AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

Innhold

• Funksjoner
• Lisens
• Tutorial
• Ofte Stilte Spørsmål li windows
• linux
• mac
• bygge fra kilde
• annen programvare
• bruk
• sammendrag
• konfigurasjonsfil
• søk plass
• eksos
• utdata
• avanserte alternativer

virtuell screening

historie

Sitat

Rapportering Bugs

Funksjoner

Nøyaktighet AutoDock Vina forbedrer Betydelig den gjennomsnittlige nøyaktigheten av bindende modus Spådommer i forhold til autodock 4, Bedømme etter våre tester på treningssettet brukes I Autodock 4 utvikling.I tillegg og uavhengig har AutoDock Vina blitt testet mot en virtuell screening benchmark kalt Directory Of Useful Decoys av Watowich group, og ble funnet å være «en sterk konkurrent mot de andre programmene, og på toppen av pakken i mange tilfeller». Det skal bemerkes at alle seks av de andredocking programmer, som det ble sammenlignet, distribueres kommersielt. Kompatibilitet For AutoDock-Verktøy For inn-og utdata bruker Vina Det samme PDBQT-filformatet for molekylstruktur som Brukes Av AutoDock. PDBQT filer kan genereres (interaktivt eller i batch-modus) og sett med MGLTools.Andre filer, for Eksempel autodock og AutoGrid parameterfiler (GPF, DPF) og grid kartfiler er ikke nødvendig.

prediksjonsnøyaktighet For Bindingsmodus på testsettet. «AutoDock» refererer Til AutoDock 4, Og «Vina» til AutoDock Vina 1.

Enkel bruk

Vinas designfilosofi er ikke å kreve at brukeren forstår implementeringsdetaljer, tweak obskure søkeparametere, klyngeresultater eller kjenner avansert algebra (kvaternioner). Alt som kreves er strukturen til molekylene som blir dokket og spesifikasjonen av søkeplassen, inkludert bindingsstedet. Beregning av grid kart og tildele atom kostnader er ikke nødvendig. Brukssammendraget kan skrives ut med » vina --help«. Sammendraget forblir automatisk synkronisert med mulige bruksscenarier.

Implementeringskvalitet

• ved design bør resultatene ikke ha en statistisk bias relatert til konformasjonen av inngangsstrukturen.
• Det Tas hensyn til å kontrollere syntaktisk korrekthet av inngangs-og rapporteringsfeil til brukeren på en klar måte.
• invariansen av kovalente bindingslengder verifiseres automatisk i utgangsstrukturene.
• Vina unngår å pålegge kunstige restriksjoner,for eksempel antall atomer i inngangen, antall torsjoner, størrelsen på søkeplassen, søkets uttømmelighet etc.

Fleksible Sidekjeder

som I AutoDock 4 kan noen reseptorsidekjeder velges for å bli behandlet som fleksible under docking.

Hastighet AutoDock Vina har en tendens til å være raskere Enn AutoDock 4 ved størrelsesordener.I Tillegg Kan Vina dra nytte av flere Cpuer eller CPU-kjerner på systemet ditt for å forkorte kjøretiden betydelig. World Community Grid Kvalifiserte prosjekter kan kjøre AutoDock Vina beregninger gratis på massivt parallell World Community Grid.Eksisterende prosjekter som bruker AutoDock Vina det inkluderer de targetingAIDS, Malaria, Leishmaniasis andSchistosomiasis.Noen av disse prosjektene gjennomsnittlig over 50 år igjen av beregning per dag.

Gjennomsnittlig tid per reseptor-ligand-par på testsettet.»AutoDock» refererer Til AutoDock 4, Og «Vina» til AutoDock Vina 1.

Lisens

AutoDock Vina er utgitt under En Svært ettergivende Apache-lisens, med få restriksjoner på kommersiell eller ikke-kommersiell bruk, eller på avledede verk.Teksten til lisensen finner du her.

