az Unified Medical Language System: An Informatics Research Collaboration

absztrakt

1986-ban a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár (NLM) nagy multidiszciplináris, többhelyes csapatot állított össze az Unified Medical Language System (UMLS), egy együttműködési kutatási projekt, amelynek célja a számítógépek orvosi alkalmazásának alapvető akadályainak csökkentése. A kézzelfogható termékeken, az UMLS Tudásforrásokon és az informatika területére gyakorolt hatásán túl az UMLS projekt egy érdekes esettanulmány az együttműködésen alapuló kutatás-fejlesztés területén. Bemutatja a széles körben elterjedt kutatócsoportok közötti érdemi együttműködés erősségeit és kihívásait. Az elmúlt évtizedben a számítástechnika és a kommunikáció fejlődése minimalizálta az UMLS együttműködéssel kapcsolatos technikai nehézségeket, és megkönnyítette az UMLS tudásforrások fejlesztését, terjesztését és használatát. A világháló elterjedése növelte az UMLS munkájának középpontjában álló több szókincs és számos információforrás által okozott információhozzáférési problémák láthatóságát. Az idő kedvező arra, hogy az UMLS eredményeire építsünk, és nagyobb előrelépést érjünk el az UMLS projekt által több mint 10 évvel ezelőtt elsőként kiemelt informatikai kutatási kérdésekben.

az elmúlt 10 évben az Unified Medical Language System (UMLS)*1 megragadta az időt, tehetségek, és a figyelmet a sok informatikai kutatók széles körű tudományágak. A projekt az információs rendszerek fejlesztésének két fontos akadályának leküzdésére összpontosít, amelyek segíthetnek az egészségügyi szakembereknek a jobb döntések meghozatalában. Ezek az akadályok a különböző információforrásokban és a különböző felhasználók által használt terminológiák közötti különbségek, valamint a géppel olvasható információforrások puszta száma és eloszlása, amelyek relevánsak lehetnek bármely felhasználói lekérdezés szempontjából. Az UMLS olyan felhasználóbarát rendszerek fejlesztését támogatja, amelyek hatékonyan képesek lekérni és integrálni a releváns információkat különböző géppel olvasható forrásokból. E cél elérése érdekében az UMLS projekt négy, a rendszerfejlesztők számára tervezett többcélú tudásforrást hozott létre és terjesztett széles körben: a Metathesaurust, a szemantikus hálózatot, az információs források térképét, valamint a speciális lexikont és a kapcsolódó lexikális programokat.2 ezeket a tudásforrásokat számos különböző rendszerben és környezetben tesztelték és alkalmazták. Az UMLS-hez kapcsolódó kutatás és fejlesztés eredményeit tárgyalja és értékeli a publikált szakirodalom jelentős és egyre növekvő része.3

az UMLS nagyszabású, elosztott kutatási és fejlesztési projektként fejlődött az információs technológia és az egészségügyi ellátás hatalmas változásának évtizedén keresztül. A kézzelfogható termékeken és az informatikai kutatásra és gyakorlatra gyakorolt hatásán túl az UMLS egy érdekes esettanulmány az együttműködő kutatás és fejlesztés területén. Ennek a cikknek az a célja, hogy leírja, hogyan indították el, hajtották végre és irányították az UMLS projektet, és megvitassák azokat a kulcsfontosságú tényezőket, amelyek hozzájárultak annak hosszú élettartamához, eredményeihez és befejezetlen üzleti tevékenységéhez.

az UMLS projekt eredete

ennek célja program…is annak megoldása, hogy mi a legalapvetőbb akadálya a számítógépek alkalmazásának az orvostudományban; nevezetesen a szokásos nyelv hiánya az orvostudományban. Megpróbáljuk felépíteni ezt a szókincset, egy olyan nyelvet, amely keresztezi az orvosbiológiai szakirodalmat és a beteg megfigyeléseit, valamint az iskolai oktatási alkalmazásokat, egy olyan nyelvet, amely lehetővé teszi ezen területek összekapcsolását.4

—Donald A. B. Lindberg, M. D., március 19, 1985

Ezek a szavak bevezették az UMLS projektet az Egyesült Államokba. Kongresszus a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár 1986. évi költségvetési meghallgatásán. A nyilatkozat tükrözte annak a koncepciónak az első finomítási szintjét, amelyet Dr. Lindberg magával hozott, amikor 1984 augusztusában átvette az NLM igazgatói tisztségét. A szókincsprobléma megoldásának konkrét UMLS-megközelítése az elkövetkező néhány évben kialakulna. 1985 márciusában az NLM Kongresszusi támogatást kért egy hosszú távú kutatási és fejlesztési programhoz, amelynek célja az orvosi informatikusok nehézségeinek egyik oka, amikor megpróbálják integrálni a fejlett számítógépes döntéstámogatást a rutin betegellátásba. Az UMLS felépítésének—és különösen annak fenntartásának-feladatát úgy írták le, hogy meghaladja azt, amit bármely tudományos osztály vagy rövid távú kutatási támogatások gyűjteménye elvárhat. Ezért egy ilyen rendszer kezdeményezését, finanszírozását és végső soron fenntartását ésszerű vállalkozásként javasolták egy szövetségi kutatási ügynökség számára.

az UMLS programot az IAIMS kiegészítéseként és támogatásaként mutatták be: “az egységes orvosi nyelvi rendszer nagyban hozzájárul az integrált akadémiai információkezelő rendszerek (Iaims) végső sikeréhez. Elkerülhetetlen, hogy a jelenleg fejlesztés alatt álló különböző IAIMS rendszereket akadályozza az ilyen nyelv hiánya, mivel megpróbálják integrálni és összekapcsolni a meglévő információs erőforrásokat a klinikán és a kórházban, az osztályteremben, a könyvtárban, az adminisztratív központban, valamint a távoli hálózatokban és adatbázisokban….”5

az UMLS fejlesztésének ügye meggyőzőnek bizonyult, és a Kongresszus 1 millió dollárral egészítette ki az NLM 1986.évi költségvetését az UMLS-hez kapcsolódó kutatás-fejlesztésre. Ez a pénz volt az első és egyetlen kiegészítés az NLM kifejezetten az UMLS-munkára elkülönített alap előirányzatához. 1986-ban az NLM összehasonlítható összeget különített el az UMLS erőfeszítéseihez A Lister Hill Nemzeti Orvosbiológiai Kommunikációs Központ kapcsolódó intramuralis kutatási költségvetéséből. Az UMLS kutatási költségvetése továbbra is nagyjából évi 2 millió dollár volt, kivéve a projekten dolgozó NLM személyzet költségeit. Az 1990-es évek eleje óta az UMLS-hez kapcsolódó kutatások az NLM egészségügyi szolgáltatások kutatási információs programjának és az NLM kezdeményezésének néhány célkitűzését is támogatták a nagy teljesítményű számítástechnika és kommunikáció területén.

külső munkatársak kiválasztása és finanszírozása

mire a Kongresszus 1986-ban az UMLS számára forrásokat különített el, egy belső NLM UMLS menedzsment csapat6 körülbelül egy éve folytatott háttérvizsgálatokat és értékelte a projekt megszervezésének különböző lehetőségeit. Az NLM csapata példázza az UMLS kutatás kulcsfontosságú jellemzőjét—függését számos tudományág hozzájárulásától, beleértve az orvostudományt, az orvosbiológiai tudományt, az orvosi informatikát, a számítástechnikát, a könyvtárat és az informatikát, valamint a nyelvészetet. A csapat tagjai kiegészítő és szinergikus nézeteket hoztak a vitatott összetett kérdésekről. Amikor bármelyik tagnak ki kellett hagynia egy projekttalálkozót, a kulcsfontosságú perspektíva hiánya lassította a haladást.

