Pantoea agglomerans, un Agent Phytopathogène Responsable d’une Maladie Humaine

Pantoea agglomerans (anciennement Enterobacter agglomerans) est un bacille aérobie à gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae. Toutes les espèces du genre Pantoea peuvent être isolées des matières fécondes, des plantes et du sol (2), où elles peuvent être soit pathogènes, soit commensales (12). Dans le genre, P. agglomerans est l’espèce la plus souvent isolée chez l’homme, entraînant des infections des tissus mous ou des os / articulations suite à un traumatisme pénétrant par la végétation (6, 7, 9, 14, 15). La bactériémie de P. agglomerans a également été décrite en association avec la contamination du liquide intraveineux (11), de la nutrition parentérale totale (8), de l’agent anesthésique propofol (3) et des produits sanguins (1). Cependant, une bactériémie spontanée a rarement été rapportée, en particulier chez les enfants, et le rôle de P. agglomerans en tant qu’agent pathogène dans d’autres circonstances n’est pas clair. Ici, nous présentons une grande série de P. infections d’agglomerans chez les enfants qui impliquent la circulation sanguine, les tissus mous et les os / articulations.

Cette étude a passé en revue tous les patients vus au Texas Children’s Hospital, Houston, TX, avec des infections à P. agglomerans documentées par culture de janvier 2000 à décembre 2006. Les patients ont été identifiés à partir des dossiers de laboratoire de microbiologie de l’hôpital. Un examen rétrospectif des dossiers médicaux a été effectué pour les patients dont les cultures ont été obtenues à partir des sources normalement stériles suivantes: la circulation sanguine, les échantillons de cathéter de patients atteints d’infections des voies urinaires (IVU) avec ≥10 000 UFC / champ de grande puissance, cavités articulaires ou corporelles, ou sites d’incision et drainage des abcès. Les hémocultures ont été traitées à l’aide du système d’identification VITEK, et les échantillons qui n’ont pas donné de résultat ont subi un pyroséquençage de l’ADN. Les normes CLSI ont été utilisées pour les tests de diffusion de disques (5). L’étude a reçu l’approbation du conseil d’examen institutionnel.

Dans l’ensemble, P. agglomerans a été identifié dans 88 cultures de patients provenant de 53 sites stériles, 26 expectorations, 3 urines, 3 écouvillons de surface et 2 sources oropharyngées. Sur les 26 cultures d’expectorations, seulement 1 a poussé P. agglomerans à plusieurs reprises, représentant une infection monomicrobique; plus d’un organisme a été isolé de toutes les autres cultures d’expectorations, et la contribution de P. agglomerans était incertaine. Les conditions comorbides chez ces patients comprenaient huit cas de fibrose kystique, cinq cas de déficience neurologique, cinq cas de tumeur et trois cas de malabsorption intestinale.

Pour les 53 enfants dont les cultures stériles de P. agglomerans ont augmenté, les sources comprenaient 21 épisodes bactériémiques liés à la ligne veineuse centrale (CVL), 14 abcès, 10 cultures articulaires ou osseuses, 4 infections urinaires, 2 épisodes bactériémiques non associés à la CVL, 1 épisode de péritonite et 1 traumatisme thoracique pénétrant. Ces sources sont présentées dans le tableau 1.

Sur les 21 patients atteints d’infections à CVL, 8 présentaient des tumeurs malignes hématologiques ou des greffes de moelle osseuse, 7 présentaient des tumeurs solides, 3 présentaient une cardiopathie congénitale, 1 une insuffisance rénale, 1 une entérocolite nécrosante et 1 une maladie d’inclusion de microvillus. Un patient était neutropénique. Sur les 21 patients, 14 présentaient des infections polymicrobiennes à CVL nécessitant le retrait de la ligne. Seulement 5/21 patients ont eu deux hémocultures positives; au total, la bactériémie s’est résolue en 48 h. Les patients ont reçu 14 à 21 jours de traitement combiné avec un aminoglycoside et une céphalosporine à large spectre ou de la ticarcilline-clavulanate. Trois patients (deux patients cardiaques et un prématuré) sont décédés d’une septicémie écrasante peu après l’isolement de P. agglomerans dans leurs hémocultures; deux des trois patients présentaient des infections polymicrobiennes. Deux autres patients ont eu une bactériémie sans avoir de CVL. Dans les deux cas, la bactériémie s’est dissipée après la première hémoculture et aucun des deux enfants ne présentait de signes d’infection des os, des articulations ou des tissus mous.