Tutorial

hvis Du aldri har brukt AutoDock Vina før, kan du studere Video Tutorial før du prøver å bruke den.

denne videoopplæringen demonstrerer molekylær docking av imatinib ved hjelp av vina med autodockverktøy og pymol

ofte stilte spørsmål

slik får du begynte å lære å bruke vina?

Å Se videoopplæringen kan være den beste måten å gjøre det på.

Hva er meningen eller betydningen av navnet «Vina»? Hvorfor ble det utviklet?

Vennligst se denne postlisten post.

Hvor nøyaktig Er AutoDock Vina?

Se Funksjoner

det bør bemerkes at prediktiv nøyaktighet varierer mye avhengig av målet, så det er fornuftig å evaluere AutoDock Vina mot bestemt mål først, hvis du har kjent actives, eller en bundet native ligand struktur, før du bestiller forbindelser. Mens du vurderer en dockingsmotor i en retrospektiv virtuell skjerm, kan det være fornuftig å velge lokkeduer av tilsvarende størrelse,og kanskje andre fysiske egenskaper, til dine kjente aktiva.

Hva er forskjellen Mellom AutoDock Vina Og AutoDock 4?AutoDock 4 (og tidligere versjoner) Og AutoDock Vina ble begge utviklet i Molecular Graphics Lab ved Scripps Research Institute. AutoDock Vina arver noen av Ideene Og tilnærmingene Til AutoDock 4, for eksempel å behandle docking som en stokastisk global opimisering av scoring-funksjonen, forhåndsberegning av grid-kart (Vina gjør det internt), og noen andre implementeringstriks, for eksempel å beregne samspillet mellom hvert atomtype-par på hver avstand. DEN bruker også samme type strukturformat (PDBQT) for maksimal kompatibilitet med tilleggsprogramvare.

kildekoden, scoringsfunksjonen og de faktiske algoritmene som brukes er imidlertid helt nye, så Det er mer riktig å tenke På AutoDock Vina som en ny «generasjon» i stedet for «versjon» Av AutoDock. Ytelsen ble sammenlignet i den opprinnelige publikasjonen, og I gjennomsnitt Gjorde AutoDock Vina betydelig bedre, både i fart og nøyaktighet. Men for et gitt mål kan begge programmene gi et bedre resultat, selv Om AutoDock Vina er mer sannsynlig å gjøre det.Dette skyldes det faktum at scoring-funksjonene er forskjellige, og begge er unøyaktige.

Hva er forskjellen Mellom AutoDock Vina Og AutoDock Tools?AutoDock Tools Er en modul i mgl Tools programvarepakke spesielt for å generere input (PDBQT-filer) forAutoDock eller Vina. Den kan også brukes til å vise resultatene.

Kan jeg dokke to proteiner med AutoDock Vina?

Du kan kanskje gjøre det, Men AutoDock Vina er kun laget for reseptor-ligand docking. Det er bedre programmer for protein-protein docking.

vil Vina kjøre på min 64-biters maskin?

Ja. Ved design kan moderne 64-biters maskiner kjøre 32-biters binærfiler.

Hvorfor får jeg «kan ikke åpne conf.txt » feil? Filen finnes!

ofte skjuler fillesere filtypen, så mens du tror du har en fil «conf.txt«, kalles den faktisk » conf.txt.txt«.Denne innstillingen kan endres i kontrollpanel eller systemvalg.

du bør også sørge for at filbanen du oppgir er riktig med hensyn til katalogen (mappen) du er i, for eksempel hvis du refererer bare til conf.txt i kommandolinjen, sørg for at du er i samme katalog (mappe)som denne filen. Du kan brukels ellerdir kommandoer på Henholdsvis Linux/MacOS og Windows for å liste innholdetav katalogen din.

Hvorfor får jeg «bruksfeil» når jeg prøver å følge videoopplæringen?

kommandolinjealternativene endret seg noe siden opplæringen ble registrert. Spesielt»--out «erstattet» --all«.Vina går bra på min maskin, men når jeg kjører den på min eksotiske Linux-klynge, får jeg en» boost thread resource » – feil. Hvorfor?