kezdetben az NLM feltételezte, hogy erős külső kutatási együttműködőkre lesz szükség ahhoz, hogy előrelépést érjenek el az UMLS által kezelni kívánt információhoz való hozzáférés alapvető akadályainak leküzdésében. Az együttműködők kiválasztásának és finanszírozásának mechanizmusa kevésbé volt biztos. Különböző alternatívák mérlegelése után az NLM UMLS csapata a “feladat-sorrend” kutatási szerződést választotta a legmegfelelőbb eszközként az umls-en kívüli kutatási együttműködők finanszírozásához. A feladatmegrendelési kutatási szerződések olyan kutatási feladatok sorozatát foglalják magukban, amelyeket a szerződés teljes élettartama alatt meghatároznak és tárgyalnak. Ez a mechanizmus lehetővé tette az NLM és az együttműködők számára, hogy közösen módosítsák a kutatási kérdéseket és módszereket, hogy kihasználják az érintett problémák vagy az egészségügyi információs környezet változásainak jobb megértését. Ezzel szemben a “rendszeres” kutatási és fejlesztési szerződések megkövetelik a célok és módszerek előzetes meghatározását olyan specifikussági szinten, amely nem volt megfelelő a tervezett elosztott és evolúciós kutatási erőfeszítésekhez, különösen a projekt kezdeti feltárási szakaszában. A támogatási mechanizmusok, beleértve a rendszeres kutatási támogatásokat és az együttműködési megállapodásokat, túl kevés mozgásteret biztosítottak az NLM számára ahhoz, hogy több kutatási együttműködő erőfeszítéseit koordinálja.

volt néhány hátránya a feladat-rendelés kutatási szerződés mechanizmus az egyetemi alapú informatikai kutatócsoportok, akik valószínűleg ajánlatot az UMLS szerződések. 1986 – ban a legtöbb orvosi informatikai kutató nem ismerte azokat a szabályokat és előírásokat, amelyek bármilyen típusú kutatási szerződést szabályoztak, sőt üzleti irodáik sem voltak ismeretlenek a feladatmegbízási szerződésekkel kapcsolatban. A feladatmegrendelési szerződés korlátozta a nyomozó autonómiáját is, és felvetette azt a kísértetet, hogy az NLM olyan feladatokat bocsáthat ki, amelyek nem felelnek meg a sikeres ajánlattevők kutatási érdekeinek és napirendjének. A könyvtár ezt nem szándékozta megtenni, de a szerződéses mechanizmus lehetővé tette volna.

körülbelül egy évvel azután, hogy az UMLS koncepciót először bemutatták a kongresszusnak, az NLM kiadott egy pályázati felhívást (RFP) a feladat-megrendelés kutatási támogatási szerződésekre”… az UMLS és a kapcsolódó termékek létrehozásához szükséges logikai modellek és struktúrák fejlesztésére.”7 az RFP megismételte, hogy “az orvosbiológiai információkhoz való hatékony integrált hozzáférés fő akadálya a főbb információforrásokban használt osztályozási és Reprezentációs rendszerek hatalmas tömbje: a közzétett orvosbiológiai szakirodalom, betegnyilvántartások, orvosilag kapcsolódó adatbankok és orvosi tudásbázisok.”7 ez további finomítást tükrözött az NLM gondolkodásában a meghozandó megközelítésről:” ennek az alapvető orvosi információs problémának a megoldása az eltérő osztályozási rendszerek közötti fogalmi kapcsolatok kialakítása…. A gyakorlati eredmény egy Metathesaurus lesz, amely összekapcsolja a MeSH-t és más orvosi szempontból releváns tezauruszokat, valamint olyan kapcsolódó termékeket, amelyek segítik a széles körű információforrásokban rendelkezésre álló orvosi információk osztályozását és az azokhoz való hozzáférést.”7

az RFP számos olyan területet vázolt fel, ahol a feladatokat a sikeres ajánlattevőkhöz rendelnék. Ezek magukban foglalták a felhasználói információs igényeket, az ezen igényeknek megfelelő, géppel olvasható információk forrásait, az UMLS-összetevőkre vonatkozó funkcionális követelményeket, az ezen összetevők alternatív struktúráit és fejlesztési megközelítéseit, valamint a kutatási erőfeszítéseket támogató eszközöket. A pályázóknak be kellett mutatniuk saját elképzeléseiket az UMLS általános céljaival kapcsolatos kutatásokhoz, és—sok ajánlattevő számára érthetetlenül—konkrét megközelítést kellett javasolniuk egy olyan mintafeladathoz, amelyet valószínűleg soha nem fognak felkérni. Az UMLS céljaival kapcsolatos félreértések és a szerződéses mechanizmussal kapcsolatos fenntartások ellenére az NLM számos kiváló javaslatot kapott az RFP-re válaszul. Ezek egy része olyan már létező munkát tükrözött,amely befolyásolta az NLM UMLS-projekttel kapcsolatos gondolkodását, például a Massachusetts General Hospital MicroMeSH, 8 felhasználóbarát grafikus böngészője az orvosi tantárgyak szókincsének.

mint minden NIH kutatási szerződés esetében, a pályázatokat egy speciálisan összehívott, elsősorban nem kormányzati szakértőkből álló műszaki felülvizsgálati csoport értékelte. A technikai tárgyalások és a kapcsolódó költségvetési megszorítások után 1986 augusztusában az NLM négy kétéves UMLS kutatási és fejlesztési szerződést kötött hét különböző orvosi informatikai kutatócsoporttal. Ez volt az első a versenyszerűen odaítélt feladatrendelési kutatási szerződések közül, amelyeket kifejezetten az Általános UMLS kutatásra és fejlesztésre bocsátottak ki; a többit 1988-ban és 1991-ben ítélték oda. 1992-ben és 1995-ben az NLM kisebb versenyképes megrendeléseket adott ki, hogy megkönnyítse az UMLS tudásforrások alkalmazását további intézményekben. 1993-tól kezdődően az NLM támogatott néhány UMLS-hez kapcsolódó kutatási és fejlesztési projektet a nagy teljesítményű számítástechnikai és kommunikációs program részeként kiadott kutatási szerződések és együttműködési megállapodások keretében. Ezeken a különböző mechanizmusokon keresztül számos kutató és intézmény kapott NLM finanszírozást az UMLS kutatásához.9

1986 óta az UMLS projekt számos intézményben részesült Orvosi Informatikai ösztöndíjasok tehetségéből, NLM Kutatási Képzési támogatásokkal. Egyes esetekben az UMLS munkája jelentősen befolyásolta későbbi karrierjüket és kutatási érdeklődésüket. Többen, akik először az UMLS kutatásán dolgoztak, mint ösztöndíjasok a képzési programokban, fő nyomozókká vagy társkutatókká váltak a később odaítélt UMLS-szerződésekben vagy támogatásokban. Amint azt az UMLS projekt elején elképzelték, az UMLS komponensek biztosítják az integrált információs rendszerekhez szükséges infrastruktúra egy részét, amelyek az IAIMS középpontjában állnak. Számos IAIMS intézmény vett részt közvetlenül az UMLS kutatásában.

együttműködési keret létrehozása

szeptember 12-13, 1986, az új UMLS vállalkozók találkoztak Bethesda az NLM belső UMLS projekt csapat az első, ami lett egy sor általános UMLS projekt ülések tartottak 6 hónapos időközönként a következő 8 évben. (Ezeket időről időre kisebb munkamenetek egészítették ki, amelyekben az UMLS-munkatársak részhalmazai vettek részt, akik bizonyos témákat vizsgáltak.) Néhányan úgy gondolták, hogy izgalmas és fontos törekvésbe kezdtek. Néhányan azon tűnődtek, hogy mibe keveredtek. Az izgalom és a nyugtalanság nem zárja ki egymást. Az NLM kontingens elégedett volt a szerződéskötési folyamat kezdeti eredményével, és alig várta, hogy folytathassa az UMLS projekt érdemi munkáját. Azt is tudták, hogy valószínűleg nehéz lesz egy ilyen eltérő és nagy teljesítményű csoportot nagyjából ugyanabba az irányba tartani—különösen azért, mert a pontos rendeltetési hely még nem volt egyértelműen meghatározva.

