Inoculationmodifier
Les techniciens de laboratoire inoculent l’échantillon sur certaines plaques de gélose solide avec la méthode des plaques de strie ou dans un milieu de culture liquide, selon l’objectif de l’isolement:
- Si l’on veut isoler uniquement un groupe particulier de bactéries, tel que le streptocoque du groupe A à partir d’un écouvillon de gorge, on peut utiliser un milieu sélectif qui va supprimer la croissance des bactéries concomitantes attendues dans le mélange (par des antibiotiques présents dans le mélange). gélose), de sorte que seuls les streptocoques sont « sélectionnés », c’est-à-dire se détachent visiblement. Pour isoler les champignons, la gélose Sabouraud peut être utilisée. Alternativement, des conditions létales pour les streptocoques et les bactéries à gram négatif comme des concentrations élevées de sel dans la gélose au sel de Mannitol favorisent la survie de tous les staphylocoques présents dans un échantillon de bactéries intestinales, et le rouge de phénol dans la gélose agit comme un indicateur de ph indiquant si les bactéries sont capables de fermenter le mannitol en excrétant de l’acide dans le milieu. Dans d’autres géloses, des substances sont ajoutées pour exploiter la capacité d’un organisme à produire un pigment visible (p. ex. milieu granada pour le streptocoque du groupe B) qui modifie la couleur de la colonie bactérienne, ou pour dissoudre la gélose sanguine par hémolyse afin qu’ils puissent être plus facilement repérés. Certaines bactéries comme les espèces de Légionelles nécessitent des nutriments particuliers ou une liaison aux toxines comme dans le charbon de bois pour se développer et, par conséquent, des milieux tels que la gélose à l’extrait de levure de charbon tamponnée doivent être utilisés.
- Si l’on veut isoler autant ou toutes les souches possibles, différents milieux nutritifs ainsi que des milieux enrichis, tels que la gélose au sang et la gélose au chocolat et des milieux de culture anaérobies tels que le bouillon de thioglycolate doivent être inoculés. Pour dénombrer la croissance, les bactéries peuvent être suspendues dans de la gélose fondue avant qu’elle ne devienne solide, puis versées dans des boîtes de pétri, ce qu’on appelle la « méthode de la plaque de coulée » qui est utilisée en microbiologie environnementale et en microbiologie alimentaire (par exemple, les tests laitiers) pour établir le « nombre de plaques aérobies ».
Incubationmodifier
Après l’inoculation de l’échantillon dans ou sur le milieu de choix, ils sont incubés dans les conditions atmosphériques appropriées, telles que des conditions aérobies, anaérobies ou microaérophiles ou avec ajout de dioxyde de carbone (5%), à différents réglages de température, par exemple 37 ° C dans un incubateur ou dans un réfrigérateur pour enrichissement à froid, sous une lumière appropriée, par exemple strictement sans lumière enveloppée dans du papier ou dans une bouteille sombre pour les mycobactéries scotochromogènes, et pour différentes longueurs du temps, parce que différentes bactéries se développent à une vitesse différente, variant des heures (Escherichia coli) aux semaines (par exemple mycobactéries).
À intervalles réguliers, des techniciens de laboratoire et des microbiologistes inspectent le milieu pour détecter les signes de croissance visible et les enregistrent. L’inspection doit à nouveau se faire dans des conditions favorisant la survie de l’isolat, c’est-à-dire dans une « chambre anaérobie » pour les bactéries anaérobies par example, et dans des conditions qui ne menacent pas la personne regardant les plaques d’être infectée par un microbe particulièrement infectieux, c’est-à-dire sous une armoire de sécurité biologique pour Yersinia pestis (peste) ou Bacillus anthracis (anthrax) par example.
Identificationmodifier
Lorsque les bactéries se sont visiblement développées, elles sont souvent encore mélangées. L’identification d’un microbe dépend de l’isolement d’une colonie individuelle, car les tests biochimiques d’un microbe pour déterminer ses différentes caractéristiques physiologiques dépendent d’une culture.To faire une sous-culture, on travaille à nouveau en technique aseptique en microbiologie, en soulevant une seule colonie de la surface de la gélose avec une boucle et en striant le matériau dans les 4 quadrants d’une plaque de gélose ou partout si la colonie était singulière et n’avait pas l’air mélangée.
La coloration de gramme de l’échantillon brut avant l’incubation ou la coloration de matériel de colonie fraîchement cultivé permet de déterminer si une colonie est constituée de bactéries d’apparence uniforme ou est mélangée, et la couleur et la forme des bactéries permettent une première classification basée sur la morphologie. En microbiologie clinique, de nombreuses autres techniques de coloration pour des organismes particuliers sont utilisées (coloration bactérienne acido-rapide pour les mycobactéries). Des techniques de coloration immunologique, telles que l’immunofluorescence directe, ont été développées pour des agents pathogènes médicalement importants à croissance lente (coloration Auramine-rhodamine pour les mycobactéries) ou difficiles à cultiver (comme les espèces Legionella pneumophila) et dont le résultat du test modifierait la prise en charge standard et le traitement empirique.
Les tests biochimiques des bactéries impliquent un ensemble de géloses dans des flacons pour séparer le motile du non motile bacteria.In 1970 une version miniaturisée a été développée, appelée indice de profil analytique.
Identification réussie par ex. le séquençage du génome et la génomique dépendent de cultures pures.