Linux-klyngen din er konfigurert på en slik måte at den ikke tillater gytetråder. Derfor Kan Vina ikke løpe. Kontakt systemansvarlig.

Hvorfor er min docked konformasjon forskjellig fra hva du får i videoopplæringen?

dockingsalgoritmen er ikke-deterministisk. Selv om med dette reseptor-ligand-paret, svarer minimum av scoring-funksjonen til riktig konformasjon, mislykkes dockingsalgoritmen noen ganger i å finne den. Prøv flere ganger og se selv. Merk at sannsynligheten for ikke å finne mininum kan være forskjellig med et annet system.

min forankrede konformasjon er den samme, men mine energier er forskjellige fra hva du får i videoopplæringen. Hvorfor?

scoringsfunksjonen har endret seg siden opplæringen ble registrert, men bare i den delen som er uavhengig av konformasjonen:den ligandspesifikke straffen for fleksibilitet har endret seg.

Hvorfor ser resultatene mine rare ut i PyMOL?

PDBQT ER ikke et standard molekylært strukturformat. Versjonen Av PyMOL som brukes i opplæringen (0. 99rc6) skjer for å vise det bra (fordi PDBQT ligner NOE PÅ PDB).Dette kan ikke være tilfelle for nyere versjoner av PyMOL.

Noen annen måte å se resultatene på?

Du kan også vise PDBQT-filer I PMV (del AV Mgl-Verktøy), eller konvertere dem til et annet filformat (f. eks. Ved Hjelp Av AutoDock-Verktøy, eller med «lagre som» I PMV)

Hvor stor skal søkeplassen være?

Så liten som mulig, men ikke mindre. Jo mindre søkeplassen er, desto lettere er det for dockingsalgoritmen å utforske den.På den annen side vil det ikke utforske ligand og fleksible sidekjedeatomposisjoner utenfor søkeplassen. Du bør nok unngå søke mellomrom større enn 30 x 30 x 30 Angstrom, med mindre du også øke «--exhaustiveness«.

Hvorfor ser jeg en advarsel om at søkeplassvolumet er over 27000 Angstrom^3?

dette er sannsynligvis fordi du har tenkt å angi søkeplassstørrelser i «grid points» (0.375 Angstrom), som I AutoDock 4.AutoDock Vina søk plass størrelser er gitt I Ångstrøm i stedet. Hvis du virkelig hadde tenkt å bruke en uvanligstor søkeplass, kan du ignorere denne advarselen, men vær oppmerksom på at søkalgoritmenes jobb kan være vanskeligere.Du må kanskje øke verdien av exhaustiveness for å gjøre opp for det. Dette vil føre til lengre kjøretid.

den bundne konformasjonen ser rimelig ut, bortsett fra hydrogenene. Hvorfor?AutoDock Vina bruker faktisk en united-atom scoring-funksjon, dvs. en som bare involverer de tunge atomer.Derfor er posisjonene til hydrogenene i utgangen vilkårlig.Hydrogenene i inngangsfilen brukes til å bestemme hvilke atomer som kan være hydrogenbindingsdonorer eller akseptorer, så den riktige protonasjonen av inngangsstrukturene er fortsatt viktig.

Hva kontrollerer» uttømmelighet » virkelig under hetten?