a napirenden elkerülhetetlenül szerepelt a kommunikáció technikai szempontjainak megvitatása és a résztvevők közötti együttműködés. Még 1986-ban is az Internet volt az ésszerű választás az UMLS-munkatársak közötti rutin kommunikációhoz, de szinte az összes UMLS-kutatóhely néhány nyomozója UMLS-részvételük részeként először lett internetes e-mail felhasználó. Iránymutatásokat is kidolgoztak a géppel olvasható adatok helyek közötti cseréjére (akkoriban hajlékonylemezeken). A web előtti korszakban a közös hardver-és szoftverplatformok megtalálásának problémája nagy volt. Az együttműködők csoportja MS-DOS személyi számítógépek, Macintosh személyi számítógépek és Unix-alapú munkaállomások felhasználói voltak. Az UMLS számos résztvevője hamarosan NLM alapokat használna “idegen” gépek vásárlására, hogy más résztvevők által kifejlesztett alkalmazásokat használhassanak. Néhány UMLS-vállalkozót felkértek bizonyos szoftvercsomagok használatára, hogy eredményeik jobban kompatibilisek legyenek az NLM kutatási erőfeszítéseivel. Legalább néhány esetben ez a megközelítés akadályozná a vállalkozó előrehaladását a feladat lényegében.

korlátozott vita folyt a szellemi tulajdonjogokról is, különösen a vállalkozók meglévő szellemi tulajdonával, például szoftverekkel vagy tudásbázisokkal kapcsolatban, amelyek alkalmazhatók az UMLS kutatásában. Az NLM-nek és munkatársainak közös érdeke volt annak biztosítása, hogy az együttműködők korábban kifejlesztett szellemi tulajdona ne kerüljön automatikusan közkincsbe az UMLS-erőfeszítésekben való felhasználása miatt. Az UMLS-szerződések különleges adatjogi záradéka azonban biztosította, hogy az NLM által finanszírozott kutatás eredményeként létrehozott központi UMLS-összetevők tartalma Az Egyesült Államok kormányához tartozzon, ezért nyilvános legyen.

a legösszetettebb feladat az volt, hogy meghatározzuk, hogyan lehet együttműködni az UMLS-kutatás anyagában. Az 1987. márciusi második umls-vállalkozói találkozó végére meghatározták az érdemi együttműködés általános paramétereit. Lényegében minden UMLS-munkatárs kétféle munkát végzett: az NLM-mel és más UMLS-munkatársakkal közösen kidolgozott feladatok, amelyek segítenek az UMLS központi összetevőinek meghatározásában, felépítésében és tesztelésében, valamint az umls kutatási céljaival és helyi kutatási prioritásaival kapcsolatos egyedi tervezésű és motivált projektekben. A közös UMLS feladat egyik példája volt az UMLS szemantikai hálózat szemantikai típusainak és kapcsolatainak kezdeti halmazának meghatározása.10 az UMLS összes kutatócsoportja részt vett ebben a tevékenységben, néhányuk speciálisan fókuszált tanulmányokat végzett a szemantikai típusok és kapcsolatok lehetséges halmazainak azonosítására, és mindegyikük áttekintette és kritizálta a típusok és kapcsolatok több vázlatkészletét. Véleménykülönbségek voltak a hálózat legtöbb aspektusával kapcsolatban, beleértve azt is, hogy több típusra vagy több kapcsolatra lenne szükség. (Az UMLS szemantikai hálózat első verziója 133 szemantikai típussal és 37 kapcsolattal jelent meg.) Az egyéni munkatárs által meghatározott és végrehajtott UMLS-projekt egyik példája a Pittsburghi Egyetem tanulmánya az orvosok információs igényeiről az orvosi fordulók összefüggésében.11 Az UMLS követelményeinek jobb megértése érdekében ez a projekt Néprajzi technikákat alkalmazott az információs igények széles körének azonosítására. Ennek közel felét tudáson alapuló információforrásokkal vagy beteg-és tudásalapú információk szintézisével lehetne kielégíteni. Egy másik, egyénileg definiált projekt példájában az NLM intramural munkatársai kifejlesztettek egy tesztgyűjteményt a felhasználói lekérdezésekről és a Medline-idézetekről, amelyeket ezeknek a lekérdezéseknek a relevanciájára értékeltek a bibliográfiai visszakeresési kísérletekben való felhasználásra.12

az UMLS vállalkozói erőfeszítéseinek többségét egyedileg meghatározott kutatási projektekre fordították, de a kétféle tevékenységhez rendelt erőfeszítések szintje az UMLS projekt különböző szakaszaiban és a különböző együttműködők esetében eltérő volt. Például 1989-től a Lexical Technology, Inc., szinte teljes egészében az UMLS Metathesaurus tervezésével, fejlesztésével és tesztelésével kapcsolatos kutatásokra összpontosított, és számos konkrétabb, versenyképes kutatási szerződést kapott erre a munkára. Mivel az UMLS projekt első szakaszát szándékosan az UMLS munkatársai által azonosított összes lehetséges megközelítés feltárására fordították, kezdetben nagy hangsúlyt fektettek az egyénileg meghatározott projektekre. Ahogy az UMLS Metathesaurus és a szemantikus hálózat általános körvonalai kezdtek kialakulni, minden vállalkozó jelentős erőfeszítéseket tett olyan feladatokra, amelyek segítettek meghatározni ezen összetevők kezdeti szerkezetét és tartalmát.

a közös és az egyéni projektek közötti különbségek elmosódtak az UMLS erőfeszítéseinek előrehaladtával. Minden résztvevő hozzájárult az UMLS célkitűzéseinek és módszereinek fejlesztéséhez és jobb meghatározásához, és befolyásolta őket az umls projekt találkozókon folytatott élénk és provokatív eszmecsere és vélemények. Ennek eredményeként az egyéni vállalkozók olyan projekteket terveztek, amelyek a helyi érdekeket célozták meg, miközben közvetlenül hozzájárultak az UMLS hipotézisek kidolgozásához és teszteléséhez. Miután az UMLS tudásforrások első kiadása 1990-ben megjelent, az NLM által finanszírozott 13 UMLS-munkatárs jelentős erőfeszítéseket tett ezen összetevők tesztelésére különféle alkalmazásokban. A cél az volt, hogy felmérjék hasznosságukat különböző célokra, visszajelzéseket generáljanak a szerkezetük és tartalmuk kívánatos változásairól és fejlesztéseiről, valamint azonosítsák, hogy szükség van-e további központilag kifejlesztett UMLS eszközökre. A sok példa közül az egyiket idézve a Yale School of Medicine Psychtopix14 korai sikeres demonstrációt nyújtott az automatizált Medline keresésekről, hogy segítse a pszichiátriai lakosokat a fekvőbeteg-szolgáltatásokkal kapcsolatos klinikai konzultációk elvégzésében. Ez a projekt ösztönözte az Amerikai Pszichiátriai Társaság mentális és viselkedési rendellenességek diagnosztikai és statisztikai kézikönyvéből (DSM) származó szókincs beépítését a Metathesaurusba, és azt is tesztelte, hogy megvalósítható-e a speciális célú interfészek összekapcsolása az NLM Grateful Med keresőmotorjával.

kulcsfontosságú Projektdöntések meghozatala

a projekt kezdetétől kezdve az NLM arra számított, hogy az UMLS néhány rendszeresen terjesztett és karbantartott terméket eredményez, hasonlóan a könyvtár orvosi Tárgycímeihez (MeSH) vagy Medline. Elsősorban ezért az NLM fenntartotta magának a végső döntéshozatali hatalmat a központilag kifejlesztett UMLS komponensek jellemzőivel kapcsolatban. A döntések gyakran egy iteratív folyamat eredményei voltak. Először is, az NLM a munka elemeinek és az UMLS-résztvevők ajánlásainak értékelését követően választana ki egy alapvető megközelítést. Ezt aztán megvitatnák, finomítanák és elkerülhetetlenül javítanák az összes együttműködő, beleértve azokat is, akik esetleg erősen támogatták az eltérő alapvető megközelítést. Szerencsére az NLM-et olyan munkatársak áldották meg, akik kitartóan szorgalmazták ajánlásaikat, még az NLM-mel való nyilvánvaló egyet nem értés ellenére is, azzal a hajlandósággal, hogy minden erőfeszítést megtesznek az NLM végső döntéseinek javítására és támogatására, még akkor is, ha ezek nem esnek egybe saját preferenciáikkal.

