2001-ben Flowers visszaköltözött Alabamába, ahol a Lowndes megyei bizottság részeként a gazdasági fejlődésre koncentrált. Lowndes megye lakossága háromnegyede Fekete. 2002-re a helyi szennyvízelvezetés számos hiányosságát azonosította; beleértve azokat az embereket, akiket letartóztattak, mert nem fizettek a helyszíni szennyvíztisztító rendszerekért, és azokat az embereket, akik a helyszíni szennyvízelvezetésért fizettek, nem biztosították a megfelelő ellátást. Flowers meglepődött, hogy a kormány a társadalom legszegényebb tagjait célozza meg, nem pedig a sokkal gazdagabb vállalati szennyezőket. Ez a tapasztalat motiválta őt arra, hogy a környezeti igazságosságra és az éghajlatra összpontosítson. Szövetségi jóváhagyást kapott az Egyesült Államok Környezetvédelmi ügynökségétől (EPA), hogy tervet készítsen a nyers szennyvíz kezelésére Lowndes megyében.
2011-ben Flowers az ENSZ különleges előadójával dolgozott együtt, hogy jobban megértse a szegénységet és annak az alabamai Lowndes megye infrastruktúrájára gyakorolt hatásait. 2015 óta Flowers A Föld etikai Központjának vezető munkatársa. 2017-ben a Franklin Bölcsészettudományi Intézet gyakorlójaként töltötte a Duke Egyetemen. 2019-ben megalapította a Center for Rural Enterprise and Environmental Justice-t.Flowers és a Columbia Law School Human Rights Institute azt vizsgálta, hogy a strukturális egyenlőtlenségek hogyan befolyásolják a higiéniához és a tiszta vízhez való hozzáférést. Megállapította, hogy a marginalizált, szegénység sújtotta vidéki közösségek nagyobb valószínűséggel szenvednek a szennyezett víztől és a rossz higiéniától. Ezek együttesen lehetővé teszik a bél parazita fertőzések terjedését, beleértve a horogférget is. 2019-ben JoAnn Kamuf Ward és Flowers megjelent, Flushed and Forgotten: Az Egyesült Államok vidéki közösségeiben a szennyvízkezelés és a szennyvíz, amelyben Flowers írta: “az alabamai Lowndes megyében és a környező területeken az alapvető kényelem hiánya, amelyet sok amerikai magától értetődőnek tart, életmód”. A jelentés számos ajánlást fogalmazott meg, többek között lépéseket tett az elszámoltathatóság javítására, az érintett közösségek részvételének biztosítására a döntéshozatalban, valamint az egyenlőség alapján a megfelelő szennyvízelvezetéshez való hozzáférés biztosítására.
2019-ben szakértői vallomást tett az Egyesült Államok Kongresszusának, amelyben sürgette a kormányt, hogy foglalkozzon az Egyesült Államok szegénységével kapcsolatos betegségekkel. Kinevezték a Joe Biden éghajlatváltozási munkacsoport, amelynek társelnöke Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers az egyetlen fekete tagja a munkacsoportnak.