i den nåværende implementeringen består dockingsberegningen av en rekke uavhengige løp, med utgangspunkt i tilfeldige konformasjoner.Hver av disse løpene består av en rekke sekvensielle trinn. Hvert trinn innebærer en tilfeldig forstyrrelse av konformasjonen som følgesved en lokal optimalisering (ved hjelp Av Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno-algoritmen) og et utvalg der trinnet enten aksepteres eller ikke. Hver lokal optimalisering innebærer mange evalueringer av scoring-funksjonen, så vel som dets derivater i posisjon-orientering-torsjonskoordinatene.Antall evalueringer i en lokal optimalisering styres av konvergens og andre kriterier.Antall trinn i en løp bestemmes heuristisk, avhengig av størrelsen og fleksibiliteten til liganden og de fleksible sidekjedene. Antall kjøringer er imidlertid angitt av parameterenexhaustiveness. Siden de enkelte løpene utføres parallelt, begrenser exhaustiveness også parallelliteten.I motsetning Til I AutoDock 4, I AutoDock Vina, kan hvert løp gi flere resultater: lovende mellomresultater blir husket.Disse er slått sammen, raffinert, gruppert og sortert automatisk for å produsere det endelige resultatet.

hvorfor får jeg ikke riktig bundet konformasjon?

Det kan være noen av en rekke ting:

• hvis Du kommer Fra AutoDock 4, er en veldig vanlig feil å spesifisere søkeplassen i «poeng» (0.375 Angstrom), i stedet for Angstrom.
• din ligand eller reseptor er kanskje ikke riktig protonert.
• Uflaks (søkealgoritmen kunne ha funnet riktig konformasjon med god sannsynlighet, men var rett og slett uheldig). Prøv igjen med et annet frø.
• minste scoring funksjon correponds til riktig konformasjon, men søkealgoritmen har problemer med å finne det. I dette tilfellet bør høyere uttømmelighet eller mindre søkeplass hjelpe.
• minimumet av scoring-funksjonen er ganske enkelt ikke der den riktige konformasjonen er. Å prøve igjen og igjen vil ikke hjelpe, men kan av og til gi det riktige svaret hvis to feil (inexact search and scoring) gjør en rett. Docking er en omtrentlig tilnærming.
• Relatert til ovennevnte, kan skyldige også være kvaliteten på Røntgen-eller NMR-reseptorstrukturen.
• hvis du ikke gjør redocking, dvs. ved hjelp av riktig indusert passform form av reseptoren, kanskje de induserte fit effektene er store nok til å påvirke utfallet av docking eksperimentet.
• ringene kan bare være stive under docking. Kanskje de har feil konformasjon, som påvirker utfallet.
• Du bruker EN 2d (flat) ligand som inngang.
• den faktiske bundne konformasjonen av liganden kan av og til være forskjellig fra Hva Røntgen-eller NMR-strukturen viser.
• Andre problemer

Hvordan kan jeg justere scoring-funksjonen?

du kan enkelt endre vektene ved å angi dem i konfigurasjonsfilen eller i kommandolinjen. For eksempel

vina --weight_hydrogen -1.2 ...

dobler styrken av alle hydrogenbindinger.Funksjonalitet som vil tillate brukerne å lage nye atom-og pseudo-atom-typer, og angi egne interaksjonsfunksjoner, er planlagt for fremtiden.Dette skal gjøre det lettere å tilpasse scoring-funksjonen til bestemte mål, modellkovalent docking og makrosyklusfleksibilitet, eksperimentere med nye scoring-funksjoner, og ved hjelp av pseudo-atomer, skape retningsbestemte interaksjonsmodeller.

Hold deg oppdatert På AutoDock mailingliste, hvis du ønsker å bli varslet om noen beta-test utgivelser.

hvorfor får Jeg ikke så mange bindingsmoduser som jeg angir med «--num_modes«?

dette alternativet angir maksimalt antall bindingsmoduser som skal skrives ut. Dockingsalgoritmen kan finne færre» interessante » bindingsmoduser internt.Antall bindingsmoduser i utgangen er også begrenset av «energy_range«, som du kanskje vil øke.

hvorfor endres ikke resultatene når jeg endrer delavgiftene?

AutoDock Vina ignorerer de delvise ladningene som følger med brukeren. Den har sin egen måte å håndtere de elektrostatiske interaksjonene gjennom de hydrofobe oghydrogenbindingsbetingelsene. Se den opprinnelige publikasjonen for detaljer om scoring-funksjonen.

jeg endret noe, og nå er dockingsresultatene forskjellige. Hvorfor?