az iteratív döntéshozatal fontos példája volt az UMLS Metathesaurus és a szemantikus hálózat általános paramétereinek kezdeti meghatározása. Abban az időben, amikor ezeket a döntéseket meghozták, a San Francisco-i Kaliforniai Egyetem (később a Lexical Technology, Inc.), az automatizált lexikális feldolgozási módszerek alkalmazásáról a géppel olvasható orvosi információk meglévő forrásainak hasznosítására15 szorosan illeszkedett az NLM érdeklődéséhez a skálázható, karbantartható megközelítések iránt. Más UMLS-munkatársak korai munkája a fogalmak új formális reprezentációinak létrehozására összpontosított, mint potenciális “kanonikus formák”, amelyekhez a meglévő szókincsek kifejezései leképezhetők.16-18 az a hipotézis, miszerint az orvosi fogalmak robusztusabb, géppel olvasható ábrázolása segítené az eltérő forrásokból származó információk visszakeresését és integrálását, vonzó volt (és van). Az NLM véleménye szerint azonban a korai UMLS-munka során tesztelt módszerek nem voltak skálázhatók az UMLS Metathesaurus számára szükséges mértékben, és az sem volt egyértelmű, hogy az eredmény szükségszerűen általánosabban elfogadható lenne, mint az orvosi koncepciók rendszerezésére tett korábbi erőfeszítések. A San Francisco-i Kaliforniai Egyetem javaslata, amely lépésről lépésre javasolta a Metathesaurus felépítését, kezdve a kiválasztott orvosbiológiai szókincsekben szereplő összes szó lexikonjának kiszámításával, praktikusabbnak tűnt az NLM számára. Amikor a javaslat megvitatása és finomítása az UMLS összes munkatársa által befejeződött, az eredeti UMLS Metathesaurus meghatározása lényegesen több szemantikai tartalmat tartalmazott, mint az eredeti javaslat első lépésében. Meghatározták egy második UMLS tudásforrás, a szemantikus hálózat általános paramétereit is.

Ez jól példázza az NLM és az UMLS számos munkatársa közötti folyamatos vitát az UMLS Metathesaurus és a szemantikus hálózat számára létrehozandó új szellemi tartalom mennyiségéről. Általánosságban elmondható, hogy a legtöbb UMLS-munkatárs az eredeti tartalmat részesíti előnyben; az NLM a hosszú távú karbantartási és erőforrás-problémák figyelembevételével az UMLS-célok eléréséhez szükséges minimumot részesíti előnyben. Az UMLS tudásforrások iteratív finomítására irányuló vágyával összhangban a könyvtár további kísérletek iránt érdeklődik annak meghatározására, hogy mely tartalomjavítások valószínűleg a legelőnyösebbek. Az együttműködők nem indokolatlanul állították, hogy egyes kísérleteknek nincs értelme, amíg további tartalom nem áll rendelkezésre. Meglehetősen következetesen javasolták részletes klinikai szókincs létrehozását kifejezetten a Metathesaurus számára, valamint specifikusabb szemantikai típusok és kapcsolatok hozzáadását a szemantikai hálózathoz a klinikai rendszerekben való felhasználás céljából.

az UMLS számos munkatársa nem értett egyet az NLM azon korai döntésével, hogy a Metathesaurus hatókörét lényegében egyenértékűnek határozza meg a forrásszótárak kombinált hatókörével. Jó okkal állították, hogy az 1988-ban rendelkezésre álló géppel olvasható szókincsek egyike sem biztosította a betegek nyilvántartásához szükséges részletes klinikai fogalmak megfelelő lefedettségét. Az NLM azonban arra az álláspontra helyezkedett, hogy nem foglalkozhat kifejezetten a Metathesaurus számára kifejlesztett, kiterjedt, új, ellenőrzött szókincs kifejlesztésével, amíg a meglévő releváns szókincseket be nem építették. Hasonlóképpen, az NLM maga sem vállalhatta a számítógépes betegnyilvántartó rendszerek támogatásához szükséges teljes szókincs fejlesztését az Egyesült Államokban. A könyvtár azonban képes volt arra ösztönözni, hogy az egészségügyi és Humán Szolgáltatások Minisztériuma egyre nagyobb felelősséget vállaljon ezen a területen.

rövid távon az NLM megközelítése az UMLS Metathesaurus korai kiadásaihoz vezetett, amelyek tartalma számos fontos klinikai alkalmazáshoz nem volt elegendő. A hosszabb távú hatás kevésbé biztos. Egyesek azt állítják, hogy az informatikai területet jobban szolgálta volna az orvosi koncepciók új umls kanonikus ábrázolásának kidolgozása. Mások szerint a SNOMED International és a Read Clinical Classification kifejlesztése és kiadása, valamint a Metathesaurus-ba való beépítése bizonyos mértékben igazolja a könyvtár azon döntését, hogy nem hoz létre új klinikai szókincset, csakúgy, mint a legutóbbi NLM/AHCPR nagyszabású Szókincsteszt eredményei.19 az egészségbiztosítás hordozhatóságáról és elszámoltathatóságáról szóló 1996.évi törvény (HIPAA) adminisztratív egyszerűsítésre vonatkozó rendelkezéseinek végrehajtására irányuló jelenlegi munka, amelyhez az NLM is hozzájárul, szintén foglalkozhat a klinikai szókincs fenntartásának és terjesztésének folyamatos Szövetségi támogatására és koordinációjára20 —amely minden UMLS-megbeszélés fontos alszövege volt.

a legtöbb, ha nem az összes UMLS-döntés kevésbé volt ellentmondásos, mint azok, amelyek meghatározták a Metathesaurus és a szemantikai hálózat alapvető jellemzőit, de mások is illusztrálták a multidiszciplináris kutatás nehézségeit és előnyeit. Ez különösen igaz az UMLS Metathesaurus tartalmával, formátumával és karbantartási rendszereivel kapcsolatos számos döntésre. Általában az NLM és a Lexical Technology, Inc. a Metathesaurus tartalmában és formátumában számos változtatás más UMLS-munkatársak javaslatain alapult. A formátumváltozásokat rutinszerűen eljuttatták a nagyobb csoporthoz észrevételek és felülvizsgálatok céljából a végleges végrehajtás előtt.

az NLM és a Lexical Technology, Inc.munkatársai., szinte mindig egyetértenek a Metathesaurus karbantartásának végcéljaiban. Néha az azonnali kompromisszumok között különböznek a mögöttes szoftverrendszerek egyszerűsége és karbantarthatósága, a metathesaurus tartalmának végső felülvizsgálatáért felelős emberi szerkesztők kognitív terhelésének csökkentésének szükségessége, a metathesaurus minden évben jelentős kiegészítő tartalommal való kiegészítésének vágya, valamint a kiadási ütemtervek betartásának fontossága. Amikor nézeteltérések merülnek fel, Lexical Technology, Inc., képviseli a fejlett számítástechnikai perspektívát; az NLM nézőpontja tükrözi a tudásmunkásokat támogató szoftverrendszerek fejlesztésében, valamint az adatbázis-termékek előállításában és forgalmazásában szerzett tapasztalatokat, valamint az arc érvényességével kapcsolatos aggodalmat. A különböző perspektívák téves kommunikációhoz vezethetnek. Egy emlékezetes korai félreértésben, Lexical Technology, Inc., feltételezve, hogy az” egyedi azonosítónak ” korlátozott technikai jelentése van, míg az NLM valójában a metathesaurus fogalmainak állandó kontextusmentes azonosítóit támogatta. Amikor a füst megszűnik, a két nézőpont kölcsönhatása általában mindkét fél számára elfogadható eredményt ért el, és gyakran jobb, mint bármelyik eredeti álláspontja.

az UMLS és az információs technológia fejlődése

az UMLS erőfeszítéseinek alapjául szolgáló fontos feltételezés az, hogy “információs rendszereket kell használni, ha javítani akarnak. Annak biztosítása érdekében, hogy az UMLS komponensek a lehető leghamarabb tényleges felhasználást kapjanak, a végső soron kívánt képességek egymást követő közelítéseinek sorozatán keresztül fejlesztik őket. Az UMLS komponensek korai verziói viszonylag egyszerű struktúrák lesznek, amelyek szerény fejlesztéseket kínálnak a jelenlegi rendszerekhez az orvosbiológiai kifejezések és fogalmak közötti összefüggések ábrázolása tekintetében. A későbbi verziókban a komplexitás hozzáadódik, mivel a tényleges használat azt mutatja, hogy szükséges. A széles körű használat és visszacsatolás megkönnyítése érdekében az UMLS komponensek összes verzióját a legkülönbözőbb hardverekkel és szoftverekkel kompatibilis formátumokban terjesztjük.”21 az 1990-es első kiadástól kezdve az UMLS tudásforrások minden érdeklődő hazai és nemzetközi felhasználó számára ingyenesen elérhetők voltak, 1990-96 között egy kísérleti megállapodás feltételei mellett, 1997-től pedig egy szokásos licencszerződés alapján. Amint azt korábban kifejtettük, az NLM különféle mechanizmusokon keresztül finanszírozást nyújtott az UMLS-alkalmazásokhoz is.

