjük, fontolja meg a beszélgetés megkezdését vagy csatlakozását az AutoDock levelezőlistán.

válaszolsz a Vina-val kapcsolatos kérdéseimre, ha e-mailt küldök vagy felhívlak?

nem. A Vina közösség által támogatott. A szerzők nem kötelesek másoknak segíteni projektjeikben.Kérjük, olvassa el ezt az oldalt, hogy segítséget kapjon.

Platform Megjegyzések és telepítés

Windows

Kompatibilitás

A Vina várhatóan működik Windows XP és újabb rendszereken.

telepítés

kattintson duplán a letöltött MSI fájlra, és kövesse az utasításokat

futás

nyissa meg a parancssort, és ha a Vina-t az alapértelmezett helyre telepítette, írja be

 "\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

ha Cygwin-t használ, akkor a fenti parancs a következő lenne:

/cygdrive/c/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help

a részletekért lásd a videó bemutatót.Ne felejtse el megnézni a GUI-k Egyéb szoftvereit stb.

Linux

Kompatibilitás

A Vina várhatóan x86-os és kompatibilis 64 bites Linux rendszereken fog működni.

telepítés

 tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

opcionálisan másolhatja a bináris fájlokat a kívánt helyre.

futás

./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --help

ha a futtatható fájl szerepel aPATH, akkor egyszerűen írja be a “vina --help” parancsot.A részletekért lásd a videó bemutatóját.Ne felejtse el megnézni a GUI-k Egyéb szoftvereit stb.

Mac

Kompatibilitás

A 64 bites verzió várhatóan működni fog Mac OS X 10.15 (Catalina) és újabb verziókon.A Vina 32 bites verziója várhatóan Mac OS X rendszeren fog működni 10.4-től (Tiger) 10.14-ig (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type “vina --help” instead.A részletekért lásd a videó bemutatóját.Ne felejtse el megnézni a GUI-k Egyéb szoftvereit stb.

épület forrásból

figyelem: épület Vina forrásból nem azt jelentette, hogy a rendszeres felhasználók!(ezek az utasítások elavultak lehetnek)

1. lépés: telepítsen egy C++ fordítóprogramot

Windows rendszeren érdemes telepíteni a Visual Studio alkalmazást; OS X-en, Xcode-on; Linuxon pedig a GCC fordítóprogramot.

2. lépés: Install Boost

Install Boost.(Version 1.41.0 használták, hogy összeállítsa a hivatalos bináris. Más verziók esetén a szerencse változhat)ezután építse fel és futtassa az egyik példaprogramot, például a Regex példát, hogy megerősítse, hogy elvégezte ezt a lépést. Ha ezt nem tudja megtenni, kérjük, kérjen segítséget a Boost közösségtől.

3.lépés: Vina létrehozása

ha Visual Studio-t használ, akkor három projektet hozhat létre:libmainéssplit, a megfelelő alkönyvtárak forráskódjával.libolyan könyvtárnak kell lennie, amelytől a többi projekt függ, ésmainandsplitalkalmazásoknak kell lennie. Az optimális teljesítmény érdekében ne felejtse el lefordítani a

Releasemódot.

OS X és Linux rendszeren érdemes navigálni a megfelelő build alkönyvtárba, testre szabni a Makefileaz elérési utak és a Boost verzió beállításával, majd írja be

make DEPENDMAKE

egyéb szoftver

jogi nyilatkozat: Ez a lista csak tájékoztató jellegű, és nem jelent jóváhagyást.