For det Første, hadde du ikke endret noe, kunne noen resultater ha vært annerledes uansett, på grunn av søkealgoritmenes ikke-deterministiske natur.Eksakt reproduserbarhet kan sikres ved å levere samme tilfeldige seed til begge beregningene, men bare hvis alle andre innganger og parametere er de samme også. Selv små endringer i inngangen kan ha en effekt som ligner på et nytt tilfeldig frø.»Med den nye protonasjonstilstanden er Vina mye mindre sannsynlig å finne den riktige forankrede konformasjonen».

hvordan bruker jeg fleksible sidekjeder?

du deler reseptoren i to deler: stiv og fleksibel, med sistnevnte representert noe på samme måte som liganden er representert. Se avsnittet» FLEKSIBLE Reseptor PDBQT-Filer » I AutoDock4.2 Brukerhåndbok (side 14) for hvordan du gjør dette i AutoDock-Verktøy.Deretter kan du utstede denne kommandoen: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Se også denne artikkelen om dette temaet.

hvordan gjør jeg virtuell screening?

Vennligst se den relevante delen av håndboken.

Vær oppmerksom på at en rekke docking management programmer finnes for å hjelpe deg i denne oppgaven.

jeg har ikke nok dataressurser til å kjøre en virtuell skjerm. Hva er alternativene mine?

du kan kanskje kjøre prosjektet ditt på World Community Grid, eller bruke DrugDiscovery@TACC. Se Annen Programvare.

jeg har ideer til nye funksjoner og andre forslag.

for foreslåtte nye funksjoner, vi liker det å være en bred enighet, som følge av en offentlig diskusjon, om deres nødvendighet.Vennligst vurdere å starte eller bli med i en diskusjon På AutoDock mailingliste.

vil du svare på mine spørsmål om Vina hvis jeg sender e-post eller ringer deg?

Nei. Vina er samfunnsstøttet. Det er ingen forpliktelse for forfatterne å hjelpe andre med sine prosjekter.Vennligst se denne siden for hvordan du får hjelp.

Plattform Notater og Installasjon

Windows

Kompatibilitet

Vina forventes å fungere På Windows XP og nyere systemer.

Installere

Dobbeltklikk på den nedlastede msi-filen og følg instruksjonene

Kjører

Åpne Ledeteksten, og hvis Du installerte Vina på standardplasseringen, skriv

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

hvis du bruker Cygwin, vil kommandoen ovenfor i stedet være

/Cygdrive/C/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help

se videoopplæringen for detaljer.Ikke glem å sjekke Ut Annen Programvare For Gui, etc.

Linux

Kompatibilitet

Vina forventes å fungere på x86 Og kompatible 64-bits Linux-systemer.

Installere

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

Eventuelt kan du kopiere de binære filene der du vil.

Kjører

./ autodock_vina_1_1_2_linux_x86 / bin / vina --help 

hvis den kjørbare filen er iPATH, kan du bare skrive «vina --help» i stedet.Se Videoopplæringen for detaljer.Ikke glem å sjekke Ut Annen Programvare For Gui, etc.

Mac

Kompatibilitet

64-bitversjonen forventes å fungere På Mac OS X 10.15 (Catalina) og nyere.32-bitversjonen av Vina forventes å fungere På Mac OS X fra 10.4 (Tiger) til 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type «vina --help» instead.Se Videoopplæringen for detaljer.Ikke glem å sjekke Ut Annen Programvare For Gui, etc.

Bygg Fra Kilde

Obs: Bygg Vina fra kilde er IKKE ment å bli gjort av vanlige brukere!(disse instruksjonene kan være utdaterte)

Trinn 1: Installer En c++ – kompilatorpakke

På Windows vil du kanskje installere Visual Studio; PÅ OS X, Xcode; Og På Linux, gcc-kompilatorpakken.