az UMLS minden érdekelt fél számára történő ingyenes terjesztésének és a célzott kutatási és fejlesztési erőfeszítések célzott finanszírozásának kettős stratégiáját 1990 óta követik. Egyre sikeresebbé vált, ahogy a rendszerfejlesztők rendelkezésére álló információs technológia javult, ahogy az NLM új technológiát alkalmazott az UMLS tudásforrások hozzáférhetőbbé tételéhez, valamint ahogy az UMLS Metathesaurus és a lexikai eszközök tartalma Érett. Bár a kifejezés újabb, mint a projekt, lényegében az UMLS erőfeszítésének célja a “középáruk” felépítése, amely lehetővé teszi a fejlett képességeket számos különböző egészségügyi információs rendszerben. Egészen a közelmúltig az UMLS projekt ezt a középárut építette egy olyan jövő számára, amely még nem érkezett meg—a jövőben a klinikai információs rendszerek jelentős növekedése, a hardver-és szoftverkompatibilitási problémák hirtelen csökkenése, a géppel olvasható tudásalapú információforrások robbanása, valamint a nagy sebességű számítástechnikai és kommunikációs képességek egyre növekvő elérhetősége. Mielőtt ez a jövő jelentős számú Rendszerfejlesztő számára valósággá vált volna, nehéz volt megérteni az UMLS projekt céljait, és még nehezebb volt az UMLS tudásforrások prototípus-alkalmazásainak felépítése, telepítése és tesztelése.

ebben a tekintetben, mint sok másban, az UMLS-vállalkozók korai nehézségei kiváló előrejelzői voltak azoknak a problémáknak, amelyek még súlyosabbak lennének az Általános Informatikai közösségben. Az akkor alkalmazott szoftverrendszerekkel és technikákkal nehéz, ha nem lehetetlen volt tesztelni az UMLS tudásforrások használatát a meglévő operációs rendszerekkel kombinálva. Mint már említettük, a projekt kezdetén a hardver és a szoftver inkompatibilitása jelentős akadályt jelentett az UMLS-résztvevők közötti sokféle együttműködés előtt. Sok webhely még nem rendelkezett olyan helyi hálózattal, amely felhasználható lenne erőforrás-igényes UMLS-alkalmazások telepítésére a felhasználói webhelyekre. Kevés intézmény rendelkezik olyan internetkapcsolattal, amely támogatná az alkalmazások hatékony használatát a távoli szervereken. A hardver és a szoftver inkompatibilitása gyakran problémát jelentett azok számára, akik jó Internet-hozzáféréssel rendelkeztek. Ezek a tényezők sok potenciális UMLS alkalmazásfejlesztőt elriasztottak. Akadályozták, sőt kizárták az umls vállalkozók által kifejlesztett prototípus-alkalmazások más helyszíneken történő értelmes tesztelését is.

az UMLS-vállalkozók helyesen jósolták meg, hogy az UMLS-tudásforrások mérete, összetettsége és ismeretlensége szintén visszatartja a felhasználást. Egyes munkatársak úgy gondolták, hogy az NLM – nek nem szabad kiadnia a Tudásforrásokat olyan kapcsolódó eszközkészlet nélkül, amely megkönnyítette azok használatát. Itt ismét a hardver és a szoftverplatform problémái bonyolították a problémát. Az UMLS projekt kezdeti napjaiban a platformfüggetlen kód “technikailag lehetséges” volt, de gyakran gyakorlatilag nem valósítható meg. A könyvtár vonakodott erőforrásokat fordítani több platform eszközeinek fejlesztésére, különös tekintettel arra, hogy nehéz megjósolni, hogy milyen eszközökre lesz szükség, valamint az UMLS tudásforrások formátumának jelentős változásainak bizonyossága. A Metathesaurus alkalmazásának korai kísérletei azt mutatták, hogy kezdeti relációs formátuma nem volt egyértelmű és nehézkes. A relációs formátumot ezért jelentősen leegyszerűsítették az 1992-es kiadásnál.22 a Metathesaurus valamennyi korai használója jelentős időt és erőfeszítést fordított arra, hogy a kifejezésekhez tartozó indexeket készítsen. Ezek minősége és kifinomultsága igen változatos volt, és természetesen olyan kísérleti eredményekhez vezettek, amelyek következetlenek és összehasonlíthatatlanok voltak. Ennek a problémának a megoldására 1994-ben az NLM elkezdte terjeszteni a szó -, normalizált szó-és karakterlánc-indexeket a Metathesaurusszal, valamint a speciális lexikonokkal és lexikális programokkal, amelyeket ezen indexek előállításához használtak.23 a metathesaurus indexek bármely bemeneti kifejezésre történő felépítéséhez használt eszközök alkalmazásával a rendszerfejlesztők optimalizálják annak esélyét, hogy a külső kifejezéseket összekapcsolják a Metathesaurus kapcsolódó információival. Önmagukban és a Metathesaurus és a szemantikus hálózattal kombinálva a speciális lexikon és lexikai programok hatékony eszközök a természetes nyelv feldolgozásához. Az UMLS tudásforrások részeként történő felvételüket a Columbia Egyetem UMLS Kutatócsoportjának nyelvészei erősen ajánlották.

miközben az UMLS Metathesaurus formátumának racionalizálásán, tartalmának bővítésén és az UMLS Tudásforrásainak lexikális erőforrásokkal való kiegészítésén dolgoztak, az internethez, majd a világhálóhoz és a platformfüggetlen böngészőkhöz való hozzáférés növekedett. Ezek a fejlesztések mind fokozták az UMLS tudásforrások iránti érdeklődést, mind egyszerűsítették használatukat. A Web könnyen hozzáférhető eszközt biztosít a jelenlegi UMLS adatlapok és dokumentáció terjesztéséhez, és sok új UMLS-felhasználó “felfedezi” az Umls-t az Interneten. Internet-hozzáférés az UMLS Knowledge Source Server24 kínál egy egyszerű módja a felhasználóknak, hogy vizsgálja meg a tartalmát és formátumát az UMLS tudásforrások, hogy töltse le részhalmazok beépítése a helyi szoftver, vagy beágyazni hozzáférést NLM szerver helyi alkalmazások. A könyvtár továbbra is terjeszti az összes UMLS fájlt CD-ROM-on. Egyes felhasználók még mindig nem rendelkeznek jó internetkapcsolattal, és még a nagy sebességű Internet-hozzáféréssel rendelkezők is vonakodhatnak a több mint 800 megabájt Metathesaurus fájlok ftp-jétől.

