Pacific Biosciences (PacBio) kommersialiserte SMRT sekvensering i 2011, etter å ha sluppet en betaversjon av RS-instrumentet i slutten av 2010.
RS OG RS IIEdit
SMRT Celle FOR EN RS ELLER RS II Sequencer 1100 baser. Et nytt kjemisett utgitt tidlig i 2012 økte sequencerens leselengde; en tidlig kunde av kjemi sitert bety lese lengder på 2500 til 2900 baser.XL chemistry kit utgitt i slutten av 2012 økte gjennomsnittlig leselengde til mer enn 4300 baser.Den 21. August 2013 lanserte PacBio det NYE DNA-polymerasebindingssettet P4. Dette p4-enzymet har gjennomsnittlige leselengder på mer enn 4,300-baser når de er parret Med C2-sekvenseringskemi og mer enn 5,000-baser når de er parret MED XL-kjemi. Enzymets nøyaktighet er lik C2, og når QV50 mellom 30x OG 40X dekning. De Resulterende p4 attributter gitt høyere kvalitet samlinger ved hjelp av færre SMRT Celler og med forbedret variant kall. Når kombinert MED input DNA størrelse utvalg (ved hjelp av en elektroforese instrument som BluePippin) gir gjennomsnittlig lese lengde over 7 kilobaser.Den 3. Oktober 2013 lanserte PacBio ny reagenskombinasjon For PacBio RS II, P5 DNA-polymerasen Med C3-kjemi (P5-C3). Sammen utvider de sekvensering leselengder til et gjennomsnitt på ca 8500 baser, med den lengste leser overstiger 30.000 baser. Gjennomstrømning per SMRT-celle er rundt 500 millioner baser demonstrert ved sekvensering av resultater fra CHM1-cellelinjen.Den 15. Oktober 2014 annonserte PacBio utgivelsen av ny kjemi P6-C4 FOR RS II-systemet, som representerer selskapets 6. generasjon polymerase og 4. generasjons kjemi, utvider den gjennomsnittlige leselengden til 10.000 – 15.000 baser, med den lengste leser over 40.000 baser. Gjennomstrømningen med den nye kjemien var forventet å være mellom 500 millioner til 1 milliard baser per SMRT-Celle, avhengig av at prøven ble sekvensert. Dette var den endelige versjonen av kjemi utgitt FOR RS-instrumentet.Gjennomstrømning per eksperiment for teknologien påvirkes både av leselengden AV DNA-molekyler sekvensert samt total multiplex av EN SMRT-Celle. Prototypen til Smrt-Cellen inneholdt omtrent 3000 ZMW-hull som tillot parallellisert DNA-sekvensering. Ved kommersialisering BLE SMRT-Cellene hver mønstret med 150.000 ZMW-hull som ble lest i to sett med 75.000. I April 2013 lanserte selskapet en ny versjon av sequencer kalt «PacBio RS II» som bruker alle 150.000 zmw-hullene samtidig, og dobler gjennomstrømningen per eksperiment. Den høyeste gjennomstrømmingsmodusen i November 2013 brukte P5-binding, c3-kjemi, Valg Av BluePippin-størrelse og En PacBio RS II ga offisielt 350 millioner baser per SMRT-Celle, selv om et menneskelig de novo-datasett ble utgitt med kjemien i gjennomsnitt 500 millioner baser per SMRT-Celle. Gjennomstrømning varierer basert på typen prøve som sekvenseres. Med introduksjonen av p6-C4 kjemi typisk gjennomstrømning per SMRT Celle økt til 500 millioner baser til 1 milliard baser.
| C1 | C2 | P4-XL | P5-C3 | P6-C4 | |
|---|---|---|---|---|---|
| Average read length bases | 1100 | 2500 – 2900 | 4300 – 5000 | 8500 | 10,000 – 15,000 |
| Throughput per SMRT Cell | 30M – 40M | 60M – 100M | 250M – 300M | 350M – 500M | 500M – 1B |
SequelEdit
i September 2015 annonserte selskapet lanseringen av et nytt sekvenseringsinstrument, Oppfølgersystemet, som økte kapasiteten til 1 million zmw hull.
med Oppfølgeren instrument innledende lese lengder var sammenlignbare MED RS, deretter senere kjemi utgivelser økt lese lengde.
den 23. januar 2017 ble V2-kjemien utgitt. Det økte gjennomsnittlige leselengder til mellom 10.000 og 18.000 baser.
Den 8. Mars 2018 ble 2.1-kjemien utgitt. Den økte gjennomsnittlig leselengde til 20.000 baser og halvparten av alle leser over 30.000 baser i lengde. Utbytte per SMRT-Celle økte til 10 eller 20 milliarder baser, for henholdsvis store sett inn biblioteker eller kortere sett inn (f.eks.
Pipettespiss i EN 8M SMRT-Celle
Den 19.September 2018 annonserte selskapet Oppfølgeren 6.0 kjemi med gjennomsnittlige leselengder økt til 100 000 baser for kortere-sett inn biblioteker og 30 000 for lengre-sett inn biblioteker. SMRT Celleutbytte økte opp til 50 milliarder baser for kortere sett biblioteker.
| V2 | 2.1 | 6.0 | |
|---|---|---|---|
| gjennomsnittlig lese lengde baser | 10,000 – 18,000 | 20,000 – 30,000 | 30,000 – 100,000 |
| Gjennomstrømning per SMRT Celle | 5B – 8B | 10b – 20b | 20b – 50b |
8m chipedit
i april 2019 Lanserte SELSKAPET en ny smrt-celle med åtte millioner ZMWS, NOE SOM ØKTE forventet gjennomstrømning per smrt-celle med en faktor på åtte. Early access-kunder i Mars 2019 rapporterte gjennomstrømning over 58 kundedrevne celler med 250 GB rå kapasitet per celle med maler på ca. 15 kb i lengde og 67,4 GB kapasitet per celle med maler i molekyler med høyere vekt. Systemytelsen er nå rapportert i enten høy molekylvekt kontinuerlig lang leser eller i pre-korrigert Hifi (Også kjent som Sirkulær Konsensussekvens (CCS)) leser. For høy molekylvekt leser omtrent halvparten av alle leser er lengre enn 50 kb i lengde.
| Tidlig Tilgang | 1.0 | 2.0 | ||
|---|---|---|---|---|
| Gjennomstrømning per SMRT Celle | ~67.4 gb | opp til 160 gb | Opp Til 200 gb |
hifi-ytelsen inkluderer korrigerte baser med kvalitet over phred score q20, VED HJELP AV GJENTATTE AMPLICON-Pass for korreksjon. Disse tar amplicons opp til 20kb i lengde.
| Early Access | 1.0 | 2.0 | |
|---|---|---|---|
| Raw reads per SMRT Cell | ~250 GB | Up to 360 GB | Up to 500 GB |
| Corrected reads per SMRT Cell (>Q20) | ~25 GB | Up to 36 GB | Up to 50 GB |