Trinn 2: Installer Boost

Installer Boost.(Versjon 1.41.0 ble brukt til å kompilere de offisielle binærfiler. Med andre versjoner kan lykken variere) så bygg og kjør et av eksempelprogrammene,For Eksempel Regex-eksemplet, for å bekrefte at du har fullført dette trinnet. Hvis du ikke kan gjøre dette, kan du søke hjelp fra Boost samfunnet.

Trinn 3: Bygg Vina

hvis Du bruker Visual Studio, kan du opprette tre prosjekter:libmainogsplit, med kildekoden fra de aktuelle underkatalogene.libmå være et bibliotek som de andre prosjektene er avhengige av, ogmainogsplitmå værekonsollprogrammer. For optimal ytelse, husk å kompilere ved hjelp avReleasemodus.

PÅ OS x og Linux vil du kanskje navigere til riktig build underkatalog, tilpass Makefileved å sette banene og Boost-versjonen, og skriv deretter

gjør dependmake

annen programvare

ansvarsfraskrivelse: denne listen er kun til informasjonsformål og utgjør ikke en anbefaling.

• Verktøy spesielt utviklet for Bruk Med AutoDock Vina (i ingen spesiell rekkefølge): MGLTools, som inkluderer AutoDock Tools (ADT) og Python Molecular Viewer (PMV). PyRx kan brukes til å sette opp docking og virtuell screening Med AutoDock Vina og for å vise resultatene Den nye Autodock / Vina plugin for PyMOL kan brukes til å sette opp docking og virtuell screening Med AutoDock Vina og for å vise resultatene SKLI.
• AutoGrow bruker AutoDock Vina i sin rasjonelle drug design prosedyre
• NNScore vil re-score Vina resultater ved hjelp av en kunstig nevrale nettverk trent På Bindende MOAD og PDBBind
• En Vina GUI lag For Windows Av Biochem Lab Løsninger kan brukes til å lette virtuell screening Med AutoDock Vina
• VSDK kan brukes til å tilrettelegge virtuell screening med AutoDock Vina
• PaDEL-ADV kan brukes for å lette virtuell screening med autodock Vina
• drugdiscovery@tacc lar deg gjøre virtuell Screening Med Autodock vina Gjennom Deres Nettsted

MOLA ER et oppstartbart, selvkonfigurerende system for virtuell screening ved Hjelp Av AutoDock4/Vina på datamaskinklynger

• SMINA ER en modifikasjon Av Vina som knytter Seg Til OpenBabel for I / O og støtter flere tweaks av scoring-funksjonen
• Off-Target Pipeline er en plattform som skal utføre sekundær målidentifikasjon og docking
• AUDocker kan brukes for å lette virtuell SCREENING MED AUTODOCK vina
• World Community grid KAN brukes av kvalifiserte prosjekter for å kjøre AutoDock Vina beregninger gratis på massivt parallelt nettverk av datamaskiner, der frivillige donere sin inaktiv CPU tid. DockoMatic Er et grafisk brukergrensesnitt ment å lette virtuell screening Med AutoDock Og AutoDock Vina. VinaLC Er en modifikasjon Av Vina Av Lawrence Livermore National Laboratory som utnytter MPI på datamaskinklynger

Andre verktøy som du sannsynligvis vil finne nyttige mens docking eller virtuell screening Med AutoDock Vina: PyMOL Er en av de mest populære programmene for molekylær visualisering og kan brukes for visning av docking resultater OpenBabel kan brukes til å konvertere mellom ulike struktur filformater, tildele protonasjon stater, etc. ChemAxon Marvin kan brukes til å visualisere strukturer, konvertere mellom ulike struktur filformater, tildele protonasjonstilstander, etc.

Bruk

Sammendrag

brukssammendraget kan fås med «vina --help

Input: -- reseptor arg stiv del av reseptoren (PDBQT) - flex arg fleksible sidekjeder, hvis noen (PDBQT) - ligand arg ligand (PDBQT)søkeplass (påkrevd): - center_x arg x koordinat av senteret-center_y arg Y koordinat av senteret-center_z arg z koordinat av senteret-size_x arg størrelse I x dimensjon (Ångstrøm) - size_y arg størrelse I y dimensjon (Ångstrøm) - size_z arg størrelse i Z dimensjon (ångstrøm)utgang (VALGFRITT): --out arg utgang modeller (pdbqt), ER STANDARD VALGT basert på ligand filnavn --log ARG EVENTUELT skrive Logg filemisc (valgfritt): -- cpu arg antall Cpuer som skal brukes (standard er å prøve å oppdage antall Cpuer eller, hvis ikke, bruk 1) - seed arg eksplisitt tilfeldig frø-exhaustiveness arg (=8) exhaustiveness av det globale søket (omtrent proporsjonalt med tid): 1+ - num_modes arg (=9) maksimalt antall bindingsmoduser for å generere-energy_range arg (=3) maksimal energiforskjell mellom den beste bindingsmodusen og den verste som vises (kcal/mol)Konfigurasjonsfil (valgfritt): - config arg alternativene ovenfor kan settes herinformasjon (Valgfritt): -- hjelp vis brukssammendrag-help_advanced vis brukssammendrag med avanserte alternativer-versjon vis programversjon

Konfigurasjonsfil

for enkelhets skyld kan noen kommandolinjealternativer plasseres i en konfigurasjonsfil.

For eksempel:

reseptor = hsg1/stiv.pdbqtligand = ligand . pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y = 25energy_range = 4 

i tilfelle en konflikt, har kommandolinjealternativet forrang over konfigurasjonsfilen en.

Søkeplass

søkeplassen begrenser effektivt hvor de bevegelige atomer, inkludert de i de fleksible sidekjedene, skal ligge.

Exhaustiveness

med standard (eller en gitt) innstilling avexhaustiveness, er tiden brukt på søket allerede variert heuristisk avhengig av antall atomer, fleksibilitet, etc. Normalt er det ikke fornuftig å bruke ekstra tid på å søke for å redusere sannsynligheten for ikke å finne det globale minimumet av scoring-funksjonen utover det som er betydelig lavere enn sannsynligheten for at minimumet er langt fra den innfødte konformasjonen.Men hvis du føler at den automatiske avveiningen mellom eksos og tid er utilstrekkelig, kan du øke

exhaustivenessnivå. Dette bør øke tiden lineært og redusere sannsynligheten for ikke å finne minimum eksponentielt.

Utgang

Energi

den forventede bindingsaffiniteten er ikcal/mol.

RMSD

RMSD-verdier beregnes i forhold til den beste modusen og bruker kun bevegelige tunge atomer. TO varianter AV RMSD-beregninger er gitt,rmsd/lb(RMSD nedre grense) ogrmsd/ub(RMSD øvre grense), forskjellig i hvordan atomene matches i avstandsberegningen:

• rmsd/ub matcher hvert atom i en konformasjon med seg selv i den andre konformasjonen, ignorerer enhver symmetri

rmsd'matcher hvert atom i en konformasjon med det nærmeste atom av samme elementtype i den andre konformasjonen (rmsd'kan ikke brukes symmetrisk) rmsd/lb er definert som følger: rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

hydrogenposisjoner

vina bruker en united-atom scoring-funksjon. Som I AutoDock er polare hydrogener nødvendig i inngangsstrukturene for å skrive tunge atomer riktig som hydrogenbindingsdonorer. Men I Vina er frihetsgraden som bare beveger hydrogen, som hydroksylgruppens torsjoner, degenerert. Derfor, i utgangen, kan noen hydrogenatomer forventes å bli plassert tilfeldig (men i samsvar med den kovalente strukturen). For en united-atom behandling er dette egentlig et kosmetisk problem.

Separate modeller

alle forventede bindingsmoduser, inkludert posisjonene til de fleksible sidekjedene, er plassert i en multimodel PDBQT-filspesifisert ved» out » – parameteren eller valgt som standard, basert på ligand-filnavnet. Om nødvendig kan denne filen splittes i individuelle modeller ved hjelp av et eget program kalt «vina_split», inkludert i distribusjonen.

Avanserte Alternativer

AutoDock Vinas «avanserte alternativer» er ment å primært brukes av folk som er interessert i metodeutvikling i stedet for sluttbrukerne. Brukssammendraget inkludert de avanserte alternativene kan vises med

vina --help_advanced

de avanserte alternativene tillater

• scoring uten minimering
• utfører kun lokal optimalisering
• randomisere input uten søk (dette er nyttig for testing docking programvare)
• endre vekter fra standardverdiene (se papiret for hva vektene betyr)
• viser de individuelle bidragene til intermolekylær score, før vekting (disse er vist med «--score_only«; se papiret for hva vilkårene er)

Virtuell Screening

Du vil kanskje velge noen av verktøyene som er oppført Under annen Programvare for å utføre virtuell screening. Alternativt, hvis du er kjent med shell scripting, kan du gjøre virtuell screening uten dem.eksemplene nedenfor antar At Bash er skallet ditt. De må tilpasses dine spesifikke behov.For å utføre virtuell screening På Windows, kan Du enten bruke Cygwin og Bash-skriptene nedenfor, eller alternativt tilpasse dem Til windows-skriptspråket.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Skriptet antar atvinaer iPATH.Ellers, endre det tilsvarende.

PBS Cluster

hvis Du har En Linux Beowulf-klynge, kan du utføre de enkelte dockingene parallelt.

Fortsetter med vårt eksempel, i stedet for å utføre alle dockings i en loop lokalt,vil vi skrive en *.job script per ligand,og bruk qsub (en pbs-kommando) for å planlegge disse skriptene som skal utføres av klyngen.

Kjør dette skallskriptet for å gjøre det.Skriptet antar at vina og qsub er i PATH.Ellers, endre det tilsvarende.

når jobbene er planlagt, kan du overvåke statusen deres med

qstat-u `whoami`

Velge De Beste Resultatene

Hvis Du er På Unix Og i en katalog som inneholder kataloger med pdbqt Filer, som alle er autodock vina resultater,kan du finne dette python script nyttig for å velge de beste resultatene. Kjør det som:

vina_screen_get_top.py 10

for å få filnavnene til de 10 beste treffene, som deretter enkelt kan kopieres.

Historie

Korte sammendrag av endringer mellom versjoner finnes her.

Citation

hvis Du brukte AutoDock Vina i arbeidet ditt, vennligst oppgi:

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: forbedre hastigheten og nøyaktigheten av docking med en ny scoring funksjon, effektiv optimalisering og multithreading,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Få Hjelp

vennligst se denne sidenhvis Du har spørsmål om AutoDock Vina.

Reporting Bugs

Potensielle feilrapporter blir verdsatt, selv om du ikke er helt sikker på at de er feil.Vennligst ikke inkluder forespørsler om hjelp sammen med feilrapporten din.Se denne sideninsead.

Sannsynlige feil:

• Tidlig avslutning
• Unnlatelse av å avslutte
• Endringer av kovalente lengder eller av de invariante vinkler i utgangen
• «Åpenbart feil» sammenstøt (sjekk din «søk plass» skjønt)
• Uenighet med dokumentasjonen

Sannsynligvis Ikke bugs:

• alt som skjer før Du kjører Vina eller etter at den er ferdig
• Sporadisk uenighet med forsøket
• vina nekter å åpne en fil Som ikke eksisterer (f. eks. prøv ls conf.txt for å se om filen virkelig er der)

Rapportering

du kan sende rapportene dine Til AutoDock-adresselisten. Husk å oppgi en beskrivende» Emne » – linje og all nødvendig informasjon for å reprodusere problemet du ser.