• kifejezetten az AutoDock Vina-val való használatra tervezett eszközök (nem fontossági sorrendben):
  • MGLTools, amely magában foglalja az AutoDock Tools (ADT) és a Python Molecular Viewer (PMV). ADT generálásához szükséges bemeneti fájlok AutoDock Vina, és PMV lehet használni megtekintésére eredmények
  • PyRx lehet használni, hogy hozzanak létre dokkoló és virtuális szűrés AutoDock Vina és az eredmények megtekintéséhez
  • az új Autodock/Vina plugin PyMOL lehet használni, hogy hozzanak létre dokkoló és virtuális szűrés AutoDock Vina és az eredmények megtekintéséhez
  • számítógéppel segített gyógyszer-Design Platform segítségével PyMOL egy másik plugin PyMOL, amely szintén integrálja AMBER, csökkentse és csúsztassa.
  • az AutoGrow az Autodock Vina-t használja racionális gyógyszertervezési eljárásában
  • az NNScore újra pontozza a Vina eredményeket egy mesterséges neurális hálózat segítségével, amely a bind és a PDBBind kötésére képzett.
  • A Vina GUI réteg Windows-hoz a Biochem Lab Solutions segítségével megkönnyítheti a virtuális szűrést az AutoDock Vina
  • VSDK használható a virtuális szűrés megkönnyítésére az AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV segítségével használt, hogy megkönnyítse a virtuális szűrés autodock Vina
  • drugdiscovery@TACC lehetővé teszi, hogy nem a virtuális szűrés Autodock Vina keresztül honlapján
  • NBCR CADD Pipeline hozzáférést biztosít a virtuális szűrés AutoDock Vina nbcr számítógépek
  • MOLA egy bootolható, önkonfiguráló rendszer virtuális szűrés segítségével AutoDock4/Vina számítógépes klaszterek
  • SMINA egy módosítása Vina, amely összeköti OpenBabel az I/O és támogatja a további csíp a pontozási funkció
  • off-Target Pipeline egy platform célja, hogy végezzen másodlagos cél azonosítása és dokkoló
  • AUDocker lehet használni, hogy megkönnyítse a virtuális szűrés AutoDock4/Vina a számítógépes klaszterek
  • szűrés autodock Vina
  • világ közösség rács lehet használni a minősített projektek az AutoDock Vina számítások ingyenes futtatására a számítógépek tömegesen párhuzamos hálózatán, ahol az önkéntesek adományozzák tétlen CPU-idejüket.
  • DockoMatic egy grafikus felhasználói felület célja, hogy megkönnyítse a virtuális szűrés AutoDock és AutoDock Vina.
  • VinaLC módosítása Vina a Lawrence Livermore Nemzeti Laboratórium, amely kihasználja az MPI számítógépes klaszterek
• egyéb eszközök, akkor valószínűleg hasznosnak találni dokkolás közben vagy virtuális szűrés AutoDock Vina:
  • a PyMOL az egyik legnépszerűbb molekuláris vizualizációs program, amely a dokkolási eredmények megtekintésére használható
  • az OpenBabel felhasználható különféle szerkezeti fájlformátumok konvertálására, a protonációs állapotok hozzárendelésére stb.
  • ChemAxon Marvin lehet használni, hogy szemléltesse struktúrák, átalakítani között különböző struktúra fájlformátumok, rendelni a protonációs állapotok, stb.

használat

összefoglaló

a használati összefoglaló a “vina --help

 bemenet: -- receptor arg A receptor merev része (PDBQT) - flex arg rugalmas oldalláncok, ha vannak ilyenek (PDBQT) - ligand arg ligandum (PDBQT)Keresési hely (szükséges): - center_x arg X a központ koordinátája-center_y arg y a központ koordinátája-center_z arg Z a központ koordinátája-size_x arg méret az X dimenzióban (Angstromok) - size_y arg méret az Y dimenzióban (Angstromok) - size_z arg méret az Y dimenzióban (Angstromok) - size_z arg méret az Y dimenzióban (Angstromok) - A Z dimenzió (angstroms) kimenet (opcionális): --out arg kimeneti modellek (pdbqt), az alapértelmezett alapján választjuk a ligandum fájl neve --log ARG opcionálisan, write Log filemisc (opcionális): --cpu arg a használandó CPU-k száma (alapértelmezés szerint megpróbálja felismerni a CPU-k számát, vagy ennek hiányában használja az 1-et) - seed arg explicit random seed-kimerültség arg (=8) a globális keresés kimerültsége (nagyjából arányos az idővel): 1+ --num_modes arg (=9) a generálandó kötési módok maximális száma --energy_range arg (=3) maximális energiakülönbség a megjelenített legjobb kötési mód és a legrosszabb között (kcal/mol)konfigurációs fájl (opcionális): --config arg a fenti opciók legyen ittinformáció (opcionális): -- help display usage summary-help_advanced display usage summary with advanced options-version display program version

konfigurációs fájl

a kényelem érdekében néhány parancssori opció elhelyezhető egy konfigurációs fájlban.