szerencsére az UMLS Metathesaurus nagy és növekvő mérete sokkal kevésbé problematikus a végfelhasználói alkalmazások telepítése szempontjából. Ennek a jelenségnek az egyik példája az NLM azon képessége, hogy az eredetileg a DOS-alapú Coach expert search assistant25 számára kifejlesztett speciális keresési képességeket sokkal szélesebb közönség számára elérhetővé tegye az Interneten keresztül Grateful Med.26 Medline felhasználó, akik betöltötték és tesztelték a Coach alkalmazást az egyes dos munkaállomásokon vagy LAN szervereken, lelkesedtek a funkcionalitásáért; nagyrészt azért, mert a Metathesaurus adatait tartalmazta, azonban túl nagy volt ahhoz, hogy a legtöbb helyszínen felszerelhető legyen. Az Internet Grateful Med segítségével a nagy Metathesaurus fájlok és a fejlett keresési funkciók az NLM nagy teljesítményű szerverein találhatók, és a felhasználónak csak egy webes munkaállomásra és böngészőre van szüksége. Az új verziók azonnal elérhetők minden felhasználó számára. Több száz ember segített a béta – tesztelés Internet hálás Med. Az ilyen széles körű tesztelés megfizethetetlenül erőforrás-igényes volt, amikor a szoftverek másolatait sok helyen kellett elosztani és betölteni. A jelenlegi kedvező környezetben egyre több jelentős webes alkalmazás használja az UMLS Metathesaurust. Ilyen például az Internet DXplain, a 27 CliniWeb,a 28 és az Medical World Search.29

miután a Java és a webes technológia, az örökölt rendszerek webalapú interfészei és az egészséggel kapcsolatos információk gyors növekedése egyszerűsítette a különböző géppel olvasható információforrások összekapcsolásával és kölcsönhatásával kapcsolatos nehéz technikai problémákat. Az internetes fejlesztések kiemelik és növelik annak fontosságát, hogy megvalósuljon az UMLS-célkitűzés, amelynek célja, hogy segítse a felhasználókat a rendelkezésre álló források tengeréből származó releváns információk megtalálásában és lekérdezésében. Az Internet a potenciálisan releváns információk beolvasásának és visszakeresésének új megközelítéseit is ösztönözte. Az UMLS munkatársai az online információforrások ember által olvasható és géppel értelmezhető leírásainak Információforrási térképén kezdtek dolgozni az internetkapcsolat drámai növekedése vagy a Web feltalálása előtt,30,31 de gyorsan észrevették, hogy az új fejlesztések nagy előrelépési lehetőségeket kínálnak az UMLS információforrások térképének kezelésére tervezett problémák terén.32 Mindazonáltal ezek a drámai változások átmenetileg megzavarják az UMLS azon erőfeszítéseit, hogy meghatározzanak egy olyan módszert a rendelkezésre álló, géppel olvasható információforrások leírására, amely megkönnyítené a releváns forrásokból származó információk automatikus kiválasztását és visszakeresését. Az NLM munkatársai újra megvizsgálták a géppel olvasható információforrások leírására és hozzáférésére vonatkozó feltételezéseiket, mivel ők és sokan mások a webalapú információk robbanásszerű növekedésének következményeit vizsgálják.

mivel az információs technológia fejlődése javította egyes UMLS-alkalmazások kiépítésének, tesztelésének és telepítésének kilátásait, és megváltoztatta a probléma jellegét másoknál, megkönnyítették a Metathesaurus fejlesztését és karbantartását is. A Metathesaurus felépítésében részt vevő fő felek az Egyesült Államok szemközti partjain találhatók—az NLM Washington DC-ben és a Lexical Technology, Inc., Alamedában, Kalifornia. Egy metathesaurus méretű, két telephellyel rendelkező projekt esetében a logikus megközelítés az alapul szolgáló karbantartási rendszer közös platformjának kiválasztása és megvalósítása volt. Lényegében nem volt vita a relációs adatbázis-technológia és a Unix gépek használatáról a Metathesaurus felépítésének hátsó részében. Az Ingres-t könnyen választották relációs adatbázis-kezelő szoftverként a Lexical Technology, Inc.tapasztalatai alapján., volt ezzel a szoftverrel. Amikor az NLM megkezdte a metathesaurus szerkesztők interfészének fejlesztését, egy negyedik generációs nyelvet (Windows 4GL) választottak ki, amely alapul szolgál a különböző típusú munkaállomások szerkesztéséhez és a háttérrendszer esetleges áttelepítéséhez egy másik relációs szoftvercsomaghoz. Tekintettel az együttműködők közötti távolságra és az egyes helyszíneken végzett feladatok kölcsönös függőségére, a megbízható, nagy sebességű kommunikáció gyorsan elengedhetetlenné vált a Metathesaurus felépítéséhez. 1993 elején a Lexical Technology, Inc., telepített egy T1 kapcsolatot, amely lehetővé teszi a kezdeti forrásszótárak és frissítések, az előzetes Metathesaurus rekordok és a végső szerkesztett adatok hatékonyabb átvitelét az NLM-be és onnan, valamint megkönnyíti a számítási erőforrásokhoz való megosztott távoli hozzáférést. A fejlett kommunikáció lehetővé tette az NLM számára, hogy támogassa a Metathesaurus szerkesztési felületet az elosztott helyszíneken, bár eddig csak korlátozott mértékben. Az NLM / AHCPR nagyszabású Szókincstesztje nemrégiben bizonyította a szókincsek fejlesztésével és karbantartásával kapcsolatos feladatok szélesebb körű elosztásának jelenlegi lehetőségeit. Az UMLS Knowledge Source Server képességeire építve egy speciális tesztfelület lehetővé tette több mint 60 résztvevő számára, hogy több mint 41 000 kifejezést keressen a meglévő ellenőrzött szókincsekben, és az eredményeket szabványos formátumban küldje el az NLM-nek egy 5 hónapos időszak alatt.33

az UMLS hatása

a közzétett szakirodalmi dokumentumok, amelyek szerint az UMLS 1986 óta segített az orvosi informatikai kutatási menetrend kialakításában. 3 ez nagyrészt a költségvetésének köszönhető, amely több mint 100 amerikai munkát finanszírozott. számos tudományág nyomozói, de vannak más tényezők is. Az UMLS célkitűzései továbbra is meggyőzőek. A technológiai fejlődés javította az UMLS kutatási kérdések vizsgálatának módszereit anélkül, hogy csökkentené e kérdések fontosságát. Az évek során az UMLS tudásforrások jelentős kutatási és fejlesztési eszközökké fejlődtek. Az UMLS projekt ösztönzést és lehetőséget kínál az intézményközi együttműködés ösztönzésére is. Sok informatikus (például Evans et al.34) az umls-ben való részvétel részeként először tapasztalták meg az érdemi kutatási együttműködés jutalmát és csalódottságát, és kiterjesztették együttműködésüket az UMLS-projekten kívül is.

1990 óta az UMLS projekt évente kiadja a kézzelfogható termékeket, amelyeket a tervezett közönség rendszeresen használ. Bár az UMLS-termékek értékét több érdektelen megfigyelőnek kell értékelnie, egyre több operációs rendszer alkalmaz egy vagy több UMLS-Tudásforrást vagy lexikai programot. 1997 augusztusáig világszerte mintegy 500 intézmény és magánszemély írta alá az UMLS tudásforrások 1997-es kiadásának megszerzéséhez szükséges új licencszerződést; az NLM továbbra is minden héten új aláírt megállapodásokat kap. Maga a Könyvtár jelentős UMLS-felhasználó, mind termelési információ-visszakeresési szolgáltatásaiban, mind kutatási programjaiban.

a kereskedelmi klinikai információs rendszerek fejlesztésében részt vevő UMLS-felhasználók száma jelentős és növekszik. A HL7 a közelmúltban az UMLS Metathesaurust választotta megfelelő eszközként a HL7 klinikai üzenetküldési szabvány egyes részeire érvényes szókincsekkel kapcsolatos tervezett döntéseinek rögzítésére és terjesztésére.35 E két fejlemény azt a tényt tükrözi, hogy a Metathesaurus nagy és egyre több fontos szókincshez biztosít hozzáférést egy közös és explicit adatbázisformátumban. Az 1997-es verzió 331 756 orvosbiológiai koncepciót tartalmaz, amelyeket 739 439 különböző kifejezés nevezett meg több mint 30 forrásszótárból. A Metathesaurus nyilvánvalóan a forrás szókincsének erősségeire épül. Egyes forrásszókincs-gyártók viszont a metathesaurus felépítéséből vagy a Metathesaurus kapcsolataiból származó visszajelzéseket használták fel terminológiáik formátumának és tartalmának javítására. A Metathesaurus karbantartó rendszer következő generációja36 jobb automatizált infrastruktúrát fog biztosítani a metathesaurus és a benne található szókincs közötti szimbiotikus kapcsolatokhoz.

