Biosciências do Pacífico (PacBio) comercializou sequenciação de SMRT em 2011, depois de lançar uma versão beta do seu instrumento RS no final de 2010.
RS e RS IIEdit
Na comercialização comprimento de leitura tinha uma distribuição normal com uma média de cerca de 1100 bases. Um novo kit de química lançado no início de 2012 aumentou o comprimento de leitura do sequenciador; um cliente inicial da química citou comprimentos médios de leitura de 2500 a 2900 bases.o kit de química XL lançado no final de 2012 aumentou o comprimento médio de leitura para mais de 4300 bases.em 21 de Agosto de 2013, PacBio lançou um novo Kit de ligação de DNA polimerase P4. Esta enzima P4 tem comprimentos médios de leitura de mais de 4.300 bases quando emparelhada com a química de sequenciação C2 e mais de 5.000 bases quando emparelhada com a química XL. A precisão da enzima é semelhante à C2, atingindo QV50 entre 30X e 40X de cobertura. Os atributos P4 resultantes forneceram conjuntos de maior qualidade usando menos células SMRT e com melhor chamada variante. Quando associado com a seleção de tamanho de DNA de entrada (usando um instrumento de eletroforese, como BluePippin) produz um comprimento de leitura médio de mais de 7 quilobases.
em 3 de Outubro de 2013, PacBio liberou uma nova combinação de reagente para PacBio RS II, A P5 DNA polimerase com química C3 (P5-C3). Juntos, eles estendem a sequenciação de comprimentos de leitura para uma média de aproximadamente 8.500 bases, com a maior leitura superior a 30.000 bases. O rendimento por célula SMRT é de cerca de 500 milhões de bases demonstradas pela sequenciação de resultados da linha de células CHM1.em 15 de Outubro de 2014, PacBio anunciou o lançamento da Nova Química P6-C4 para o sistema RS II, que representa a 6ª geração de polimerase e 4ª geração de química, estendendo ainda mais o comprimento médio de leitura para 10.000 – 15.000 bases, com as leituras mais longas excedendo 40.000 bases. O débito com a nova química era esperado entre 500 milhões e 1 bilhão de bases por célula SMRT, dependendo da amostra sendo sequenciada. Esta foi a versão final da química lançada para o instrumento RS.
O rendimento por experiência para a tecnologia é influenciado tanto pelo comprimento lido das moléculas de ADN sequenciadas como pelo multiplex total de uma célula de SMRT. O protótipo da célula SMRT continha cerca de 3000 buracos ZMW que permitiram a sequenciação paralela do DNA. Na comercialização, as células SMRT foram cada um padronizado com 150.000 buracos ZMW que foram lidos em dois conjuntos de 75.000. Em abril de 2013, a empresa lançou uma nova versão do sequenciador chamado “PacBio RS II” que usa todos os 150.000 buracos ZMW simultaneamente, dobrando o rendimento por experimento. O modo de produção mais alto em novembro de 2013 usou a ligação P5, C3 chemistry, BluePippin size selection, e um PacBio RS II oficialmente rendeu 350 milhões de bases por célula SMRT, embora um conjunto de dados humanos de novo lançado com a química média de 500 milhões de bases por célula SMRT. A produção varia com base no tipo de amostra a ser sequenciada. Com a introdução da química P6-C4, o débito típico por célula SMRT aumentou para 500 milhões de bases para 1 bilhão de bases.
| C1 | C2 | P4-XL | P5-C3 | P6-C4 | |
|---|---|---|---|---|---|
| Average read length bases | 1100 | 2500 – 2900 | 4300 – 5000 | 8500 | 10,000 – 15,000 |
| Throughput per SMRT Cell | 30M – 40M | 60M – 100M | 250M – 300M | 350M – 500M | 500M – 1B |
SequelEdit
Em setembro de 2015, a empresa anunciou o lançamento de um novo seqüenciamento de instrumento, a Sequela do Sistema, que aumentou a capacidade para 1 milhão de ZMW buracos.
com os comprimentos iniciais de leitura do instrumento sequela foram comparáveis ao RS, em seguida, lançamentos químicos posteriores aumentaram o comprimento de leitura.
em 23 de janeiro de 2017, A química V2 foi liberada. Ele aumentou o comprimento médio de leitura para entre 10.000 e 18.000 bases.
em 8 de Março de 2018, a química 2.1 foi liberada. Ele aumentou o comprimento médio de leitura para 20.000 bases e metade de todas as leituras acima de 30.000 bases em comprimento. O rendimento por célula SMRT aumentou para 10 ou 20 mil milhões de bases, tanto para bibliotecas de grande porte como para bibliotecas de menor porte (por exemplo, amplicon), respectivamente.
Em 19 de setembro de 2018, a empresa anunciou a Sequela 6.0 química, com a média de leitura comprimentos de aumento de 100.000 bases para curto-inserir bibliotecas e 30.000 por mais tempo-inserir bibliotecas. A produção de células SMRT aumentou até 50 bilhões de bases para bibliotecas mais curtas.
| V2 | 2.1 | 6.0 | |
|---|---|---|---|
| Média comprimento de leitura bases | de 10.000 a 18.000 | 20,000 – 30,000 | de 30.000 a 100.000 |
| taxa de transferência por SMRT Célula | 5B – 8B | 10B – 20B | 20B – 50B |
8M ChipEdit
Em abril de 2019 a empresa lançou uma nova SMRT Célula com oito milhões de ZMWs, aumentando a produtividade esperada por SMRT Célula por um fator de oito. Os clientes de acesso precoce em Março de 2019 relataram o débito de mais de 58 células de execução de clientes de 250 GB de rendimento bruto por célula com modelos de cerca de 15 KiB de comprimento, e 67,4 GB de rendimento por célula com modelos em moléculas de maior peso. O desempenho do sistema é agora relatado em leituras longas de alto peso molecular ou em leituras HiFi pré-corrigidas (também conhecido como sequência de consenso Circular (CCS)). Para a leitura de alto peso molecular aproximadamente metade de todas as leituras tem mais de 50 kb de comprimento.
| Acesso | 1.0 | 2.0 | |
|---|---|---|---|
| taxa de transferência por SMRT Célula | ~67.4 GB | Até 160 GB | 200 GB |
A Aparelhagem hi-fi de desempenho inclui corrigido bases com qualidade acima de Phred score Q20, usando o produto de amplificação repetida passa para a correção. Estes levam amplicons até 20kb de comprimento.
| Early Access | 1.0 | 2.0 | |
|---|---|---|---|
| Raw reads per SMRT Cell | ~250 GB | Up to 360 GB | Up to 500 GB |
| Corrected reads per SMRT Cell (>Q20) | ~25 GB | Up to 36 GB | Up to 50 GB |