|
automatikus oligonukleotid tervezés PCR-alapú génszintézishez
|
help
|
a teljes genomok szekvenciáinak elérhetősége drámaian megnövelte a fehérje célpontok számát, amelyek közül sokat túl kell kifejezni az eredeti DNS-forrástól eltérő sejtekben. A génszintézis gyakran gyors és gazdaságilag hatékony megközelítést biztosít. A szintetikus gént optimalizálni lehet az expresszióra, és könnyű mutációs manipulációra lehet építeni, tekintet nélkül a szülő genomra. A szintetikus gének tervezése és felépítése, különösen a nagy fehérjéket kódoló gének, lassú, nehéz és zavaros folyamat lehet. A DNAWorks automatizálja az oligonukleotidok tervezését a génszintézishez PCR-alapú módszerekkel.
az eredeti DNAWorks leírása megtalálható kiadványunkban (Hoover, D. and Lubkowski, J., 2002).
a DNAWorks teljesítményének további javítása érdekében nagyon fontos a visszajelzés a génszintézis sikeréről vagy kudarcáról a DNAWorks használatával. Kérjük, ossza meg velünk a szintézis kísérleteinek eredményét.
a DNAWorks nyílt forráskódú, letölthető innen:https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Ha talál egy Fortran fordítót,futtathatja a DNAWorks parancsot.
példa:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc