|
hjelp
|
tilgjengeligheten av sekvenser av hele genomer har dramatisk økt antall proteinmål, hvorav mange må overuttrykkes i andre celler enn den opprinnelige kilden til dna. Gensyntese gir ofte en rask og økonomisk effektiv tilnærming. Det syntetiske genet kan optimaliseres for uttrykk og konstruert for enkel mutasjonsmanipulering uten hensyn til foreldregenomet. Likevel kan design og konstruksjon av syntetiske gener, spesielt de som koder for store proteiner, være en langsom, vanskelig og forvirrende prosess. DNAWorks automatiserer utformingen av oligonukleotider for gensyntese VED PCR-baserte metoder.
en beskrivelse av Den opprinnelige DNAWorks kan bli funnet i vår publikasjon (Hoover, D. Og Lubkowski, J., 2002).
for ytterligere forbedringer I Ytelsen Til DNAWorks, er tilbakemelding på suksess eller fiasko av gensyntese ved Hjelp Av DNAWorks svært viktig. Gi oss beskjed om utfallet av synteseeksperimentene dine.
DNAWorks er åpen kildekode, og kan lastes ned fra https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Hvis du kan finne En Fortran-kompilator, kan du kjøre DNAWorks via kommandolinje.
Eksempel:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc