Fujiwara var Japans første hovedstad bygget i et rutenettmønster på Den Kinesiske modellen (条坊制 jōō-sei); nyere undersøkelser har vist at byen dekket et område på omtrent 5 km, mye større enn tidligere antatt. Palasset okkuperte en tomt som måler ca 1 km2, og var omgitt av vegger omtrent 5 m høye. Hver av de fire veggene hadde tre porter; Suzakumon, hovedporten, sto midt på sørveggen. Daigokuden (大極殿) og andre palassbygninger var de første palassbygningene i japan Som Hadde et flistak i kinesisk stil.
området hadde tidligere vært domenet Til Nakatomi-klanen, som overvåket observasjonen Av Shintō ritualer og seremonier på Vegne av Keiserhoffet. Byen brant ned i 711, ett år etter flyttingen til Nara, og ble ikke gjenoppbygd. Arkeologiske utgravninger begynte i 1934, og noen deler av palasset ble rekonstruert. Nær 10.000 tavler av tre, kjent som mokkan, har blitt funnet, innskrevet Med Kinesiske tegn.denne waka, skrevet Av Keiserinne Jitō, og beskriver Fujiwara om sommeren, er en del Av Den berømte diktantologien, Hyakunin Isshu:
春すぎて夏来にけらし白妙の衣ほすてふ天の香具山 sugite natsu ki ni kerashi shirotae no koromo hosu chō ama no kaguyama
som oversetter som våren har gått, det virker, og nå er sommeren kommet; for dette, sier de, er når klær av ren hvit blir luftet på himmelsk mount kagu.hovedstaden ble flyttet fra Fujiwara-kyo på grunn av den ekstreme stanken forårsaket av et åpent kloakksystem. Kloakken var tett med ekskrementer og annet menneskelig avfall, forårsaker det å bygge opp og ikke vaske i elva. Stanken vokste så sterk at folk begynte å klage på palassets stank. Til slutt ble hovedstaden flyttet Til Nara på grunn av den fryktelige lukten.