Il y avait 14 enfants dont P. agglomerans a été isolé lors du drainage des abcès. Tous les isolats étaient polymicrobiens. Sur ces 14 enfants, 13 ont répondu à un traitement antistaphylococcique. Un enfant atteint de paralysie cérébrale a subi un débridement important d’un ulcère de décubitus sacré et a reçu un traitement antibiotique prolongé en raison d’une ostéomyélite chronique suspectée.

Les sept patients (cas 38 à 44) atteints d’ostéomyélite présentaient des symptômes locaux 4 à 6 semaines après un traumatisme pénétrant avec un bâton, une épine de plante ou un éclat de verre. Aucun des patients n’était fébrile. Il a été déterminé que deux des patients présentaient des réactions et des érosions sous-périostées par radiographie et une inflammation chronique par histopathologie. Le nombre moyen de globules blancs était de 6 900 cellules/ mm3 (plage de 6 300 à 11 500 cellules/ mm3); les hémocultures étaient négatives.

Une fillette de 8 ans (cas 46) a développé une arthrite septique 5 semaines après avoir reçu une blessure pénétrante au genou causée par une épine. Le nombre de globules blancs de la patiente était de 11 500 cellules / mm3, sa vitesse de sédimentation des érythrocytes était de 16 mm / h et son taux de protéine C-réactive était de 0,7 mg / ml. L’arthrocentèse a montré 17 600 globules blancs/mm3 (89% de neutrophiles, 11% de monocytes) et 1 700 globules rouges/mm3. La coloration de Gram et les hémocultures étaient négatives; une culture conjointe a poussé P. agglomerans. L’enfant a bien répondu à un traitement de 3 semaines.

Les susceptibilités aux antimicrobiens ont été déterminées par diffusion du disque de Kirby-Bauer. Les 53 isolats des sites stériles étaient uniformément sensibles à l’amikacine, à la gentamicine, au méropénème et au triméthoprime-sulfaméthoxazole. De plus, 92,5% des isolats étaient sensibles aux céphalosporines à large spectre et aux pénicillines semi-synthétiques, 62,3 % aux céphalosporines à large spectre et 47,2 % à l’ampicilline. Les susceptibilités aux quinolones et les CMI n’ont pas été systématiquement déterminées pour tous les échantillons, étant donné l’association entre l’utilisation de quinolones et l’arthropathie dans les études sur des animaux juvéniles.

Sur les 37 rapports antérieurs d’infections à P. agglomerans chez les enfants (tableau 2), 5 étaient liés à un traumatisme pénétrant et 30 (81 %) à la contamination de liquides parentéraux (8, 11). Il n’y a qu’un seul rapport de bactériémie spontanée de P. agglomerans: chez un enfant atteint de septicémie après une gastro-entérite à rotavirus (4). Dans ce cas, il a été postulé que l’insulte gastro-intestinale précédente facilitait la translocation bactérienne à travers la muqueuse intestinale.

Dans cette série, 43% (23/53) des patients présentaient une bactériémie et 91% de ces infections étaient liées à la présence d’un CVL. Il n’y avait ni regroupement temporel des cas ni preuve de contamination par le liquide parentéral. La véritable pathogénicité de cette bactérie est difficile à discerner en raison de la nature polymicrobienne de la plupart des infections bactériémiques, qui n’avaient pas été décrites précédemment. Cela a nécessité des traitements antibiotiques prolongés à large spectre. La bactériémie de P. agglomerans semblait transitoire et ne se reproduisait pas pendant le traitement, et des traitements antibiotiques de 10 à 14 jours stériles semblaient être curatifs. L’une des limites était que certaines des espèces d’entérobactéries les moins courantes pouvaient être mal identifiées ou des susceptibilités mal signalées par des méthodes automatisées (13). Des tests de confirmation n’ont pas été systématiquement effectués pour cet agent pathogène, sauf si le système VITEK n’a pas fourni d’identification.

En conclusion, P. agglomerans est une cause rare d’infection chez les enfants. Il peut provoquer une bactériémie, souvent associée à des agents pathogènes plus conventionnels, chez les enfants ayant un accès central à demeure. Cependant, les profils de sensibilité aux antimicrobiens reflètent ceux d’autres agents pathogènes entériques à gram négatif. Les diagnostics d’infections osseuses / articulaires sont souvent retardés en raison à la fois de la nature indolente de l’agent pathogène et du faible niveau de suspicion clinique pour cette bactérie. Par conséquent, le diagnostic est souvent posé lorsqu’un enfant présente des preuves d’ostéomyélite chronique, modifiant la durée du traitement et le pronostic. P. agglomerans doit être suspecté comme agent étiologique en cas de traumatisme pénétrant par des objets incrustés de sol ou de végétation qui restent réfractaires à la thérapie antimicrobienne conventionnelle.