Malaya és Borneó japán általi megszállása (1942-45) a második világháború alatt óriási változásokat hozott ezeken a területeken. Gazdaságuk összeomlott, és a közösségi feszültségek tovább súlyosbodtak, mivel a malájok és a kínaiak eltérően reagáltak a japán ellenőrzésre. A japánoknak kétségbeesetten szükségük volt hozzáférésre Délkelet-Ázsia természeti erőforrásaihoz; 1941 decemberében megszállták Malayát, miután a Pearl Harbor-támadás révén semlegesítették az amerikai katonai hatalmat Hawaiin, a Fülöp-szigeteken pedig Manila elleni támadásokkal. Röviddel ezután a japánok irányították a félszigetet, Szingapúrt és Borneót. A kommunista párti, túlnyomórészt Kínai gerillák ellenállást folytattak Malayában, és egy rövid Kínai vezetésű lázadás is kitört Észak-Borneóban. Sok helyen a gazdasági nehézségek és a szelektív elnyomás következtében fokozódott az etnikai csoportokon belüli és azok közötti politizálás és konfliktus; Észak-Borneóban a Brookes és az Észak-borneói Társaság uralmát véglegesen aláásták, míg Malayában a kínaiak és a malájok is felismerték, hogy a brit uralom nem örökkévaló. Ennek ellenére a legtöbb ember üdvözölte az 1945-ös japán vereséget.a háború befejezése után Sarawak és Észak-Borneó, amelyek a japán megszállásig Brit protektorátusok voltak, brit korona gyarmattá váltak. Sarawak azonban viharos politikai helyzettel szembesült. Sok maláj ellenezte a Brooke-szabály megszüntetését és Sarawak Nagy-Britanniának való átengedését, és az ebből eredő társadalmi-politikai megosztottság évekig fennmaradt. A britek létrehozásával Észak-Borneo kolónia, a fővárost Sandakanból Jesseltonba (ma Kota Kinabalu) költöztették. Néhány helyi önkormányzatot vezettek be Malayában. A politikai szerveződés fő katalizátora azonban egy brit javaslat volt, hogy egyetlen maláj Uniót hozzanak létre, amely Szingapúr kivételével az összes maláj területet magában foglalja, ami csökkentené az állami autonómiát, és egyenlő politikai és Állampolgársági jogokat biztosítana a nem malájok számára. A Dato’ Onn bin Jaafar által vezetett maláj politikai érzés óriási fellendülése 1946-ban az Egyesült maláj Nemzeti Szervezet (UMNO) létrehozását eredményezte a maláj nacionalizmus és a politikai asszertivitás eszközeként. Sztrájkok, tüntetések és bojkottok pusztították el a tervezett maláj Uniót, és a britek tárgyalásokat kezdtek az UMNO-val a maláj jövőről.
a tárgyalások eredményeként 1948-ban létrejött a maláj Szövetség, amely egyesítette a területeket, de különleges garanciákat nyújtott a maláj jogokra, ideértve a szultánok helyzetét is. Ezek a fejlemények riasztották a kínai közösség radikálisabb és elszegényedett szektorait. 1948—ban a Maláj Kommunista Párt-egy 1930—ban alakult többnyire kínai mozgalom, amely a japánellenes ellenállás gerincét biztosította-bement a dzsungelbe, és gerilla felkelést indított a gyarmati kormány legyőzésére, 12 éves nyugtalanságot váltva ki maláj vészhelyzet. A kommunisták erőszakos és végső soron hiábavaló küzdelmet folytattak, amelyet a kínai közösségnek csak egy kis része támogatott. A britek intézkedéseket tettek a felkelés katonai eszközökkel történő elnyomására, amely magában foglalta azt a stratégiát, amely sok vidéki kínait erőszakkal áthelyezett szorosan ellenőrzött új falvakba, amelyek az utak közelében vagy mentén helyezkednek el. Bár ez a politika elszigetelte a falusiakat a gerilláktól, a kormány népszerűtlenségét is növelte. A britek végül akkor értek el sikereket, amikor Sir Gerald Templer Brit főbiztos vezetésével aktívan kezdtek foglalkozni a politikai és gazdasági sérelmekkel, valamint a felkelésekkel, amelyek tovább elszigetelték a lázadókat.