például:

 receptor = hsg1/merev.pdbqtligand = ligandum.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y = 25size_z = 25energy_range=4

ütközés esetén a parancssori opció elsőbbséget élvez a konfigurációs fájllal szemben.

Keresési tér

a keresési tér hatékonyan korlátozza a mozgatható atomok helyét, beleértve a rugalmas oldalláncokban lévő atomokat is.

kimerültség

aexhaustivenessalapértelmezett (vagy bármely adott) beállításával a keresésre fordított idő már heurisztikusan változik az atomok számától, a rugalmasságtól stb. Normális esetben nincs értelme extra időt tölteni a kereséssel annak valószínűségének csökkentése érdekében, hogy ne találjuk meg a pontozási függvény globális minimumát azon túl, ami lényegesen alacsonyabb, mint annak a valószínűsége, hogy a minimum messze van a natív konformációtól.Ha azonban úgy érzi, hogy a kimerültség és az idő közötti automatikus kompromisszum nem megfelelő, növelheti aexhaustivenessszintet. Ez lineárisan növeli az időt, és csökkenti annak valószínűségét, hogy nem találja meg a minimumot exponenciálisan.

kimenet

energia

a várható kötési affinitáskcal/mol.

RMSD

az RMSD értékeket a legjobb módhoz viszonyítva számítják ki, és csak mozgatható nehéz atomokat használnak. Az RMSD mutatóknak két változata áll rendelkezésre,rmsd/lb(rmsd alsó határ) ésrmsd/ub(rmsd felső határ), amelyek különböznek attól, hogy az atomok hogyan illeszkednek a távolságszámításhoz:

• rmsd/ub egyezik minden atom egy konformáció magát a másik konformáció, figyelmen kívül hagyva a szimmetria
• rmsd' egyezik minden atom egy konformáció a legközelebbi atom azonos típusú elem a másik konformáció (rmsd' nem lehet közvetlenül használni, mert nem szimmetrikus)
• rmsd/lb meghatározása a következő:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

hidrogénpozíciók

A Vina Egyesült Atom pontozási funkciót használ. Az Autodockhoz hasonlóan a bemeneti struktúrákban poláris hidrogénekre van szükség ahhoz, hogy a nehéz atomokat hidrogénkötés-donorként helyesen írja be. A Vina-ban azonban a csak a hidrogéneket mozgató szabadságfokok, például a hidroxilcsoport torziói degenerálódnak. Ezért a kimeneten néhány hidrogénatom várhatóan véletlenszerűen helyezkedik el (de összhangban van a kovalens szerkezettel). A united-atom kezelés esetében ez lényegében kozmetikai kérdés.

különálló modellek

az összes előre jelzett kötési mód, beleértve a rugalmas oldalláncok helyzetét is, egy multimodel PDBQT fájlba kerül, amelyet az “out” paraméter határoz meg, vagy alapértelmezés szerint választott, a ligandum fájlnév alapján. Szükség esetén ez a fájl megoszthatóaz egyes modellekhez egy külön “vina_split” nevű programot használva, amely a disztribúcióban szerepel.

Speciális beállítások

AutoDock a Vina “speciális opcióit” elsősorban a módszerek fejlesztése iránt érdeklődő emberek használják, nem pedig a végfelhasználók. A speciális opciókat tartalmazó Használati összefoglaló a következővel jeleníthető meg:

Vina --help_advanced

a speciális opciók lehetővé teszik

• pontozás minimalizálás nélkül
• csak helyi optimalizálás végrehajtása
• a bemenet randomizálása keresés nélkül (ez hasznos a dokkoló szoftver teszteléséhez)
• a súlyok megváltoztatása az alapértelmezett értékektől (lásd a papírt, hogy mit jelentenek a súlyok)
• az intermolekuláris pontszámhoz való egyedi hozzájárulások megjelenítése súlyozás előtt (ezek a következőkkel jelennek meg “--score_only“; lásd a dolgozatot a kifejezésekről)

virtuális szűrés

A virtuális szűrés elvégzéséhez érdemes kiválasztania az egyéb szoftverek alatt felsorolt eszközöket. Alternatív megoldásként, ha ismeri a shell szkripteket, virtuális szűrést is végezhet nélkülük.

az alábbi példák feltételezik, hogy a bash a shell. Ezeket az Ön egyedi igényeihez kell igazítani.

Windows

a virtuális szűrés végrehajtásához Windows rendszeren használhatja a Cygwin és az alábbi Bash szkripteket, vagy pedig adaptálhatja őket a Windows szkriptnyelvéhez.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.A szkript feltételezi, hogy avinabenne van aPATH.Ellenkező esetben módosítsa ennek megfelelően.

PBS Cluster

Ha Linux Beowulf clusterrel rendelkezik, akkor az egyes dokkolásokat párhuzamosan is elvégezheti.

folytatva a példánkat, ahelyett,hogy az összes dokkolást helyben hajtanánk végre egy hurokban,írunk egy *.job szkriptet ligandumonként, és a qsub (egy PBS parancs)használatával ütemezzük ezeket a szkripteket a klaszter által végrehajtandó ütemezésre.

futtassa ezt a shell szkriptet.A szkript feltételezi, hogy a vina és qsub benne vannak a PATH – ben.Ellenkező esetben módosítsa ennek megfelelően.

a feladatok ütemezése után nyomon követheti azok állapotát a következőkkel:

qstat-u `whoami`

a legjobb eredmények kiválasztása

Ha Unix-on van, és könyvtárakat tartalmazó könyvtárban van a pdbqt fájlokat, amelyek mindegyike Autodock Vina eredmények,előfordulhat, hogy ez a python script hasznos kiválasztja a legjobb eredményeket. Futtassa úgy:

vina_screen_get_top.py 10

A top 10 találat fájlneveinek lekéréséhez, amelyek ezután könnyen másolhatók.

előzmények

A verziók közötti változások rövid összefoglalói itt találhatók.

idézet

ha az AutoDock Vina-t használta a munkájában, kérjük, idézze:

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: a dokkolás sebességének és pontosságának javítása új pontozási funkcióval, hatékony optimalizálással és többszálúsággal,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

segítségkérés

kérjük, olvassa el ezt az oldaltha kérdése van az AutoDock Vina-val kapcsolatban.

hibajelentés

A potenciális hibajelentéseket nagyra értékeljük, még akkor is, ha nem biztos benne, hogy hibákról van szó.Kérjük azonban, hogy a hibajelentéshez ne mellékeljen segítségkérést.Lásd ezt az oldalt.

valószínű hibák:

• korai felmondás
• A Befejezés elmulasztása
• a kovalens hosszúságok vagy az invariáns szögek változása a kimeneten
• “nyilvánvalóan rossz” összecsapások (ellenőrizze a “keresési helyet”)
• nem ért egyet a dokumentációval

valószínűleg nem hibák:

• bármi, ami a Vina futtatása előtt vagy befejezése után történik
• alkalmi nézeteltérés a kísérlet során
• Vina megtagadta egy nem létező fájl megnyitását (pl. próbálja ki a ls conf.txt lehetőséget, hogy megnézze, valóban ott van-e a fájl)

jelentés

A jelentéseket elküldheti az AutoDock levelezőlistára. Kérjük, ne felejtsen el megadni egy leíró” tárgy ” Sort, valamint minden olyan információt, amely a látott probléma reprodukálásához szükséges.