a céljával és hasznosságával kapcsolatos véleménykülönbségek mellett az UMLS Metathesaurus fejlődése fokozta az érdeklődést a kontrollált klinikai szókincs iránt. Kibővítette a kívánatos szókincs jellemzőinek megértését, beleértve a koncepciószervezést, a több hierarchikus perspektívát és az egyedi koncepcióazonosítókat beágyazott jelentés nélkül. Az UMLS projekt felhívta a figyelmet arra is, hogy a szókincsekben bekövetkező változásokat explicit módon kell ábrázolni, valamint a helyi rendszerek szinkronizálásával kapcsolatos problémákra, amikor a külsőleg kifejlesztett szókincsekben változások történnek.37

ezen eredmények ellenére néhány UMLS-célkitűzés még nem érhető el. Az UMLS általános célja, hogy megkönnyítse a kifinomult információs rendszerek fejlesztését, amelyek segítenek a felhasználóknak a releváns orvosbiológiai információk lekérésében és integrálásában különböző géppel olvasható forrásokból. Tíz évvel ezelőtt ezt nehéz volt megmagyarázni és igazolni. Manapság a különböző információforrások keresése során felmerülő visszakeresési problémák minden webes felhasználó számára ismertek, és a digitális könyvtári kutatás egyik fő fókusza. Az UMLS projekt elismerheti azt a tényt, hogy a számítástechnika és a kommunikációs technológia fejlődése növeli a több adatbázisból történő hatékony visszakeresés fontosságát. Ezenkívül az UMLS kutatás előrelépést tett a felhasználói lekérdezések értelmezésével, a különböző információforrások nyelvének feltérképezésével, valamint az orvosi természetes nyelv indexelési és visszakeresési technikáival kapcsolatos számos kutatási kérdésben. Ígéretes kezdet után kevesebb előrelépés történt annak meghatározásában, hogy az információforrások gépi értelmezhető leírása milyen mértékben szükséges a több információforrásból származó információk hatékony azonosításához és visszakereséséhez-és annak eldöntésében, hogy ezeket a leírásokat hogyan kell strukturálni, létrehozni és fenntartani. Ez a jelenlegi kutatás tárgya az NLM-ben, más Egészségtudományi intézményekben, valamint az Általános könyvtári és informatikai közösségben.

az UMLS különös hangsúlyt fektetett a tudásalapú információk visszakeresésének és integrálásának képességére, amelyek közvetlenül relevánsak az automatizált klinikai nyilvántartásban leírt betegállapotokhoz. Az automatizált betegadatok és a tudásalapú információk közötti kapcsolatot magában foglaló komoly vizsgálat és prototípus-rendszerfejlesztés nagy része az UMLS égisze alatt történt,38 gyakran UMLS komponenseket használva. Ennek ellenére az UMLS-hez kapcsolódó senki sem állítaná, hogy a klinikai és a tudásalapú információk hatékony összekapcsolásával kapcsolatos összes fontos kutatási kérdést feltárták, nem beszélve arról, hogy ezek a képességek elérték a klinikai információs rendszerek mainstreamjét.

szerencsére az UMLS-célok előrehaladásának környezete soha nem volt jobb. A fejlett számítástechnikai és kommunikációs képességek olcsóbbak és általánosabban elérhetők. A webes környezet kiküszöbölte azokat a technikai problémákat, amelyek korábban lelassították a több információforrásból származó információk visszakeresésével kapcsolatos kutatást és fejlesztést. Az érdeklődés az információk kinyerése iránt számos interneten elérhető információforrásból új keresési módszereket és megközelítéseket eredményezett. A számítógépes betegnyilvántartó rendszerek kezdik elérni azt a pontot, ahol elegendő klinikai adatot tartalmaznak ahhoz, hogy robusztus linkeket biztosítsanak a tudásalapú információforrásokhoz. Az UMLS Metathesaurus, a szemantikai hálózat, a speciális lexikon és a lexikai programok tartalma kibővült, hogy jobban alkalmazható legyen a klinikai és a tudásalapú információk összekapcsolásának problémájára, bár ezen eszközök összehangoltabb használatára és visszajelzésére még szükség van. Az idő kedvező az UMLS projekt által egy évtizeddel ezelőtt elsőként kiemelt Orvosi Informatikai kutatási problémák megújult és kibővített együttműködésére.

a szerzők köszönetet mondanak sok UMLS kollégájuknak az UMLS eredményeihez való hozzájárulásukért—és a vállalatuk öröméért és inspirációjáért.

1

Lindberg
DAB

Humphreys
BL

McCray
AT

.

az egységes orvosi nyelvi rendszer

.

Meth Inf Med
1993

;

32

:

281

91

.

2

az UMLS tudásforrások beszerzésével kapcsolatos aktuális leírások, dokumentációk és információk az NLM honlapján érhetők el: www.nlm.nih.gov.

3

az UMLS-hez kapcsolódó munkákról 1986-96 között megjelent cikkek átfogó bibliográfiájáért. lásd:

Selden
CR

Humphreys
BL

.

egységes orvosi nyelvi rendszer

.

jelenlegi bibliográfiák az orvostudományban
1997

;

8

:

96

.

4

munkaügyi, egészségügyi és Humán szolgáltatási, Oktatási és kapcsolódó ügynökségek előirányzatai 1986-ra: Meghallgatások előtt albizottság a Departments of Labor, egészségügyi és Humán Szolgáltatások, Oktatás, és a kapcsolódó ügynökségek a ház Bizottság előirányzatok, 99th Cong., 1. ülés. 4B. rész, (857) (1985) (Dr. Donald A. B. Lindberg, a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár igazgatójának nyilatkozata).

5

munkaügyi, egészségügyi és Humán szolgáltatási, Oktatási és kapcsolódó ügynökségek előirányzatai 1986-ra: Meghallgatások előtt albizottság a Departments of Labor, egészségügyi és Humán Szolgáltatások, Oktatás, és a kapcsolódó ügynökségek a ház Bizottság előirányzatok, 99th Cong., 1. ülés. 4B. rész (896-7) (1985) (Dr. Donald A. B. Lindberg, a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár igazgatójának nyilatkozata).

6

az első három szerző mellett az NLM UMLS menedzsment csapata a következőket tartalmazza: * William T. Hole, MD, * Lawrence C. Kingsland, III PhD, Daniel R. Masys, MD, * Alexa T. McCray, PhD, * Stuart Nelson, MD, Roy Rada, MD, PhD, * R. P. C. Rodgers, MD, és Peri L. Schuyler, MLS. A csillagok előtti csillagok a csapat jelenlegi tagjai. Sok más NLM munkatárs, különösen a Library Operations Division Medical Subject Headings szekciójában és a Lister Hill Center kognitív tudományok és számítástechnika ágaiban, jelentősen hozzájárult az UMLS tudásforrások és lexikai programok fejlesztéséhez, valamint ezen eszközök NLM alkalmazásaihoz.

7

Nemzeti Orvostudományi Könyvtár

.

munka nyilatkozat

. In:

Ajánlatkérés az egységes orvosi nyelvi rendszer kutatási támogatására

.

március
28

,

1986

.

8

Lowe
HJ
Barnett
GO

.

MicroMeSH: a mikroszámítógép rendszer keresésére és feltárására a National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH) szókincs

.

Proc Annu Symp Comput Appl med Care
1987

;

717

20

.

9

azok az intézmények, amelyek egy vagy versenyképes szerződést kaptak az Általános UMLS kutatásra és fejlesztésre: Brigham & Női Kórház (Robert A. Greenes, MD, PhD, PI), Carnegie-Mellon Egyetem (David A. Evans, PhD, PI), Columbia Egyetem (James J. Cimino, MD, pi), lexical Technology, Inc. (Mark S. Tuttle, PI), massachusettsi Általános Kórház (G. Octo Barnett, MD, PI), A Kaliforniai Egyetem, San Francisco (Marsden S. Blois, MD, PhD, PI), a Pittsburghi Egyetem (Randolph A. Miller, MD, PI), a Utahi Egyetem (Homer R. Warner, MD, PhD, PI) és a Yale Orvostudományi Iskola (Perry A. Miller, MD, PhD, PI). Lexikális Technológia, Inc. az UMLS Metathesaurus megépítésével kapcsolatos kutatási és fejlesztési szerződésekben is részt vett. További intézmények, amelyek egy vagy több versenyképes megrendelést kaptak bizonyos UMLS-alkalmazásokhoz: American Lake Biomedical Research Institute (Kenric W. Hammond, MD, PI), Chicagói Orvosi Iskola (David Trace, MD, és Frank Naeymi-Rad, PhD, PIs), Harvard Egyetem (Elizabeth Wu, MLS, PI), Georgetown Egyetem Orvosi Központja (Naomi Broering, MLS, PI), Johns Hopkins Egyetem (Edwin B. George, MD, PhD, és Kevin Johnson, MD, PIs), New York-i Állami Egyetem, Buffalo (John Eisner, DDS, PI), Missouri Egyetem, Columbia (E. Andrew Balas, MD, PhD, PI), Washingtoni Egyetem (sherrilynne Fuller, PhD, és Debra Ketchell, MLS, Pis). Az NLM nagy teljesítményű számítástechnikai és kommunikációs kezdeményezésének részeként kiadott versenyszerződések vagy együttműködési megállapodások keretében a következő intézmények végeztek UMLS-hez kapcsolódó kutatásokat: Beth Israel Kórház (Charles Safran, MD, PI), Columbia Egyetem (James J. Cimino, MD, PI), Indiana Egyetem (Clement J. McDonald, MD, PI), Kaiser Permanente (Simon Cohn, MD, MPH, PI), Mayo Alapítvány (Christopher G. Chute, MD, Dr PH), Oregon Egészségtudományi Egyetem (William R. Hersh, MD, PI), Pittsburghi Egyetem (William R. Hersh, MD, PI), University of Pittsburgh (Henry J. Lowe, MD, pi). A Marylandi Egyetem, Baltimore (Gary Freiburger, MLS, PI) NLM információs rendszerek támogatást kapott az UMLS-hez kapcsolódó munkához.

10

McCray
AT

lyuk
WT

.

az UMLS szemantikus hálózat első verziójának hatóköre és szerkezete

.

Proc Annu Symp Comput Appl med Care
1990

;

126

30

.

11

Osheroff
JA

Forsythe
kettő

Buchanan
BG

bankowitz
ritka

Blumenfeld
BH
Miller
ritka

.

az orvosok információs igényei: a klinikai oktatás során feltett kérdések elemzése

.

Ann Intern Med
1991

;

14

:

576

81

.

12

Schuyler
PL
McCray
AT

Schoolman
HM

div>.

a bibliográfiai visszakeresés kísérleteinek tesztgyűjteménye

.

Medinfo
1989

;

6

(

Pt 2

):

910

2

.

13

a Metathesaurus és a szemantikus hálózat először 1990-ben, az információforrások térképe 1991-ben, a speciális Lexikon, lexikai programok és a Metathesaurus indexei 1994-ben jelentek meg. Mindegyiket bevezetése óta évente frissítik.

14

Powsner
SM
Miller
PL

.

automatizált online átmenet az orvosi nyilvántartásból a pszichiátriai irodalomba

.

módszerek Inf Med
1992

;

31

:

169

74

.

5

Sheretz
DD
Tuttle
MS
Blois
MS
/div>

erlbaum
ms

.

Intervocabulary leképezés az UMLS-en belül: a lexikai feldolgozás szerepe

.

Proc Annu Symp Comput Appl med Care
1988

;

201

6

.

16

Cimino
DD
Barnett
GO

.

automatizált fordítás az orvosi terminológiák között szemantikai definíciók segítségével

.

MD Comput
1990

;

7

:

104

9

. Megjelent erratum jelenik meg MD Comput. 1990;7:268.

17

Masarie
FAIRY

Jr

Miller
ritka

bouhaddou
O

Giuse
NB

Warner
hr

.

az interlingva az orvosi információk elektronikus cseréjére: keretek használata a klinikai szókincsek közötti térképezéshez

.

comput Biomed Res
1991

;

24

:

379

400

.

18

Barr
CE

Komorowski
HJ
Pattison-Gordon
e

greenes
ritka

.

fogalmi modellezés az egységes orvosi nyelvi rendszerhez

.

Proc Annu Symp Comput Appl med Care
1988

;

148

51

.

19

Humphreys
BL
McCray
AT

Cheh
ML
/div>.

ellenőrzött egészségügyi adatok lefedettségének értékelése terminológiák: jelentés az NLM/AHCPR nagyszabású szókincs teszt eredményeiről

.

J Am med Inform Assoc
1997

;

4

:

483

97

.

20

a szókincshez kapcsolódó aktuális tevékenységek összefoglalását lásd a HIPAA Codes and Classifications Implementation Tema jelentésében a következő címen: http://www.va.gov/meetings/hhs970709/007/Index.htm.

21

Humphreys
BL

Lindberg
DAB

.

az egységes orvosi nyelvi rendszer kiépítése

.

Proc Annu Symp Comput Appl med Care
1989

;

475

80

.

2

Tuttle
MS
Sperzel
WD
Olson
NE

et al. .

A Metathesaurus séma és terjesztési formátum homogenizálása

.

Proc Annu Symp Comput Appl med Care
1992

;

299

303

.

3

McCray
AT
Srinivasan
S
Browne
AC

.

lexikai módszerek az orvosbiológiai terminológiák variációinak kezelésére

.

Proc Annu Symp Comput Appl med Care
1994

;

235

9

.

4

McCray
AT
Razi
AM
Bangalore
AND
Browne
ac

stavri
Pz

.

az UMLS knowledge source server: a sokoldalú Internet-alapú kutatási eszköz

.

Proc amia őszi Symp
1996

;

164

8

.

5

Kingsland
LC

3D

Harbour
AM
Alex
ej
Schuyler
pl

.

Coach: umls tudásforrások alkalmazása a szakértői kereső környezetben

.

Bull med Libre Assoc
1993

;

81

:

178

83

.

6

Lowe
HJ
Lomax
EC
Polonkey
SE

.

A világháló: egy feltörekvő internetalapú technológia áttekintése az orvosbiológiai információk terjesztésére

.

J Am med Inform Assoc
1996

;

3

:

9

.

27

a Dxplain-ra vonatkozó információkat a Massachusetts General Hospital számítástechnikai laboratóriumában lehet beszerezni a következő címen: http://www.lcs.mgh.harvard.edu.

28

Hersh
WR

Barna
hogy
Donohoe
LC

Campbell
em

horacek
ae

.

Cliniweb: klinikai információk kezelése a világhálón

.

J Am med Inform Assoc
1996

;

3

:

273

80

.

29

a Medical World Search webcíme http://www.mwsearch.com.

30

Masys
DR

Humphreys
BL

.

az UMLS információforrások térképének felépítése és funkciója

.

Medinfo
1992

;

7

:

1518

21

.

31

Miller
PL
Wright
LW

Frawley
SJ
clyman
Jl
powsner
SM

.

releváns információforrások kiválasztása a hálózati környezetben: az UMLS információforrások leképezése

.

Medinfo
1992

;

7

:

1512

7

.

32

Rodgers
RPC

.

automatikus visszakeresés több különböző információforrásból: a World Wide Web és az NLM Sourcerer projektje

.

J Am Soc INF Sci
1995

;

46

:

755

64

.

33

McCray
AT
Cheh
ML
Bangalore
és

et al. .

az NLM/AHCPR nagyszabású szókincs teszt elvégzése: az elosztott Internet-alapú kísérlet

.

Proc amia őszi Symp
1997

;

560

4

.

34

Evans
DA
Cimino
DD

Hersh
WR
/div>

Huff
SM
Bell
DS

.

A Canon csoport számára

.

az orvosi koncepció reprezentációs nyelve felé

.

J Am med Inform Assoc
1994

;

1

:

207

17

.

35

Hammond
WE

.

hívja a standard klinikai szókincset

.

J Am med Inform Assoc
1997

;

4

:

254

5

.

36

Suarez-Munist
ON
Tuttle
MS
Olson
NE

et al. . a

MEME II támogatja a terminológia kooperatív kezelését

.

Proc amia őszi Symp
1996

;

84

8

.

37

Campbell
hogy
Cohn
SP

csúszda
CG
rennels
g
shortliffe
eh

.

a Galapagos: számítógépes támogatás a konvergens orvosi terminológia fejlődéséhez

.

Proc amia őszi Symp
1996

;

269

73

.

38

egy áttekintő cikk, amely számos kutatócsoport munkáját tárgyalja. see

Cimino
JJ

.

Linking patient information systems to bibliographic resources

.

Meth Inform Med
1996

;

35

:

122

6

.

*

Unified Medical Language System, UMLS, Metathesaurus, Medline, MeSH, and Grateful Med are registered trademarks of the National Library of Medicine.

American Medical Informatics Association

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.