La superfamille des protéines de liaison au facteur de croissance analogue à l’insuline (IGFBP)

Au cours de la dernière décennie, le concept d’une famille d’IGFBP a été bien accepté, basé sur des similitudes structurelles et sur des capacités fonctionnelles à lier des IGF avec des affinités élevées. L’existence d’autres IGFBP potentiels a été laissée ouverte. La découverte de protéines avec des domaines N-terminaux présentant des similitudes structurelles frappantes avec la terminaison N des IGFBPs, et avec une affinité réduite, mais démontrable, pour les IGF, a soulevé la question de savoir si ces protéines étaient de « nouvelles » IGFBPs (22, 23, 217). Le domaine N-terminal avait été associé de manière unique aux IGFBPs et a longtemps été considéré comme critique pour la liaison à l’IGF. Aucune autre fonction n’a été confirmée pour ce domaine à ce jour. Ainsi, la présence de cet important domaine IGFBP à l’extrémité N d’autres protéines doit être considérée comme significative. Bien que ces autres protéines semblent capables de se lier à l’IGF, leur affinité relativement faible et le fait que leurs actions biologiques majeures sont susceptibles de ne pas impliquer directement les peptides de l’IGF suggèrent qu’ils ne devraient probablement pas être classés dans la famille des IGFBP comme proposé provisoirement (22, 23). La conservation de ce domaine unique, si critique pour la liaison à haute affinité de l’IGF par les six IGFBPs, dans tous les IGFBP-rPs, témoigne également de son importance biologique. Historiquement, et peut-être fonctionnellement, cela a conduit à la désignation d’une « superfamille IGFBP ». La classification et la nomenclature de la superfamille IGFBP sont, bien sûr, arbitraires; ce qui est finalement pertinent, c’est la biologie sous-jacente, dont une grande partie reste à déchiffrer. La nomenclature des protéines apparentées à l’IGFBP est issue d’un consensus de chercheurs travaillant dans le domaine de l’IGFBP (52). De toute évidence, un consensus plus général sur la nomenclature, impliquant tous les groupes travaillant sur chaque IGFBP-rP, n’a pas encore été atteint. Une meilleure compréhension des fonctions biologiques de chaque protéine devrait aider à résoudre le dilemme de la nomenclature. Pour le moment, la nouvelle désignation de ces protéines IGFBP-rPs simplifie les noms multiples déjà associés à chaque protéine liée à l’IGFBP, et renforce le concept de relation avec les IGFBPs. Au-delà du domaine N-terminal, il y a un manque de similitude structurelle entre l’IGFBP-rPs et les IGFBPs. Les domaines C-terminaux partagent des similitudes avec d’autres domaines internes trouvés dans de nombreuses autres protéines. Par exemple, la similitude de l’extrémité C de l’IGFBP avec le domaine de la thyroglobuline de type I montre que les IGFBPs sont également structurellement apparentées à de nombreuses autres protéines portant le même domaine (87). Fait intéressant, les fonctions des différents domaines C-terminaux des membres de la superfamille IGFBP incluent des interactions avec la surface cellulaire ou ECM, suggérant que, même s’ils partagent peu de similitudes de séquence, les domaines C-terminaux peuvent être fonctionnellement liés. La conservation évolutive du domaine N-terminal et les études fonctionnelles soutiennent l’idée que les IGFBPs et les IGFBP-rPs forment ensemble une superfamille d’IGFBP. Une superfamille délimite entre des protéines étroitement apparentées (classées comme une famille) et distantes. La superfamille IGFBP est donc composée de familles éloignées. La nature modulaire des constituants de la superfamille IGFBP, en particulier leur préservation d’un domaine N-terminal hautement conservé, semble mieux expliquée par le processus de brassage d’exons d’un gène ancestral codant ce domaine. Au cours de l’évolution, certains membres ont évolué en liants IGF à haute affinité et d’autres en liants IGF à faible affinité, conférant ainsi à la superfamille IGFBP la capacité d’influencer la croissance cellulaire à la fois par des moyens dépendants de l’IGF et indépendants de l’IGF (Fig. 10). Un dernier mot, de Stephen Jay Gould (218): « Mais les classifications ne sont pas des dispositifs de commande passifs dans un monde objectivement divisé en catégories évidentes. Les taxonomies sont des décisions humaines imposées à la naturetheories des théories sur les causes de l’ordre de la nature. La chronique des changements historiques de classification fournit notre meilleur aperçu des révolutions conceptuelles

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