A függetlenség ígéretével a brit tisztviselők tárgyalásokat kezdtek a különböző etnikai vezetőkkel, köztük az UMNO és a maláj kínai szövetség (MCA) vezetőivel, amelyeket 1949-ben alapítottak gazdag kínai üzletemberek. Az UMNO (az arisztokrata mérsékelt Tunku Abdul Rahman vezette), az MCA és a maláj indiai Kongresszus koalíciója vitatta az 1955-ben tartott nemzeti törvényhozási választásokat, és egy kivételével minden helyet elnyert. Ez létrehozta a kormánykoalíció állandó politikai mintáját-amelyet először a Szövetség párt később pedig a Nemzeti Front (Barisan Nasional; BN)-ez egyesítette az etnikai alapú, többnyire elit által vezetett, mérsékelt vagy konzervatív politikai hajlamú pártokat, az UMNO volt a fő erő.
Aug. 31, 1957, a Malaya Szövetsége függetlenséget ért el Tunku Abdul Rahman miniszterelnök vezette szövetségi kormány alatt. Szingapúr, túlnyomórészt Kínai lakosságával, a szövetségen kívül maradt, mint a brit korona kolónia. A megállapodás politikailag a Malájoknak kedvezett, az UMNO vezetői a legtöbb szövetségi és állami hivatalt töltötték be, a Királyság pedig a különböző maláj szultánok között váltakozott, de a kínaiak liberális állampolgársági jogokat kaptak és erős gazdasági hatalmat tartottak fenn. Kuala Lumpur lett a szövetségi főváros.
új áramlatok is megjelentek Borneóban. A gyarmati uralom sikeresen újjáépítette és kibővítette a két kolónia gazdaságát, a gumi és a fa pedig a háború utáni gazdasági növekedés alapját képezte. Az egészségügyi és oktatási létesítmények lassan túljutottak a városokon. A politikai tudat elkezdett terjedni, amikor a helyi tanácsok választásait tartották. Az 1950—es években a Kadazan közösség, amelyet különösen a rádióadás és az újságok fejlődése ösztönzött, bekapcsolódott az Észak—borneói politikába, míg a kínai és a maláj vezetők megalakították Sarawak első politikai pártjait-néhányuk többnemzetiségű identitást támogatva-a függetlenség reményében. A politikai tevékenység felgyorsult, amikor 1961-ben maláj és brit tisztviselők javaslatot tettek egy szövetségi állam létrehozására, amely magában foglalná Malayát, Sarawakot, Észak-Borneót, Bruneit és Szingapúrt. Észak-Borneóban új pártok alakultak, amelyek a Kadazan, a kínai és a különböző muszlim közösségeket képviselik. Választásokat tartottak Észak-Borneóban és Sarawakban, mindkét kolónia pártjainak többsége elfogadta a függetlenséget az új Szövetséggel való egyesülés révén, az úgynevezett Malajzia; a hajlandóság Malajziához való csatlakozásra nőtt, miután a Fülöp-szigetek Észak-Borneót követelte, a korábbi Sulu szuverenitás alapján.
a brit vezetők egy malajziai Föderációt javasoltak, hogy véget vessenek a Szingapúr, Sarawak és Észak-Borneó feletti gyarmati uralomnak, annak ellenére, hogy ezek az államok történelmileg és etnikailag elkülönültek Malayától és egymástól. Sok szempontból érdekházasság volt. Malaya gazdaságilag szoros kapcsolatban állt a nyüzsgő Szingapúrral, A malájok pedig rokonságot éreztek a borneói különféle muszlim csoportokkal. Tunku Abdul Rahman úgy vélte, hogy a szövetség hatástalaníthatja a potenciális baloldali Kínai tevékenységet, miközben egyensúlyba hozza a szingapúri kínai többséget a borneói Államok nem Kínai többségével. Malayában már közel 40 százalékos Kínai kisebbség volt,a malájok alig vannak többségben. Ennélfogva, szept. 16, 1963, a Szövetség Malajzia alakult, Észak-Borneo-átnevezték Sabah-Sarawak alkotó Kelet-Malajziában. Brunei, amelyet meghívtak a csatlakozásra, úgy döntött, hogy brit protektorátus marad, majd később kicsi, olajban gazdag maláj szultánságként függetlenné vált.Craig A. Lockard