Daniel Jefferson Harris (más néven Dirty Dan) 1853-ban érkezett a Bellingham-öböl térségébe vagy 1854-ben összebarátkozott John Thomasszal, aki földigényt nyújtott be a Padden Creek mentén. Segített Thomasnak egy kabin indításában, de Thomas meghalt, mielőtt a kabin elkészült volna. Dan befejezte a földterületre vonatkozó igényt, és a szabadalmaztatást 1871-ben adták ki. Számos környező ingatlant is megszerzett, és ezt a területet Fairhavennek nevezte el, az őshonos see-see-lich-em névből, ami biztonságos kikötőt vagy fair havent jelent (esetleg egy maine-i városból is, amely lehet, hogy nem volt a szülőhelye). 1883-ban megalapította a várost, és elkezdte eladni a tételeket. Ahogy a vagyona javult, úgy a megjelenése és a hírneve is, így 1885-ben férjhez ment. 1888-ban eladta Fairhaveni ingatlanának nagy részét Nelson Bennettnek, majd Kaliforniába távozott. Nelson Bennett, Charles Larrabee – vel együtt, aki 1890-ben érkezett, megalapította a Fairhaven Land Company-t, amelyet többnyire Larrabee finanszírozott, elhatározta, hogy Fairhaven nagyvárossá nő. Elősegítették a természeti erőforrásokban, a jó időjárásban és a végtelen lehetőségekben gazdag földterületet, aminek következtében a népesség 150-ről 1889-ben 8000-re nőtt 1890 végén. Ennek a növekedésnek egy része annak volt köszönhető, hogy a Fairhaven Land Company megvásárolta a Bellingham nevű apró települést, Sehome és Fairhaven között, amelynek postahivatala volt 1883-tól.
Fairhaven, mint sok más tengerparti washingtoni város, más washingtoni városokkal versenyzett a Nagy Északi Vasút terminálvárosának pozíciójáért, de ez a cím végül Seattle-re esett. A versenyképesség ezen időszakában, amely az 1870-es évek végétől az 1880-as évek közepéig tartott, Fairhaven elfogadta ikonikus 19.századi stílusát, és esztétikai vonzerőt jelentett az építészet és a design számára. Még azután is, hogy úgy döntöttek, hogy Seattle-ben lesz a Great Northern Railroad terminal, a népesség és az esztétikai gondolkodású építkezés az 1890-es évek végéig folytatódott. Fairhaven hivatalosan bejegyzett május 13, 1890.
az 1890-es évek spekulatív őrülete alatt a grand Fairhaven Hotel azért épült, hogy vonzza a vasúti iparmágnásokat, hogy Fairhavent válasszák a transzkontinentális vasutak nyugati parti végállomásaként. A vasút soha nem jött, de a régi szálloda impozáns maradványa az 1953-as tűzvészig és lebontásig állt.
október 27-én, 1903 polgárai Fairhaven és a polgárok egy szomszédos város Bellingham Bay, Whatcom City, megszavazta, hogy megszilárdítsa egy város neve Bellingham. December 28, 1903, az új város Bellingham hivatalosan létre.1903-ban Fairhaven támogatást kapott a terület első Carnegie által finanszírozott könyvtárának felépítéséhez a 12.utcán. A könyvtár továbbra is a Bellingham nyilvános könyvtári rendszer.
Fairhaven a lazackonzervekkel való történelmi kapcsolatairól is ismert, az 1800-as évek végétől az 1940-es évekig számos lazackonzerv-művelet otthona volt, amely 4500 munkavállalót foglalkoztatott a környéken. Az 1940-es években a csendes-óceáni Amerikai halászat központja Fairhavenben volt, és a világ legnagyobb lazackonzerv-műveleteként ismert.